第二天奥尔梅多和神父试图跟守军谈话，却失败了，因为9点半的时候守军开始从塔里射击（马丁塞索未记录，这是由奥尔梅多写的），因此特使放弃了，他回到了马尼拉。塞索说奥尔梅多在这里还待了几天，因为他曾听到附近的防御建筑里传来奥尔梅多的声音。Carlos Ría-Baja后来在马洛洛斯跟奥尔梅多谈过，后者承认他在巴莱尔停留了五天。这不是没有道理的，因为奥尔梅多看到任何一个叛逃者都跟菲律宾人在一起，包括Alcaide和赫雷罗。
据马丁塞索的证言，他之所以不信任奥尔梅多，是因为他传递重要消息却穿着便衣，而且用方法和途径都是通过菲律宾人的呼喊。此外虽然他自称是莫雷纳斯的同学，但一开始他就问塔楼上的塞索是不是莫雷纳斯，这很可疑。（米纳亚没有详细证言）另一方面贝洛托上尉出现了奇怪的情况，他出现在最近广场上。尽管有必要结束这种局面，马丁塞索认为，按照军规，在战争中执行书面命令，如果不能确凿验证来自上级处命令的真实性就不能投降，如果可能的话应该派出一个值得信赖的人去证实。
奥尔梅多到达马尼拉后散播的消息是：小队之所以不愿意投降，是因为他们杀害了莫雷纳斯而担心接受军方的审判。

2月25日到4月8日
2月25日，一个名叫 Loreto Gallego García的士兵向塞索报告，另一名叫Antonio Menache Sánchez打算逃跑。García声称Menache从几个月前就积攒了一笔小钱，他承认是要投靠菲律宾人。当时García没想太多，只把这当玩笑话，但昨晚却看到Menache悄悄的在楼梯附近的厕所处仔细观察着菲律宾小镇并试着攀爬最近的锯齿形窗户。附近的一个哨兵也看到了他，并招呼了Menache两次，但他没有回答，并转身回去了。那名哨兵也证实了当晚的事。
塞索对Menache召开了一场速审，他原本是一个坐牢的流浪汉，被抓入军队后分配到菲律宾，起初他否认一切，但最后也不得不招供。
但超出中尉意料的是，这次事件超出了他的想象，据Menache透露军队里的另外两名成员士兵José Alcaide Bayona和Vicente González Toca下士也想逃跑。虽然面对这种局面中尉本可以下令立即处决，不过他最后决定把他们锁起来并关在洗礼堂里。
这件事刺激了中尉，使得他对每个人都起了疑心。
在二月快完的时候，一天夜里一个值夜班的士兵看到有一头印度水牛（carabao，也可能是 búfalo）靠近教堂。
印度水牛（carabao）是一种反刍哺乳动物，是亚洲地区的物种，类似欧洲水牛，身体呈灰蓝色，牛角较扁微微弯曲且位置靠后。显然这是菲律宾人养的，用于提供新鲜的牛肉，他们带了一小群牛来到这个地区，正在菲律宾与西班牙战壕之间的空地吃草。那天晚上哨兵向这只动物开枪，却被它躲掉了。第二天晚上塞索亲自带着五个射手进入战壕，结果他们得到了其中一头。西班牙人摆出三天的烤牛盛宴来庆祝（一方面是因为他们缺盐，牛肉不能保存太久），最后在3月6日结束后，他们试图再捕一只水牛，但这次却遭到菲律宾人的射击警告。因为缺乏盐，剩下肉体开始腐烂，西班牙人不得不再进行尝试。
3月12日他们又得手了，但在狩猎结束后菲律宾人带走了剩下的牲畜。猎取这些牛给了西班牙人的生存一个次喘息，以至于除了食物，连鞋子，凉鞋都用剩下的牛皮制成。他们已达到不仅粮食短缺，连带来的服装都破破烂烂的可怜境地。在3月，他们都不能缝补剩下的衣物了，因为马丁塞索下令用来制作床单、衬衫和医疗物品。

