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11月23日到12月22日
菲律宾人多次尝试与西班牙守军沟通，但马丁塞索拒绝接收任何邮件。由于担心这种态度是在暗示守军士气动摇，中尉便受命组织小型的“聚会”每天晚上与士兵们娱乐，教堂里充满歌声和夸张的鼓掌。西班牙人的态度激怒了菲军，随即遭到他们暴风般的射击和咒骂，反过来又刺激了守军的勇气。
这之后，起义军开始围绕西班牙阵地修建战壕并加固了教堂西侧约40米处的几栋房子。围攻者在其中一间安置了一些大炮，可以很轻易的炸毁圣器室。于是便有几名士兵主动请缨作为志愿者出击（Juan Chamizo Lucas和José Alcaide Bayona，后者在马丁塞索版的故事里被省略了），他们借着菲律宾人停火的时机，从后面悄悄溜出去，很快便得手，烧掉了教堂附近的房屋，并在返回时未受到阻击全身而退。
此时在吕宋岛，菲律宾共和国政权正在用各种手段变成一个国家。从9月15日开始，革命临时政府人员聚集在布拉干省马洛洛斯的 Barásoain教堂，召开菲律宾第一共和国国会，这次会议被著称为“马洛洛斯大会”（Congreso de Malolos），起草宪法，并于11月29日由国会批准通过。但他们并不知道，在前一天28日，巴黎的西班牙代表接受了美国的最后通牒，同意将菲律宾割让给美国。
12月8日，又有一名叫Rafael Alonso Mederos的士兵因脚气病去世。马丁塞索希望消除新的死亡带来的阴影，便借着过西班牙的圣灵感孕节（Inmaculada Concepción），下令举办一场舒适的宴会。士兵们得到了甜甜圈，沙丁鱼罐头和咖啡，虽然只是勉强维持，但也有助于提高士气。
两天后的12月10日，西班牙正式签署放弃古巴主权，割让波多黎各、菲律宾、关岛给美国的条约，最终结束了两国的战争。前两者（古巴和波多黎各）是作为战争赔被割让，而菲律宾则是美国支付2000万美元给西班牙作为有偿转让。美国还负责管理“古巴和菲律宾起义者手中全部的西班牙俘虏的自由”。

与此同时，巴莱尔的围攻者决定再做一次新的尝试促使教堂守军投降。菲律宾将军利亚内拉（Llanera）下令派遣一个在圣伊西德罗俘虏的西班牙战俘作为谈判代表，他选择的人是国民卫队的卡洛斯.贝洛托（Carlos Belloto）上尉，此人曾参加过9月初圣伊西德罗的防守战。12月6日维拉科塔（此时为上校）到新怡诗夏接贝洛托，他曾试图拒绝，但说不通，只得接受起义者的任务。
据了解先前在在马尼拉的罗当上尉也在其中，当天他还设法从圣伊西德罗的俘虏中逃跑。
在巴莱尔，奥尔蒂斯和维拉科塔带领菲律宾人继续他们的炮击，但并没有再进行强有力的攻击方式，可能是他们觉得与西班牙的战争结束了。教堂外不仅可以听到枪炮的噪声，还有菲律宾士兵侮辱的吼叫，一些西班牙叛逃者也跟着喊叫，以彰显自己的存在，这件事极大的激怒了守军。

