12日凌晨4点美军进行了登陆，登陆小队有14名士兵，由詹姆斯·C·吉尔莫尔（James C. Gillmore）中尉指挥，小队还有一挺柯尔特机枪（M1895）,他们在海岸河口处设下圈套引诱菲律宾人。
虽然吉尔莫尔得到的命令只是尽可能吸引菲律宾哨兵对海岸的关注，但他还是决定沿河往内陆走，他担心菲律宾人抓到他派去的2名侦察兵而察觉到登陆。对于菲律宾哨兵可能的反应，吉尔莫尔寄希望于他们携带的机枪的威力。然而，这份自信是多余的，他们一进入河流域就遭到伏击，2人当场被杀，另有2名伤势严重的伤员，幸存者们被迫投降。教堂的被困者们完全不知道发生了什么，他们在早上6点听到枪声后，立刻喜悦的大喊：“万岁！万岁！我们胜利了！”«¡Viva, viva, hemos vencido!»
当天下午，西班牙人再次从海上听到炮声，马丁塞索下令攻击教堂包围网的漏洞处，并进行三次齐射，他相信救援人员能看到这里的守军依然存在，免得他们走了。
到了晚上，被困者们再次看到了希望，军舰的电力探照灯射到了海岸上，中尉便派了两个人爬上钟楼，点燃一块用煤油浸染的布，再用长竹杆挑着，希望能被船上的人注意到，但没有得到回应。

4月13日凌晨4点，约克顿号的探照灯突然关掉了，并且它驶离了这片海域。
在约克顿号上，斯坦利少尉和他的同伴们本打算再次登陆，他们听到了岸上被困者与菲律宾人的一阵阵战斗声，就确认了守军仍然存活着。

倒了大霉的詹姆斯.C.吉尔莫尔中尉
吉尔莫尔在被释放后，于1900年8月出版了他的见闻，他记叙道在他们被俘后，路过巴莱尔时仍然看到西班牙的小队正在教堂里抵抗，但他或他手下的人并没有向教堂表明他们已经投降了。
在吉尔莫尔小队被菲律宾人俘获的几个月后，一个水手成功的从囚禁中逃脱，他后来称菲律宾非正规军曾请求他们去劝服巴莱尔的西班牙守军，表示愿意接受有条件投降，投降可以保留武器装备，如果劝说成功了，无论是守军还是美国水兵都将会送回约克顿号。吉尔莫尔试图完成与菲律宾人的交易，他派一个手下去教堂告诉西班牙人，如果他们向菲律宾人放下武器，作为交换他们可以搭乘美国船只回国；而马丁塞索却回答道，这对于西班牙军队来说是一种耻辱，他驳回了美国人的提议，并用枪击来威吓驱赶使者。

西班牙方面（塞索和米纳亚）也有这方面的记载，大约4月13日下午，菲律宾人的壕沟上居然出现了一面美国国旗！这让西班牙守军大为惊讶，因为几个月来他们对外界的事一无所知。之后出现一个自称美国水手的陌生人，他告诉守军在海湾停泊着一艘美国船，如果他们接受投降提议的话，就准备带他们回西班牙。

美国指挥官在19日告知西班牙当局任务失败。在阿吉纳多的命令下，吉尔莫尔等人被带到圣伊西德罗，当时那里是菲律宾独立政权的总部。卢纳将军打算下令处决他们，但最终多亏了阿吉纳多的干预，他们只是被关押了几个月。由于美军在吕宋岛的推进，这些囚犯又被转移到吕宋岛北部卡加延省的阿帕里，直到1899年4月美军占领那里后才被释放。