二月份水牛闯入了双方阵地的空隙。在美菲战争中这种动物被用来驮运。

3月19日，玛利亚.克里斯蒂娜摄政王后批准巴黎合约（2月6日美国国会以与菲律宾战争产生爱国热情三分之二多数和中立票通过批准该条约，麦金利总统确实是这么做的）。

（在3月19日王后批准签订巴黎合约后，4月11日，法国驻华盛顿大使Jules Cambon获得授权，代表西班牙政府签署巴黎合约。签署仪式发生在白宫林肯的房间“坚毅桌”上）
6天后的3月25日，教堂里最后的稻米也吃光了，于是为了维持生存，马丁塞索下令部队执行攻击行动：他命令在附近街道挖通一条战壕以便可以控制两栋菲律宾人的防御建筑，防止他们之间通信。这项工程在未引起菲律宾人注意的情况下完成，并且被修的能在不被人发现的情况下撤离。
三天后，中尉布置在战壕内的一些人发起袭击，令菲律宾人大吃一惊，他们在街道上留下2名死者和1个重伤员。
在3月30日凌晨菲律宾人作出回击，他们使用的是西班牙人在甲米地移交给他们的现代化火炮。阿吉纳多在美军前进之前就把他的政府从马洛洛斯搬到圣费尔南多，他大约的听说了巴莱尔的这个历史冗长的据点，便打算派出现代化火炮来攻破这个坚固的教堂。然而，火炮并没有对西班牙人造成重大损伤，因为西班牙的射手试图消灭菲律宾炮兵，并且大炮缺乏弹药。在4月的第8天，炮击就停止了。
在第8日熏肉、剩下的咖啡豆和咖啡都消耗光了，所以守军几乎别无选择，只能投降。不过塞索认为这样是一种耻辱，并且也相信菲律宾人和叛逃者对守军充满了愤怒，于是选择继续抵抗。

4月：约克顿号的救援远征

1899年4月，仍然留在菲律宾的马尼拉大主教Nozaleda找到美国当局，要求他们派人去巴莱尔并接受被围困的守军的投降(为了救回他们)，因为他推测这些守军是不想向菲律宾人投降，如果是美军就不一样了。美国遂派遣炮舰“约克顿”号前往；为了防止菲律宾起义者获得走私的武器，它先前参与了吕宋岛沿岸的海上封锁线。约克顿号火力强大，它配备了6英寸（15.2cm）大炮和加特林机枪，约克顿号上的指挥官还带着马尼拉大主教的一封说服守军停止抵抗的信。

4月11日在华盛顿双方互换了巴黎条约的批准书，所以在当天这个条约条款和领土主权变更正式生效。
就在同一天，炮舰抵达了巴莱尔湾。大约在下午两点，守军听到外边传来几声炮响（马丁塞索说炮声从内陆传来，朝向San José de Casignán；米纳亚神父说炮声来自海边）。被围困的守军爆发出一阵欢呼，他们认为这些炮声意味着救援部队的到来。虽然不知道海岸发生了什么事，西班牙仍越发的喜悦，尤其是在晚上看到一艘船的探照灯从海湾照亮陆地后，更是兴奋得整晚睡不着觉。
当西班牙人准备好等待救援的时候，约克顿号的指挥官斯佩里准将（Sperry，后升任海军少将）在下午派出威廉.哈里森.斯坦德利少尉（William Harrison Standley ，日后他成为美国海军上将）上岸与菲律宾人谈判。他得到的指示是假如菲律宾人准许，并且在安全的情况下再带走被围困者。菲律宾的态度似乎是准许的，但斯坦德利怀疑包围者是否真的愿意，于是他回到了船上而没有去接近巴莱尔。由于小镇并不沿海，在公海上无法看见情况,斯坦德利便决定让志愿前去的士兵在黎明时登陆，以免被巴莱尔的菲律宾军队察觉。