粮食短缺，导致守军想出了一个得到教堂周围生长的新鲜南瓜和水果的办法（根据马丁塞索的记录，那是他一个人想出来的，而米纳亚神父的记录是全体猎兵一起想出来的），要得到食物，就必须袭击小镇，放火吸引全镇居民，制造混乱。这项计划原定于圣诞节进行，但由于医生预测到自己的虚弱，他觉得自己不该再吃些新鲜的东西，因为他很快就会死去。守军试着溜了出去，马丁塞索痛苦的记叙着有20个人，将走出去到开阔的地方面对数量要多得多的敌人，外边有卫生状况良好的战壕，这个意外因素倒是他们唯一的优势。
中尉任命José Olivares Conejero下士指挥并选择了14名优秀的士兵去完成放火任务，该小组必须通过战壕与圣器室之间的间隙离开教堂，围绕离教堂北部最近的房子放火。留在教堂的人负责掩护他们。
大约在12月14日10点半，下士和他的手下按计划离开了教堂。他们快速的突袭并放了火，火势的蔓延很快就让战壕里的起义军撤回来救火。这次袭击发生后，小镇的大部分和周围的战壕都被摧毁了。包围圈的南边也被撕开一个口子，这让西班牙人可以打开自包围以来被封闭的教堂大门，并能清楚的看到河流区域，以及河上停着的为菲律宾人提供补给和储存物资的小船。进行这次行动的西班牙小队没有任何伤亡，菲律宾军民伤亡未知，不过跟西班牙人差不多，因为这次袭击西班牙人得到了很多新鲜蔬菜和水果，还额外拿了些木板，建筑梁和金属杆。为了感激Olivares的勇气，Vigil de Quiñones把自己的表送给他，新鲜食物有效的减少了脚气病的发病率。
袭击事件之后，西班牙人在开放地区离畜栏围墙大约4、5米的地方建立了一个污水池，使得卫生条件大为改善，此外在保护门的战壕入口附近，他们还修了个菜园，可以不必冒敌人的火力获得新鲜食物。利用袭击获得的材料，西班牙人修补了被菲律宾炮火损坏的屋顶，尽管他们努力的修复，但屋顶几乎不能承受强一点的风雨，并且飞檐在一个风雨交加的夜晚垮了，直到西班牙人离开前的这段时间都没有再修复的可能。
菲律宾人也利用了未被烧毁的房屋和新挖掘的战壕设防，这次离教堂更远，并且为了防止降雨和河流导致的洪水他们不得不将底座建在平台上。

此时，马尼拉方面对于巴莱尔驻军的情况一无所知。12月14日那个在围攻一开始就叛逃的菲律宾卫生兵Tomás Paladio到达马尼拉，不过并未引起人们注意，因为第一次巴莱尔起义时王子区的军政长官洛佩兹.伊利萨里上尉曾错误的以为巴莱尔小队在10月23日投降了。直到12月25日罗当上尉抵达，人们才知道巴莱尔还存在一支猎兵小队。
12月份期间（马丁塞索未标明日期），菲律宾人采用了一种新办法诱使西班牙人投降，中尉委婉的将其称为“美人计”（reclamos femeninos）。菲律宾人考虑到守军长期没有X生活，便在教堂前派出一个半裸的女性，还模拟夫妻间的X生活。为了避免诱惑，中尉下令所有士兵撤进教堂内，试图通过其他方法，如祷告、唱圣歌的方式使士兵分心。马丁塞索承认：“在这可悲的情况下,‘美人计’妨碍了我们的生活，我们一直非常好的抑制了性感和欲望。”
12月21日，美国总统麦金利发表了著名的《仁慈同化》（Asimilación Benevolente）宣言，宣布菲律宾的主权属于美国（即使此时巴黎条约还没被批准），使得美国政府派遣陆军去菲律宾群岛，并采取一切必要的武力来达到自己的目的。

噫

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1898年12月23日到1899年2月24日
12月23日，维拉科塔带着贝洛托上尉和一个助手从新怡诗夏返回巴莱尔。之后贝洛托设法跟吉尔.阿西安萨神父进行交流，同他分享自己对局势的厌恶。“我有什么权力要求全队投降？”神父说道，贝洛托不得不写信解释，他被带到巴莱尔就是为了跟守军交谈。
第二天马丁塞索得知，菲律宾人呼吁进行会谈，并给让使节送来三份书信。一份来自维拉科塔上校，信上写到贝洛托上尉专程来到他们营地负责跟守军交流，为了便于这个目的，敌对行动将停止，直到会谈结束，信上还写了会谈时间和双方沟通的方式。第二封信是贝洛托写的，第三封则是阿西安萨神父写的，他请求守军相信贝洛托和会谈。
在这一点上马丁塞索的描述和阿西安萨之间存在差异。
据中尉所述，为了确认“官方”有可能失去菲律宾的消息，他表示会派人在小镇的广场上等待，当人派出去后却没有任何菲律宾代表出现，于是塞索立刻下令降下白旗，因为天色开始变暗了，塞索还下令士兵射击出现的任何起义者，在他看来这是个陷阱，为了查验是否有人会不害怕的站出来。
而据阿萨西安却说守军根本没对贝洛托上尉的信作出回复，这让上尉感到很高兴。（他感觉保住了军人尊严），因为直到26日贝洛托都在巴莱尔执行任务，这是圣诞节那天做弥撒时贝洛托亲口告诉他的。
西班牙人用额外分量的南瓜、甜橘皮和咖啡庆祝圣诞夜。随着有人发现了一些过去小镇乐队存放在教堂内的乐器，他们便即兴举办派对。
到了年底，大米已经吃完，使得守军不得不求助于向加西亚·卡雷诺购买palay，几乎所有的谷物都需要脱壳才能食用，之后所有人的口粮更少了。
在巴莱尔之外，1899年1月4日，奥蒂斯将军发布麦金利总统的宣言，在菲律宾建立美国的主权，但为了不刺激菲律宾人激起的不良反应而修改了部分原文。第二天，阿吉纳多对美国人的主权要求提出抗议，因为他在1月1日就被选举为菲律宾总统。