5月29日之前的日子
菲律宾人在4月20日晚发起了一次强大的进攻并试图烧毁教堂，西班牙守军拼尽全力才将其击退，甚至连Vigil医生都参加了战斗，他在战斗中发挥了关键的作用。在这个月里，菜豆和咖啡都吃光了，口粮减少到只能吃一些米饭、嫩葫芦叶子、煎煮的橘子叶，一些蜗牛，他们还猎取靠进教堂的任何动物（如猫、狗、爬行动物或乌鸦）
从5月份开始，菲律宾人每天都会发起攻击，不过只有一个名叫Pedro Planas Basagañas的士兵受了轻伤。
到了7日，一个名叫 Salvador Santa María Aparicio 因炮火冲击受了重伤，他在5天后死亡。炮击位置是固定的，菲律宾人的目的是为了让炮兵免遭西班牙射手的射击。
5月8日，3名士兵因试图逃跑而被关在洗礼堂，因为炮轰洗礼堂倒塌了，囚徒们都受了伤，不过伤的很轻，他们随即离开了这座堆满杂物的小屋。在治疗伤口后，趁着监狱看守不注意，他们逃离了教堂。洛佩兹神父敲响了警钟，一个叫何塞.西门尼斯的士兵立刻试图追捕，然而把风的看守却开枪阻止了西门尼斯，看守觉得西门尼斯也可能打算跑到外面的壕沟去。
西门尼斯对看守累计的仇恨在之后表现了出来。那天被困者们不仅一天都保持着被围困的状态，他们虽还保留着粮食和士气，但从晚上开始菲律宾阵地传来了威胁的喊叫。
第二天早上，菲律宾人便使用从甲米地带来的大炮射击，炮弹穿透了墙壁，打碎了教堂唱诗处的柱子，打伤了几名士兵。
伴随着突击和围攻的一天天继续，菲律宾人再次尝试说服守军他们之间的战争已经结束了，他们共同的敌人是美国人。
此外他们还通过看守知道了守军在投降前的最后打算，就是躲进森林里。
此时教堂攻守兼备的钟楼，实际上已经被破坏了，所以一整晚——发出了过节般的热闹——他们都在借机修复它，趁这个时间，菲律宾人交替挖了两道更接近建筑物的壕沟，塔上的射手开火阻碍了菲律宾人的挖掘，并用一面在教堂找到的现成的旗帜更换了塔顶的旧旗帜。
在临近月末的19日，一个名叫Marcos José Petana 的士兵死于痢疾。
28日到29日的夜晚，躲在畜栏里的哨兵和马丁塞索发出警告，惊醒了所有的人起来做抵抗袭击的准备。虽然声音很清晰，但由于太过黑暗他们没能分辨出来任何人，所以值班人员没有执勤就去睡觉了。第二天天亮，被困者发现，菲律宾人打开了一扇在畜栏西墙原本已被钉上的窗户，他们还拆掉了厕所，使得畜栏的取水处保留在菲律宾人的火力范围内。

在大白天，菲律宾人再次袭击了教堂。中尉以及一些士兵在过夜的时候试图堵住窗口，菲律宾人再次试图破坏墙体，虽然守军试图打退入侵者，但菲律宾人躲在墙后面，很难打到他们。
最后守军成功用一个极富想象力的方法迫使菲律宾人撤退：他们先烧了一壶开水，然后倒进空的“澳洲咸牛肉罐头”里，用竹竿挑着，隔着墙倒在菲律宾人身上，同时让射手火力压制他们的移动。据米纳亚神父所称，这个方法是一个号手想出来的，而马丁塞索却将其归功于自己。虽然最开始菲律宾人开玩笑的喊叫道：“我们不是公鸡，所以你没必要给我们拔毛。”
但最后他们发出痛苦的喊叫逃跑了。
经马丁塞索证实他们的反击导致17名菲律宾袭击者伤亡。

最后的日子：阿吉拉尔中校的到来和投降
在战斗结束的一小时后，菲律宾人吹起了停战号角，并打出了一面西班牙国旗。马丁塞索同意接受会谈，很快一个穿着西班牙军装的人出现在教堂前。
这位阿吉拉尔中校是政府官员，他受菲律宾总督德.洛斯.里奥斯将军的委派，撤离和乐、三宝颜、巴西兰岛的西班牙军队，并且他得到一个新任务：去说服巴莱尔的小队解除武装，并和他一起回到马尼拉。里奥斯曾命令他“无论带不带上巴莱尔小队，最迟必须在6月2日返回马尼拉，因为我们将在6月3日搭乘‘莱昂十三世’号回西班牙。”«con el destacamento de Baler o sin él regresara a Manila el día 2 de junio a más tardar, puesto que él se embarcaba el 3 en el León XIII para España».

