两天后的早晨，马丁塞索带领14人的巡逻队继续巡逻，并安全返回，尽管这些人并没有在值班的时候巡视村里的屋子，在他们离开时他们带走了教堂的大水壶。
第二天，巡逻在小队司令官阿隆索的指挥下进行，但这天有个叫菲利克斯.加西亚.托雷斯（Félix García Torres）的士兵叛逃。小队继续调理教堂，他们拆毁了修道院的一部分。得到的部分木材被储存下来，其余的将修道院的空间改建为畜栏，使其墙壁的根基完好无损。
塞索带来了4匹马，作万不得已的食物，但阿隆索和上尉都拒绝了。
6月30日上午，马丁塞索指挥的巡逻队在河边遭到袭击，他们在回到教堂后可能有1人负伤，他是杰苏斯·加西亚·奎贾诺（Jesús García Quijano）下士，他的脚受伤了。
这天战斗标志着围攻正式开始了。

7月1日到8月15日
在围攻的第一天，西班牙人在教堂附近发现一张纸条，菲律宾人警告他们，他们将遭到3个连的进攻并建议他们赶紧投降：“你们被包围了，西班牙已经投降了，为了避免流血...”（Estáis rodeados, los españoles han capitulado, evitad el derramamiento de sangre...），虽然守军并没有多相信这个消息，但敌人的数量却是毫无疑问的，他们担心遭到长期围困。马丁塞索决定在教堂中央打井，上尉便分配给他5个人，很快就在四米深的地方挖到大量的水。
第二天（7月2日）出现了一张新的便条。在这张新便条中，起义者——在收到前没有任何响应——坚称他们已经胜利，吕宋岛除了马尼拉以外所有地方都落入起义者手中，守军已经被包围了（信上写着2万人包围了马尼拉，那里没有水，守军很快就要投降）。
莫雷纳斯完全没有搞清楚状况，他作为西班牙的军政长官，不仅拒绝投降，反而还劝诫他们重新归顺，如果他们回心转意，他将“张开双臂”欢迎他们。
这份信件曾建议不要离开，教堂周围却了出现更多便条，警报声响起后，菲律宾人派出了一个举着白旗的使者。西班牙人的答复是，菲律宾是西班牙的一部分，同时还派出一个教会的人到菲律宾人那去，举着白旗发出相同的警告。
派教会的人去，是为了避免士兵可能的倒戈。事实上菲律宾人派出的第一个信使是塞索的一个叛逃的士兵，菲利普.赫雷罗.洛佩兹。中尉试图说服他归队，但他却不辞而别。
之后他们又派出一个叛逃者作为信使，菲利克斯.加西亚.托雷斯，守军警告说，如果菲律宾再派出这种叛徒来送信，迎接他们的将是子弹。

7月3日下午，西班牙人开始在庭院里建造在拆修道院时拆毁的面包炉。并开始布置厨房。
7月4日，为了缓解围困，守军派出两名志愿者，格雷戈里奥·卡塔尔伦和曼努埃尔·纳瓦罗，悄悄出击，他们摧毁了国民卫队营房，校舍以及教堂附近的一些建筑，菲律宾人不断的向他们开火。就在同一天，第一支美国地面部队抵达甲米地，由安德森将军指挥，他们作为梅里特将军第八军团的前哨。在来菲律宾的路上，第八军团误打误撞，在6月20日去了马里亚纳群岛的关岛。7月下旬，美国承诺让菲律宾起义军占领马尼拉，在得到美国的保证后，阿吉纳多让梅里特的部队进入城市周围的包围阵地。
在围攻的第八天，西里洛·戈麦斯·奥尔蒂斯（Cirilo Gómez Ortiz）前来指挥围攻部队，他称赞被围困小队拒绝投降的勇气，并提出休战，在夜幕降临前，他还给上尉送了一包烟丝，给每个士兵都送了一根香烟。
西班牙人同意停火，这是围困中唯一的一次休战，守军告诉奥尔蒂斯他们有充足的供应，并送他一瓶雪莉酒。
恢复作战后菲律宾人再次试图让守军投降，他们让几个逃兵站在教堂外面劝其他士兵也投降。