1月13日，又有一名叫 Marcos José Petanas的西班牙士兵被打伤。
那天晚上有一个菲律宾士兵悄悄在教堂门口悄悄留了一些菲律宾报纸，守军在第二天早上发现并且阅读了，内容给马丁塞索造成很大困扰，比如上面写着被美军士兵逮捕的西班牙人，小偷小摸的菲律宾人，Albulug（卡加延）教区的牧师以支持起义者换取他们允许他继续管理咖啡种植园。
“毛虫的分泌物”（Secreciones de oruga），马丁塞索这么称呼这个消息，他撕碎并禁止阅读任何菲律宾人发来的消息。
2月1日，菲律宾总督德洛斯里奥斯将军派步兵上尉米格尔.奥尔梅多（Miguel Olmedo）到巴莱尔勒令守军投降。他和随行的两个伙伴穿着便服，于两周后登上巴莱尔的土地，当时美菲战争已经爆发了。
战争开始于2月4日，当天美军对着马尼拉贫民窟里的一队菲律宾士兵开火，当场打死3人。第二天在没有对事件展开调查的情况下，麦克阿瑟将军下令加快对菲律宾人的包围线，以便迎接马尼拉之战。尽管阿吉纳多尽可能避免开战，他派遣一个谈判代表去见奥蒂斯将军，但后者拒绝停止攻势。无奈之下阿吉纳多发布公告，通知菲律宾人民战争回来了。
在2月13日，士兵José Sáus Meramendi因脚气病死亡，他是最后一个死于围困的守军。第二天，所谓的菲律宾“国会”议员和一个欧洲人出现在教堂前，这便是奥尔梅多上尉。中尉矗立在教堂的塔楼里，奥尔梅多大声的询问顶上的人是否是莫雷纳斯上尉（米纳亚版没有这个细节）。马丁塞索回答他自己是小队的军官之一，莫雷纳斯不愿意和任何人讲话，并告诉奥尔梅多自己可以带话。
奥尔梅多告诉塞索他带来一份官方声明并且他接到的命令是亲自交给莫雷纳斯。由于莫雷纳斯已经过世，塞索假装在教堂内商量的样子，最后拒绝他进来，奥尔梅多只能妥协，把总督的消息给了士兵，声明上有德洛斯里奥斯将军的签名并注明日期是2月1日，内容为责令其离开这个教堂，因为西班牙与美国已经签订和平条约把岛屿割让出去了，以下是奥尔梅多的指示：
西班牙与美国已经签署了和平条约，最后列举的这些岛屿的主权已经被割让，您将负责撤离这个要塞，并且带上武器、弹药和钱财，我的口头指示和命令将交给步兵上尉唐.米格尔.奥尔梅多.伊.卡沃尔。——愿上帝多年来保佑你——马尼拉，1899年2月1日，迭戈.德洛斯里奥斯
（Habiéndose firmado el tratado de paz entre España y los Estados Unidos, y habiendo sido cedida la soberanía de estas Islas a la última nación citada, se servirá usted evacuar la plaza, trayéndose el armamento, municiones y las arcas del tesoro, ciñéndose a las instrucciones verbales que de mi orden le dará el Capitán de Infantería don Miguel Olmedo y Calvo. — Dios guarde a usted muchos años. — Manila, 1º de Febrero de 1899. — Diego de los Ríos.）
马丁塞索不相信消息的真实性（米纳亚也不相信，他写到“从他的第一句话起，我们就想通了，这个人既不是我军的上尉，也不是里奥斯总督派来的，他只是个叛乱者或逃兵。”），便告诉奥尔梅多上尉已经知道了，他可以走了。特使要求在教堂过夜，却遭到了拒绝，这让奥尔梅多感到非常吃惊，因为莫雷纳斯和他是同学。他忍着问塞索当他可能会回来时的暗号时，塞索答复说，大声敲打呼叫并手举白旗。当奥尔梅多回到菲律宾阵地后跟阿西安萨神父聊了起来，据他说教堂里发生了什么“奇怪的事情”：
啊，莫雷纳斯上尉已经死了或者是被绑架了。我很奇怪为什么他听到我的声音却一直不走出教堂迎接我。让我们等到明天。我曾经说过，八九点讲话时我可以在教堂介绍下我自己。我们俩都去，千方百计也要挽救我们那可怜的猎兵兄弟。
（O el capitán Las Morenas ha muerto o lo tienen secuestrado. Me extraña mucho que al oír mi voz no haya salido de la iglesia para saludarme. Vamos a esperar a mañana. Me han dicho que si de ocho a nueve tocan a parlamento podré presentarme en la iglesia. Iremos los dos. Hagamos todo lo posible para salvar a esos pobres Cazadores que son hermanos nuestros.）