回到5月26日，他乘蒸汽船Uranus de Isabela号从巴西兰岛出发，陪同他完成任务的还有马尼拉的西班牙摄影师曼努埃尔.阿利亚斯.罗德里格斯（ Manuel Arias Rodríguez），后来他将几张巴莱尔的照片发表于《艺术插图》上（La Ilustración Artística）
5月29日，Uranus抵达巴莱尔的海岸，上岸后不久，阿吉拉尔就取得菲律宾人的许可，与守军指挥马丁塞索谈判。
为了能让守军确认自己为西班牙军人，阿吉拉尔便询问守军中是否有人曾在棉兰老岛服役，如果有的话就肯定知道他（不巧的是小队没有任何人在棉兰老待过），可以让他们作证。
之后他又告诉马丁塞索他是奉的里奥斯总督之命。鉴于马丁塞索表现出疑虑，阿吉拉尔便同意让他第二天早上看到海湾里的蒸汽船，并以开炮作为信号。
这次谈话并未获得马丁塞索的信任，他断定阿吉拉尔提到的蒸汽船Uranus不过是艘路过的商船，而关于那门准备发信号的小口径长炮，他则含沙射影的认为可能是先前菲律宾用过的那门甲米地大炮。
后来他在书里写道，他深信阿吉拉尔（连同里奥斯）都投诚到菲律宾那边去了。
教堂里守军划分为两派。以马丁塞索为首的一部分人认为这是菲律宾的诡计，而米纳亚神父和洛佩兹等人相信阿吉拉尔的诚意。
5月30日上午，蒸汽船出现在海湾并如约放了两炮，之后阿吉拉尔再次回来与守军会面。马丁塞索从教堂的钟楼上观察了船的运动，他确信这不是商船，而是菲律宾人在浅水区搭建的一个外形相似的模型。马丁塞索最终成功的说服了所有人相信他的推论。
当阿吉拉尔出现后，马丁塞索以蒸汽船不足以带他们携带的物资弹药和武器为由拒绝跟他上船，实际上他们就剩下一些子弹和几罐沙丁鱼了，但马丁塞索考虑这么说一方面可以让攻方以为自己还可以再打几个月，另一方面还想看看阿吉拉尔的反应。阿吉拉尔回答说他必须带他们和他们的物品离开，在三宝颜的西班牙军队也是这么做的。这种反应让马丁塞索的不信任感根深蒂固，他想到营救只是个借口，是菲律宾人为了解除他们武装的阴谋。
根据这些结论，马丁塞索赶走了阿吉拉尔。后者并没有放弃，一直试图说服他，随行的摄影师阿利亚斯.罗德里格斯也请求马丁塞索许可拍摄一些守军和教堂的照片，但后者没有同意。
谈话结束后马丁塞索让阿吉尔拉转告里奥斯将军他们至少打算在抵抗三个月以上，并且这段时间内不要派军舰来营救他们，他本人可以派人去马尼拉求援。
阿吉尔拉最后只得在教堂大门左侧塞了一捆报纸，并问塞索有没有人愿意同他一起离开，但只得到中尉坚定的否决。

之后他便登上蒸汽船，应里奥斯将军之约于6月2日回到马尼拉。
阿吉拉尔对守军的态度感到莫名其妙，他困惑的说道：“我的努力碰上了一群，有着我从没见过的固执的人，或者说精神错乱。”总之守军拒绝返回马尼拉给将军造成一种极其糟糕的整体印象，他发了一封电报给战争大臣Polavieja将军，描述说：“Uranus号带着阿吉拉尔中校回来了，它是去巴莱尔说服被菲律宾人围攻的小队带着所有的战争荣誉上船的；但是他们的首领，马丁中尉，不顾我的命令和政府派遣官员的说明，依然专横的拒绝放弃巴莱尔；据信是因为V.E.的原因。”（此处指的是小队害死莫雷纳斯上尉的谣言）
这些谣言得到回到马尼拉的阿吉拉尔的肯定，之后就要处理这支“逃兵小队”，他确信莫雷纳斯和阿隆索已被杀害，其余人是想抢占王子区金库的资金。不过，并不是所有人都相信这谣言。《马尼拉新闻》（El Noticiero de Manila）在3日发表社论驳斥在马尼拉疯传的谣言。2日的美国报纸《马尼拉时报》（Manila Times）不仅报道了事实，还在结尾(用西班牙语）鼓励道“好样的！西班牙万岁！”«¡Bravo! ¡Viva España!».