顶

多发点

顶，支持

系统又抽风了，瞎**删帖

起义军几乎每天都给被包围的守军发送消息。一天，两个西班牙叛逃者负责送信，他们是属于先前莫塔小队的士兵，他们认识守军中一个曾在Carranglán镇担任指挥的国民卫队军官，因为在9月初他们赶路路过巴莱尔时曾跟他见过。
国民卫队军官认识这两人，一个叫贾米.卡尔邓迪（Jaime Caldentey），他的副手叫阿隆索，他们是来自马略卡的同乡好友，于是便诚恳的邀请这两人加入他们，他告诉两个信使，西班牙驻军拥有充足的弹药粮食可以抵御进攻。
他们却佯装听不懂他的话，他们的答复中提到他们对家人的爱，并希望回到西班牙，并补充说如果执意抵抗只有死路一条，因为菲律宾所有的西班牙军队都投降了，他们再也不会得到增援了。
7月下旬，梅里特将军于6月29日留在旧金山的第八军团最后一个分队抵达吕宋岛。
至于巴莱尔，维拉科塔在7月31日又发出了一次最后通牒，这次他威胁第二天再不投降，他就要动用火炮。菲律宾起义者已经接收了一批火炮，维拉科塔威胁里的显然是指的这些。
8月1日12点，菲律宾人开始从东西南三个方向炮轰教堂，导致门和屋顶受损，因此这座堡垒实际上被炸成露天状态了。
也是这一天，马尼拉的围攻中，美国和西班牙军队发生了第一次直接冲突。

8月3日，卡尔邓迪和阿隆索似乎改变了主意，突然前来投奔。马丁.塞索却认为先前他们的谈话是在商定一起叛逃到菲律宾人那。四天后，由于从卡尔邓迪那里听到的消息，阿隆索中尉开始担心北面遭到袭击，那里只有一个警卫，果不其然，菲律宾人集中火力袭击这个方向，并搭上攻城梯试图爬上院墙，附近的一个卫兵连忙发出警报，此时西班牙人已经做好准备打退了攻击，在攻击进行的时候，他们还假装要冲出教堂攻击菲律宾人设防的建筑。
在听到火灾蔓延的消息后，菲律宾人撤回战壕并继续开火，他们完全搞不清楚情况。
一天后，卡尔邓迪在战斗中被一颗子弹射杀了，他当时正试图摧毁一门轰击教堂的大炮。
与此同时，8月7日梅里特向费尔明.贾德内斯.伊.阿尔瓦雷斯总督（Fermín Jáudenes y Álvarez）发出了最后通牒（他是奥古斯汀总督离开时留下的代理总督），美军将在48小时内进攻马尼拉，并允许平民撤退，当时在菲律宾已经约有2万美军。贾德内斯宣布他会抵抗，梅里特在五天后再次作出最后通牒。贾德内斯这时才估计大势已去，他们再也不可能得到本土的增援（7月20日他就知道预先通知的后备舰队没法到达菲律宾），于是他通过比利时领事与梅里特进行秘密会谈，他表示将把马尼拉让给美国，而不给菲律宾人。13日在美军装模作样的“进攻”后，贾德内斯下令向梅里特的美国军队投降，而无视阿吉纳多，之后接受杜威舰队的保护。参战者不知道的是，在前一天美西两国已经在华盛顿签署协议，双方已经停火。这个条约还规定美军将留在马尼拉作为担保，以等到和约正式签订才确定菲律宾的命运。