12日凌晨4点美军进行了登陆，登陆小队有14名士兵，由詹姆斯·C·吉尔莫尔（James C. Gillmore）中尉指挥，小队还有一挺柯尔特机枪（M1895）,他们在海岸河口处设下圈套引诱菲律宾人。
虽然吉尔莫尔得到的命令只是尽可能吸引菲律宾哨兵对海岸的关注，但他还是决定沿河往内陆走，他担心菲律宾人抓到他派去的2名侦察兵而察觉到登陆。对于菲律宾哨兵可能的反应，吉尔莫尔寄希望于他们携带的机枪的威力。然而，这份自信是多余的，他们一进入河流域就遭到伏击，2人当场被杀，另有2名伤势严重的伤员，幸存者们被迫投降。教堂的被困者们完全不知道发生了什么，他们在早上6点听到枪声后，立刻喜悦的大喊：“万岁！万岁！我们胜利了！”«¡Viva, viva, hemos vencido!»
当天下午，西班牙人再次从海上听到炮声，马丁塞索下令攻击教堂包围网的漏洞处，并进行三次齐射，他相信救援人员能看到这里的守军依然存在，免得他们走了。
到了晚上，被困者们再次看到了希望，军舰的电力探照灯射到了海岸上，中尉便派了两个人爬上钟楼，点燃一块用煤油浸染的布，再用长竹杆挑着，希望能被船上的人注意到，但没有得到回应。

4月13日凌晨4点，约克顿号的探照灯突然关掉了，并且它驶离了这片海域。
在约克顿号上，斯坦利少尉和他的同伴们本打算再次登陆，他们听到了岸上被困者与菲律宾人的一阵阵战斗声，就确认了守军仍然存活着。

倒了大霉的詹姆斯.C.吉尔莫尔中尉
吉尔莫尔在被释放后，于1900年8月出版了他的见闻，他记叙道在他们被俘后，路过巴莱尔时仍然看到西班牙的小队正在教堂里抵抗，但他或他手下的人并没有向教堂表明他们已经投降了。
在吉尔莫尔小队被菲律宾人俘获的几个月后，一个水手成功的从囚禁中逃脱，他后来称菲律宾非正规军曾请求他们去劝服巴莱尔的西班牙守军，表示愿意接受有条件投降，投降可以保留武器装备，如果劝说成功了，无论是守军还是美国水兵都将会送回约克顿号。吉尔莫尔试图完成与菲律宾人的交易，他派一个手下去教堂告诉西班牙人，如果他们向菲律宾人放下武器，作为交换他们可以搭乘美国船只回国；而马丁塞索却回答道，这对于西班牙军队来说是一种耻辱，他驳回了美国人的提议，并用枪击来威吓驱赶使者。

西班牙方面（塞索和米纳亚）也有这方面的记载，大约4月13日下午，菲律宾人的壕沟上居然出现了一面美国国旗！这让西班牙守军大为惊讶，因为几个月来他们对外界的事一无所知。之后出现一个自称美国水手的陌生人，他告诉守军在海湾停泊着一艘美国船，如果他们接受投降提议的话，就准备带他们回西班牙。

美国指挥官在19日告知西班牙当局任务失败。在阿吉纳多的命令下，吉尔莫尔等人被带到圣伊西德罗，当时那里是菲律宾独立政权的总部。卢纳将军打算下令处决他们，但最终多亏了阿吉纳多的干预，他们只是被关押了几个月。由于美军在吕宋岛的推进，这些囚犯又被转移到吕宋岛北部卡加延省的阿帕里，直到1899年4月美军占领那里后才被释放。