回到巴莱尔，在阿吉拉尔离开后不久，守军把拿走了他留在门口的文件，有包括《马德里公正报》在内的好几份报纸。米纳亚神父和Vigil de Quiñones 医生认为这些报纸是真的，马丁塞索仍然不相信，甚至当他们拿出旧报纸比较，证实排版、纸张质量以及其他特征相同后，他也一口咬定是菲律宾人伪造的。
最终，马丁塞索认为他已经争取到了一些时间，便对菲律宾人宣布他打算投降了，实际上他想到如果他去执行里奥斯将军的要求，那么围攻者就有可能放松警惕，这样的话他和手下就有机会逃到森林里。就这样，6月1日的晚上他们都在找出口。
那天晚上没有月亮，天气却很晴朗，但菲律宾人依然加强了警卫，因此西班牙人决定推迟行动。他们预定在第二天上午逃跑，并将剩下的无用的武器和弹药分发了，最后塞索下令枪决两名士兵， Vicente González和 Antonio Menache，这两人曾试图逃跑。“....在被包围中被认定并承认犯下叛国罪者，依照群岛总督 D. Basilio Augustí 在1898年4月23日下达的严令，将被处以死亡。”
这两名犯人在行刑前连祷告都没有作，因为神父根本没收到通知。

戏剧性的事情发生了，6月2日上午，马丁塞索在出发前突然又看了一次他认为是伪造的报纸，就在这张报纸中，他发现了一小段简介，终于让他意识这张报纸不可能是假的，战争真的结束了：这小段简介写的是军事调动，有一条公告是后备役步兵中尉弗朗西斯科.迪亚斯.纳瓦罗（Francisco Díaz Navarro）将调到安达卢西亚的马拉加。巧的是，在他调到古巴之前，塞索跟这个军官是非常亲密的好朋友，迪亚斯曾告诉塞索，他打算在古巴的战役结束后调回本土的安达卢西亚，因为他的家人和女友都住在那。

在这种尴尬的情况下，他只得找来洛佩兹神父、 Vigil de Quiñones 医生和米纳亚神父商量，他们还有什么建议，逃跑还是投降。马丁塞索这时才觉得投降是有利的，而医生和米纳亚反对这个做法，他们可能是觉得积怨太深行不通。
“我决定投降。这是最明智的选择。”«"Me decido por la capitulación. Es lo más sensato",
anunció Minaya»。既然没有得出任何结论，他们只得通知部队，让手下士兵自行决定。
马丁塞索主张投降，但大多数士兵反对，医生又提出如果某些条件得到尊重，可以投降。进行调解的两位神父也主张投降，他们说服了反对者，因此马丁塞索得以写好投降条款草案，并下令换上白旗。（此处塞索与神父又写的不同，主要是塞索省略了神职人员以及他们起的决定性作用）
不久后马丁塞索就通知菲律宾前哨要求带阿吉拉尔中校过来，一位菲律宾军官答复说，阿吉拉尔已经回马尼拉了，不过一会指挥他们的中校会过来。

不一会菲律宾人的指挥官西蒙.特克松（Simón Tecson,）连同他的参谋一起到了，马丁塞索请求提供一套桌椅和书写工具，神父和医生陪在他身旁，让他知道哪些地方需要渲染一下，以便写出一些体面而可以接受的投降条件。
特克松告诉马丁塞索如何起草，以及是否存在有辱身份的内容，他接受西班牙人的投降并允许他们带着武器离开他管辖的地区，他们有义务负责管理。马丁塞索回复道为了避免可能发生的事故，他愿意在教堂留下武器。最终他拟定并交付中校如下内容：
“1899年6月2日，在巴莱尔，西班牙小队的指挥官D·萨特尼诺马丁·塞索中尉，下令司号手吹奏立正集合号，悬挂白旗表示投降，之后围攻方用短号回应。并召集两军的指挥官和军官就以下条件作出妥协：
第一，从今天起双方停止敌对行为。
第二，守军放下武器，将其连同军事装备和其他属于西班牙政府的财产移交给围攻方的围攻方的指挥官。
第三，守军不属于战俘，他们可以加入跟随菲律宾共和国那边的西班牙军队或者去其他安全的地方。
第四，将尊重他们的特殊权益，不会冒犯他们。
并且，为了这个目的这份文书有必要提供一式两份，由下列的绅士们签字：
围攻方的西蒙.特克松中校；内梅西奥.巴托洛梅（Nemesio Bartolomé）少校；弗朗西斯科.T.庞塞（Francisco T. Ponce）上尉；
守军的指挥官，萨特尼诺.马丁少尉（即马丁塞索，前文提到他的军衔为少尉，但职衔是中尉做的）；Rogelio Vigil医生。”
两名神职人员没有签这份文书，事后他们却追悔莫及。

图为战后对幸存者进行编号
在围攻开始337天后，这份协议结束了战争。幸存下来的被困者，包括神职人员只有35人，有19人死亡，6人叛逃。