8月15日到9月30日
8月15日的战斗造成菲律宾起义者有一人负伤，他是Pedro Planas Basagaas。几天后，维拉科塔再次尝试劝服守军投降，此时王子区另一个重要居民点Casigurán的两个方济各会神父胡安.洛佩兹.吉兰（Juan López Guillén）和菲利克斯.米纳亚（Félix Minaya）已被起义者俘虏。
8月20日维拉科塔决定派他们俩去跟守军交谈关于形势的最新消息，假设他们收到了马尼拉政府覆灭的消息以此来让他们停止抵抗。他们向守军阅读他们携带的消息：
埃米利奥.阿吉纳多战斗在革命的最前沿。他成功的指挥一支庞大的军队，不仅装备精良而且有更好的补给。西班牙人无法抵抗菲律宾士兵的推进，因为他们更加高傲自大多且逞强。几乎所有的西班牙小分队都被我们控制，并且他们漂亮的步枪也在我们的手中。马尼拉就如同一个被肉食动物攻击的鸽棚已不再造成太大的阻力。美国人给了我们一些大炮并且有必要的话会要求他们派出蒸汽船轰击那些西班牙人自以为坚不可摧的炮台。然后，啊！然后他们所有人都死在废墟里。如果有人试图从灾难中逃生，也将会被砍杀，也不会有时间后悔；但现在还有时间，如果现在投降的人也会被视为骑士。
（原文：Emilio Aguinaldo está al frente de la revolución. Bajo sus acertadas órdenes opera un numeroso ejército, bien armado y mejor municionado. Al empuje de los soldados filipinos no saben resistir los espaoles, más soberbios y arrogantes que valientes. Casi todos los destacamentos están ya en nuestro poder y sus hermosos fusiles en nuestras manos. Manila no ofrece ya más resistencia que la de un palomar a los ataques de los a***les carnívoros. Los americanos nos han dado algunos caones y si fuese necesario vendrán aquí los vapores que les pidamos para bombardear ese fuerte que los espaoles creen inexpugnable. Y entonces, ah!, entonces morirán todos entre las ruinas. Si alguno consigue escapar de la catástrofe, será acuchillado. No será ya tiempo de perdón; pero ahora aún es tiempo. Si se entregan serán tratados como caballeros.）

维拉科塔最初只派出洛佩兹神父，他让一个菲律宾士兵打着白旗陪同。洛佩兹神父成功进入了教堂与守军会面，米纳亚神父在他的日记里记录道，当菲律宾指挥官说“你可以走了”后他表现得极度兴奋，之后便穿过菲律宾阵地进入教堂。
马丁塞索和米纳亚的日记都记载了神父与被围困者的谈话，但这俩人的记录确实截然不同的。两者一致认为被围困者不相信神父带来的消息。 但同时在马丁看来“无论他们做什么都可能是倾向于要求我们投降，我们无需再听这些已经听惯了的论点，但他们的口才确实精彩，令人印象深刻振奋人心。”而圣方济各会的米纳亚写的故事，则是他们“热情”的接受莫雷纳斯的命令并打算留下和他们呆在一起。（洛佩兹神父担心因抵抗而受到进一步的报复）
莫雷纳斯上尉最终决定尽可能少的提供关于守军的情况，这得到阿隆索中尉、卡雷尼奥牧师和Vigil de Quiñones医生的支持，但马丁塞索这时却毫不在意，他认为他们是“两张毫无用处的嘴”。（学者(Manuel Leguineche认为马丁塞索不喜欢这些方济各会的人，因为他们居然表示满足于被菲律宾人拘禁）

左侧是Vigil de Quiñones医生，中间是杰斯·加西亚·奎贾诺下士，右侧是马丁.塞索中尉，摄于1899年7月
最后是米纳亚神父结束了谈话“我们留在这里。我们是西班牙人。无论哪一个都是。我们将尽我们所能，让我们不要再过多谈论此事。结束吧。”（Nos quedamos aquí. Somos españoles. Lo que sea de uno será de todos. Haremos lo que podamos. No hablemos más del asunto. Está terminado）。在解决这个问题后，阿隆索中尉下令降下白旗并射击任何敢靠近教堂的人。