第二天奥尔梅多和神父试图跟守军谈话，却失败了，因为9点半的时候守军开始从塔里射击（马丁塞索未记录，这是由奥尔梅多写的），因此特使放弃了，他回到了马尼拉。塞索说奥尔梅多在这里还待了几天，因为他曾听到附近的防御建筑里传来奥尔梅多的声音。Carlos Ría-Baja后来在马洛洛斯跟奥尔梅多谈过，后者承认他在巴莱尔停留了五天。这不是没有道理的，因为奥尔梅多看到任何一个叛逃者都跟菲律宾人在一起，包括Alcaide和赫雷罗。
据马丁塞索的证言，他之所以不信任奥尔梅多，是因为他传递重要消息却穿着便衣，而且用方法和途径都是通过菲律宾人的呼喊。此外虽然他自称是莫雷纳斯的同学，但一开始他就问塔楼上的塞索是不是莫雷纳斯，这很可疑。（米纳亚没有详细证言）另一方面贝洛托上尉出现了奇怪的情况，他出现在最近广场上。尽管有必要结束这种局面，马丁塞索认为，按照军规，在战争中执行书面命令，如果不能确凿验证来自上级处命令的真实性就不能投降，如果可能的话应该派出一个值得信赖的人去证实。
奥尔梅多到达马尼拉后散播的消息是：小队之所以不愿意投降，是因为他们杀害了莫雷纳斯而担心接受军方的审判。

2月25日到4月8日
2月25日，一个名叫 Loreto Gallego García的士兵向塞索报告，另一名叫Antonio Menache Sánchez打算逃跑。García声称Menache从几个月前就积攒了一笔小钱，他承认是要投靠菲律宾人。当时García没想太多，只把这当玩笑话，但昨晚却看到Menache悄悄的在楼梯附近的厕所处仔细观察着菲律宾小镇并试着攀爬最近的锯齿形窗户。附近的一个哨兵也看到了他，并招呼了Menache两次，但他没有回答，并转身回去了。那名哨兵也证实了当晚的事。
塞索对Menache召开了一场速审，他原本是一个坐牢的流浪汉，被抓入军队后分配到菲律宾，起初他否认一切，但最后也不得不招供。
但超出中尉意料的是，这次事件超出了他的想象，据Menache透露军队里的另外两名成员士兵José Alcaide Bayona和Vicente González Toca下士也想逃跑。虽然面对这种局面中尉本可以下令立即处决，不过他最后决定把他们锁起来并关在洗礼堂里。
这件事刺激了中尉，使得他对每个人都起了疑心。
在二月快完的时候，一天夜里一个值夜班的士兵看到有一头印度水牛（carabao，也可能是 búfalo）靠近教堂。
印度水牛（carabao）是一种反刍哺乳动物，是亚洲地区的物种，类似欧洲水牛，身体呈灰蓝色，牛角较扁微微弯曲且位置靠后。显然这是菲律宾人养的，用于提供新鲜的牛肉，他们带了一小群牛来到这个地区，正在菲律宾与西班牙战壕之间的空地吃草。那天晚上哨兵向这只动物开枪，却被它躲掉了。第二天晚上塞索亲自带着五个射手进入战壕，结果他们得到了其中一头。西班牙人摆出三天的烤牛盛宴来庆祝（一方面是因为他们缺盐，牛肉不能保存太久），最后在3月6日结束后，他们试图再捕一只水牛，但这次却遭到菲律宾人的射击警告。因为缺乏盐，剩下肉体开始腐烂，西班牙人不得不再进行尝试。
3月12日他们又得手了，但在狩猎结束后菲律宾人带走了剩下的牲畜。猎取这些牛给了西班牙人的生存一个次喘息，以至于除了食物，连鞋子，凉鞋都用剩下的牛皮制成。他们已达到不仅粮食短缺，连带来的服装都破破烂烂的可怜境地。在3月，他们都不能缝补剩下的衣物了，因为马丁塞索下令用来制作床单、衬衫和医疗物品。