5月29日之前的日子
菲律宾人在4月20日晚发起了一次强大的进攻并试图烧毁教堂，西班牙守军拼尽全力才将其击退，甚至连Vigil医生都参加了战斗，他在战斗中发挥了关键的作用。在这个月里，菜豆和咖啡都吃光了，口粮减少到只能吃一些米饭、嫩葫芦叶子、煎煮的橘子叶，一些蜗牛，他们还猎取靠进教堂的任何动物（如猫、狗、爬行动物或乌鸦）
从5月份开始，菲律宾人每天都会发起攻击，不过只有一个名叫Pedro Planas Basagañas的士兵受了轻伤。
到了7日，一个名叫 Salvador Santa María Aparicio 因炮火冲击受了重伤，他在5天后死亡。炮击位置是固定的，菲律宾人的目的是为了让炮兵免遭西班牙射手的射击。
5月8日，3名士兵因试图逃跑而被关在洗礼堂，因为炮轰洗礼堂倒塌了，囚徒们都受了伤，不过伤的很轻，他们随即离开了这座堆满杂物的小屋。在治疗伤口后，趁着监狱看守不注意，他们逃离了教堂。洛佩兹神父敲响了警钟，一个叫何塞.西门尼斯的士兵立刻试图追捕，然而把风的看守却开枪阻止了西门尼斯，看守觉得西门尼斯也可能打算跑到外面的壕沟去。
西门尼斯对看守累计的仇恨在之后表现了出来。那天被困者们不仅一天都保持着被围困的状态，他们虽还保留着粮食和士气，但从晚上开始菲律宾阵地传来了威胁的喊叫。
第二天早上，菲律宾人便使用从甲米地带来的大炮射击，炮弹穿透了墙壁，打碎了教堂唱诗处的柱子，打伤了几名士兵。
伴随着突击和围攻的一天天继续，菲律宾人再次尝试说服守军他们之间的战争已经结束了，他们共同的敌人是美国人。
此外他们还通过看守知道了守军在投降前的最后打算，就是躲进森林里。
此时教堂攻守兼备的钟楼，实际上已经被破坏了，所以一整晚——发出了过节般的热闹——他们都在借机修复它，趁这个时间，菲律宾人交替挖了两道更接近建筑物的壕沟，塔上的射手开火阻碍了菲律宾人的挖掘，并用一面在教堂找到的现成的旗帜更换了塔顶的旧旗帜。
在临近月末的19日，一个名叫Marcos José Petana 的士兵死于痢疾。
28日到29日的夜晚，躲在畜栏里的哨兵和马丁塞索发出警告，惊醒了所有的人起来做抵抗袭击的准备。虽然声音很清晰，但由于太过黑暗他们没能分辨出来任何人，所以值班人员没有执勤就去睡觉了。第二天天亮，被困者发现，菲律宾人打开了一扇在畜栏西墙原本已被钉上的窗户，他们还拆掉了厕所，使得畜栏的取水处保留在菲律宾人的火力范围内。

最后的日子：阿吉拉尔中校的到来和投降
在战斗结束的一小时后，菲律宾人吹起了停战号角，并打出了一面西班牙国旗。马丁塞索同意接受会谈，很快一个穿着西班牙军装的人出现在教堂前。
这位阿吉拉尔中校是政府官员，他受菲律宾总督德.洛斯.里奥斯将军的委派，撤离和乐、三宝颜、巴西兰岛的西班牙军队，并且他得到一个新任务：去说服巴莱尔的小队解除武装，并和他一起回到马尼拉。里奥斯曾命令他“无论带不带上巴莱尔小队，最迟必须在6月2日返回马尼拉，因为我们将在6月3日搭乘‘莱昂十三世’号回西班牙。”«con el destacamento de Baler o sin él regresara a Manila el día 2 de junio a más tardar, puesto que él se embarcaba el 3 en el León XIII para España».