8月25日出现了第一条病死记录，遇难者是卡雷尼奥神父，他因肠道黏膜炎而衰弱，最终死于脚气病，他的遗体埋葬于教堂。就在同一天巴莱尔收到了第一条马尼拉沦陷，落入美国手中的消息，带来消息的是佩德罗.阿拉贡（Pedro Aragón），他来自巴莱尔附近的地方，几个月前曾参加围攻莫塔小队的战斗并被西班牙人俘虏关押在马尼拉，当城市沦陷后他回到村子，当地指挥官便命令他去跟牧师说话，告诉巴莱尔的守军马尼拉沦陷了，以此说服西班牙人投降，但没有成功。
9月30日，一名名叫Francisco Rovira Mompó也生病死于疟疾，当天，驻军收到了一封来自新怡诗夏的民事长官的信，他告诉莫雷纳斯菲律宾已经丢了。随后几天里又好几次传来整个群岛的西班牙军队投降的消息，最后来过此地的神父吉尔.阿西安萨也写了一封信，其中确认了引渡回西班牙驻军的消息，并试图让他们看到，已经没有必要继续抵抗了。然而守军并不相信从新怡诗夏省长（他是莫雷纳斯的熟人且这封信已被上尉确认）或其他人那获得的消息，他们坚信这不过是菲律宾人的诡计。

10月1日到11月22日
10月1日美西两国在巴黎开始了和平谈判，并将持续两个月，美国坚决不承认阿吉纳多任命的使节 Felipe Agoncillo作为谈判的外交代表，Agoncillo去了巴黎试图影响美国使团，也无济于事。
再说巴莱尔，10月9日又有两个被围困者死于脚气病：何塞.查韦斯.马丁（José Chaves Martín）下士和士兵拉蒙.多纳特.帕斯特（Ramón Donat Pastor）。
几天后，身负重伤的 Vigil医生（他在13日的冲突中被打伤）和年仅18岁的阿隆索萨亚斯中尉都患上脚气病，后者不久就去世。所以马丁塞索接替了小队的指挥。西班牙人开始思考如何预防脚气病，他们在尽量不破坏建筑安全性的情况下打开新通风口。（当时人们误以为脚气病是过于拥挤和不通风导致的）所以这些措施均告失败，士兵们几乎不能走路，所以哨兵站岗六小时后，需要健康的士兵帮助才能换班，通过床来缓解士兵的痛苦，并且哨兵岗位也加了把椅子，同时下士轮流巡逻各岗位哨兵的状态。
起义者们仍试图让西班牙小队投降，他们告知与美国开战的情况，但只得到新的拒绝。
在月底前新增了3人伤亡：
22日士兵José Lafarga因脚气病去世；
23日另一名士兵Miguel Pérez负伤；
25日又有士兵Román López Lozano死于脚气病。
为了避免与充满水分的土壤接触，一些士兵即兴制作了用鞋带绑成的木屐。
转到巴黎，在一致同意关于古巴和波多黎各的条款后，双方开始谈判关于菲律宾的问题。10月31日美国要求割让菲律宾群岛，西班牙代表在随后会议的反对被驳回。
巴莱尔教堂的健康情况在持续恶化，11月上半叶有四名士兵死亡：分别是Juan Fuentes Damián, Baldomero Larrode Paracuellos, Manuel Navarro León 和Pedro Izquierdo Arnáiz。尽管莫雷纳斯上尉的脚气病很严重，但他依然坚持抵抗菲律宾起义军，在他去世前曾写了一封邀请起义者投降的信，声称他们将被仁慈的对待和赦免，起义军回以侮辱和威胁，最后他在22日上午去世，他在忍受三星期没有进食后已经失去了知觉。
此时马丁塞索只剩下35名士兵了，1个号手和3个下士，几乎所有人都是患者。他们缺乏食品，虽然有足够的弹药抵抗下去。