二月份水牛闯入了双方阵地的空隙。在美菲战争中这种动物被用来驮运。

3月19日，玛利亚.克里斯蒂娜摄政王后批准巴黎合约（2月6日美国国会以与菲律宾战争产生爱国热情三分之二多数和中立票通过批准该条约，麦金利总统确实是这么做的）。

（在3月19日王后批准签订巴黎合约后，4月11日，法国驻华盛顿大使Jules Cambon获得授权，代表西班牙政府签署巴黎合约。签署仪式发生在白宫林肯的房间“坚毅桌”上）
6天后的3月25日，教堂里最后的稻米也吃光了，于是为了维持生存，马丁塞索下令部队执行攻击行动：他命令在附近街道挖通一条战壕以便可以控制两栋菲律宾人的防御建筑，防止他们之间通信。这项工程在未引起菲律宾人注意的情况下完成，并且被修的能在不被人发现的情况下撤离。
三天后，中尉布置在战壕内的一些人发起袭击，令菲律宾人大吃一惊，他们在街道上留下2名死者和1个重伤员。
在3月30日凌晨菲律宾人作出回击，他们使用的是西班牙人在甲米地移交给他们的现代化火炮。阿吉纳多在美军前进之前就把他的政府从马洛洛斯搬到圣费尔南多，他大约的听说了巴莱尔的这个历史冗长的据点，便打算派出现代化火炮来攻破这个坚固的教堂。然而，火炮并没有对西班牙人造成重大损伤，因为西班牙的射手试图消灭菲律宾炮兵，并且大炮缺乏弹药。在4月的第8天，炮击就停止了。
在第8日熏肉、剩下的咖啡豆和咖啡都消耗光了，所以守军几乎别无选择，只能投降。不过塞索认为这样是一种耻辱，并且也相信菲律宾人和叛逃者对守军充满了愤怒，于是选择继续抵抗。

记得有一部电影

4月：约克顿号的救援远征

1899年4月，仍然留在菲律宾的马尼拉大主教Nozaleda找到美国当局，要求他们派人去巴莱尔并接受被围困的守军的投降(为了救回他们)，因为他推测这些守军是不想向菲律宾人投降，如果是美军就不一样了。美国遂派遣炮舰“约克顿”号前往；为了防止菲律宾起义者获得走私的武器，它先前参与了吕宋岛沿岸的海上封锁线。约克顿号火力强大，它配备了6英寸（15.2cm）大炮和加特林机枪，约克顿号上的指挥官还带着马尼拉大主教的一封说服守军停止抵抗的信。

4月11日在华盛顿双方互换了巴黎条约的批准书，所以在当天这个条约条款和领土主权变更正式生效。
就在同一天，炮舰抵达了巴莱尔湾。大约在下午两点，守军听到外边传来几声炮响（马丁塞索说炮声从内陆传来，朝向San José de Casignán；米纳亚神父说炮声来自海边）。被围困的守军爆发出一阵欢呼，他们认为这些炮声意味着救援部队的到来。虽然不知道海岸发生了什么事，西班牙仍越发的喜悦，尤其是在晚上看到一艘船的探照灯从海湾照亮陆地后，更是兴奋得整晚睡不着觉。
当西班牙人准备好等待救援的时候，约克顿号的指挥官斯佩里准将（Sperry，后升任海军少将）在下午派出威廉.哈里森.斯坦德利少尉（William Harrison Standley ，日后他成为美国海军上将）上岸与菲律宾人谈判。他得到的指示是假如菲律宾人准许，并且在安全的情况下再带走被围困者。菲律宾的态度似乎是准许的，但斯坦德利怀疑包围者是否真的愿意，于是他回到了船上而没有去接近巴莱尔。由于小镇并不沿海，在公海上无法看见情况,斯坦德利便决定让志愿前去的士兵在黎明时登陆，以免被巴莱尔的菲律宾军队察觉。