回到5月26日，他乘蒸汽船Uranus de Isabela号从巴西兰岛出发，陪同他完成任务的还有马尼拉的西班牙摄影师曼努埃尔.阿利亚斯.罗德里格斯（ Manuel Arias Rodríguez），后来他将几张巴莱尔的照片发表于《艺术插图》上（La Ilustración Artística）
5月29日，Uranus抵达巴莱尔的海岸，上岸后不久，阿吉拉尔就取得菲律宾人的许可，与守军指挥马丁塞索谈判。
为了能让守军确认自己为西班牙军人，阿吉拉尔便询问守军中是否有人曾在棉兰老岛服役，如果有的话就肯定知道他（不巧的是小队没有任何人在棉兰老待过），可以让他们作证。
之后他又告诉马丁塞索他是奉的里奥斯总督之命。鉴于马丁塞索表现出疑虑，阿吉拉尔便同意让他第二天早上看到海湾里的蒸汽船，并以开炮作为信号。
这次谈话并未获得马丁塞索的信任，他断定阿吉拉尔提到的蒸汽船Uranus不过是艘路过的商船，而关于那门准备发信号的小口径长炮，他则含沙射影的认为可能是先前菲律宾用过的那门甲米地大炮。
后来他在书里写道，他深信阿吉拉尔（连同里奥斯）都投诚到菲律宾那边去了。
教堂里守军划分为两派。以马丁塞索为首的一部分人认为这是菲律宾的诡计，而米纳亚神父和洛佩兹等人相信阿吉拉尔的诚意。
5月30日上午，蒸汽船出现在海湾并如约放了两炮，之后阿吉拉尔再次回来与守军会面。马丁塞索从教堂的钟楼上观察了船的运动，他确信这不是商船，而是菲律宾人在浅水区搭建的一个外形相似的模型。马丁塞索最终成功的说服了所有人相信他的推论。
当阿吉拉尔出现后，马丁塞索以蒸汽船不足以带他们携带的物资弹药和武器为由拒绝跟他上船，实际上他们就剩下一些子弹和几罐沙丁鱼了，但马丁塞索考虑这么说一方面可以让攻方以为自己还可以再打几个月，另一方面还想看看阿吉拉尔的反应。阿吉拉尔回答说他必须带他们和他们的物品离开，在三宝颜的西班牙军队也是这么做的。这种反应让马丁塞索的不信任感根深蒂固，他想到营救只是个借口，是菲律宾人为了解除他们武装的阴谋。
根据这些结论，马丁塞索赶走了阿吉拉尔。后者并没有放弃，一直试图说服他，随行的摄影师阿利亚斯.罗德里格斯也请求马丁塞索许可拍摄一些守军和教堂的照片，但后者没有同意。
谈话结束后马丁塞索让阿吉尔拉转告里奥斯将军他们至少打算在抵抗三个月以上，并且这段时间内不要派军舰来营救他们，他本人可以派人去马尼拉求援。
阿吉尔拉最后只得在教堂大门左侧塞了一捆报纸，并问塞索有没有人愿意同他一起离开，但只得到中尉坚定的否决。

之后他便登上蒸汽船，应里奥斯将军之约于6月2日回到马尼拉。
阿吉拉尔对守军的态度感到莫名其妙，他困惑的说道：“我的努力碰上了一群，有着我从没见过的固执的人，或者说精神错乱。”总之守军拒绝返回马尼拉给将军造成一种极其糟糕的整体印象，他发了一封电报给战争大臣Polavieja将军，描述说：“Uranus号带着阿吉拉尔中校回来了，它是去巴莱尔说服被菲律宾人围攻的小队带着所有的战争荣誉上船的；但是他们的首领，马丁中尉，不顾我的命令和政府派遣官员的说明，依然专横的拒绝放弃巴莱尔；据信是因为V.E.的原因。”（此处指的是小队害死莫雷纳斯上尉的谣言）
这些谣言得到回到马尼拉的阿吉拉尔的肯定，之后就要处理这支“逃兵小队”，他确信莫雷纳斯和阿隆索已被杀害，其余人是想抢占王子区金库的资金。不过，并不是所有人都相信这谣言。《马尼拉新闻》（El Noticiero de Manila）在3日发表社论驳斥在马尼拉疯传的谣言。2日的美国报纸《马尼拉时报》（Manila Times）不仅报道了事实，还在结尾(用西班牙语）鼓励道“好样的！西班牙万岁！”«¡Bravo! ¡Viva España!».