两份伤亡数据，有争议的地方在于菲律宾人的数量和伤亡情况

后续
在签署投降后，小队在当天下午交出了随身装备和武器。特克松为了防止守军的设备被哄抢，便郑重的在教堂布置了卫兵，但据米纳亚神父记载，这并没有妨碍特克松的手下打劫，他们也没有移交任何抢劫者给阿吉纳多。特克松还警告西班牙人不准离开教堂，因为长期的围困使当地人对他们非常不满。但实际上，当地人的态度非常友好，小镇镇长（由菲律宾政权委任）安特罗·阿马托里奥（Antero Amatorio）吩咐镇民们以正常的价格卖给西班牙人粮食。他们还祝福小队的成员，钦佩他们的勇气和顽强。
另一方面，马丁塞索也开始为回到马尼拉做一系列的准备工作。他为了掩盖最后一日被处决的两名犯人的罪名（其实算误杀），而与Vigil de Quiñones医生一起为他们编造了假的死亡记录，记录他们是在另外的日期因痢疾而死。随后他通知了小队的成员。
最后又出了点状况，虽然小队的成员可以返回马尼拉，但两位神父却被扣了下来，特克松不顾他们的意愿将他们关在教堂里。
最后是阿吉拉尔中校为他们每人支付了2000比索的赎金才得以逃脱。

离开巴莱尔
6月7日，马丁塞索和他的手下们在菲律宾军队（其中还有些小队的逃兵）的护送下离开巴莱尔，晚上抵达San José de Casignán ，并在此过夜。
第二天穿过Caraballos 并在夜间抵达Marikit。
6月9日上午，他们来到潘塔邦岸（Pantabangan），士兵们被安置到教堂，而塞索和医生则住进已为他们准备好的房子，这是镇里最好的建筑之一。
他们预计在这里停留3天。在经过第一晚的休息后，菲军的长官让医生告知塞索条约的第三条必须做改变“如果不算作战俘就不能在此停留，因为西班牙已经失去了菲律宾的主权。”菲律宾人声称之所以这样是为了避免政府反对他们之间的协议，尽管十分愤怒，塞索也只得无奈的同意。
11日晚上，马丁塞索从窗外看到一个叫Herrero López的西班牙逃兵正在接近，他没有多想便去睡觉。过了一会，他听到隔壁医生的房间传来枪声和三个人的扭打声，他睁眼一看房间里竟有2名手持砍刀的男子，便急忙从窗户跳了出去，扭到了脚踝。睡在塞索房间里的士兵遭到攻击后也从窗户跳出来，塞索在看到他后便任命他为副手，指派他去通知菲军长官。当袭击者被捕后，指挥官明显是担心的，当他和塞索一起走进医生的房间，发现他被绑在地板上，之后塞索又发现并抓获了一个躲起来的袭击者，将他交给菲律宾军官。
塞索假装相信那些人是为了偷他钱的盗贼，他交给菲律宾军官590个比索，作为“保护费”。

抵达阿吉纳多的总部
小队在12日上午启程，菲律宾人提供了一头水牛帮他们运送行李，而塞索和医生则等待着许诺给他们运输的马匹。当他们拿到马后，就连同一些菲律宾军官跟在队伍的后面。在接近邦伽邦（Bongabon）时，他们被水牛引导进树林里，结果遇到了强盗。他们被捆起来并挨了顿打，钱和水牛都被抢了。
之后他们设法前往邦伽邦，与菲律宾参谋部的Celso Mayor Núñez住在同一栋房子里，塞索向他抱怨水牛被抢了，但毫无作用。
小队在这里一直住到14日，之后离开向甲万那端（Cabanatuán）前进。
其中马丁塞索、Vigil 医生和一名士兵，因为他们受了伤，所以他们暂时被送到菲律宾人的医院治疗。那里还有些菲律宾政权的人，阿吉纳多的妻子海拉利亚.罗萨里奥.阿吉纳多（Hilaria del Rosario Aguinaldo）也在那领导着菲律宾红十字会。当她得知巴莱尔的西班牙人在这里后，就连同Sityar上校一起去拜访他们（Sityar是一个西菲混血人，曾在西班牙军队中担任上尉，后来叛逃到起义军那边，成为当时菲律宾总参谋部的二把手）。经过一番交谈后，阿吉纳多的妻子给了马丁塞索和在那治疗的西班牙士兵一些钱。
其余的士兵都被安置在医院附近。
6月下旬马丁塞索依然行走困难，29日阿吉纳多发来电报，要他们尽快前往打拉（Tarlac）。趁着西班牙委员会与阿吉纳多商谈释放菲律宾起义军手中的西班牙俘虏的机会，回到马尼拉，塞索回复说他没法去，但他下令让医生带着部队离开，他们立即出发了。
叛逃者们陪同着小队离开，马丁塞索后来再也没有见过他们（Alcaide后来在1900年被遣返，他在巴塞罗那被逮捕，并因为拒绝吃饭绝食而死）。
不久后塞索又收到份电报，他被告知他最后必须陪同部队去马尼拉，所以他应该用他能想到的所有手段立即去打拉。塞索最后决定不坐牛车去，而是坐一种被菲律宾人称为“Canga”的旅行车。他在阿里亚加镇（Aliaga ）追上部队，之后的两天分别在萨拉戈萨村和拉巴斯村过夜，最后于7月3日抵达打拉。

这里是阿吉纳多政权的总部，阿吉纳多送给他们每名军官2比索，每名士兵1比索，并指示手下安排他们住进最好的房子，偶尔还给他们食物。后来他又给他们送去一些本地的报纸，上面刊登了阿吉纳多本人在6月30日颁布的一条法令：
驻守巴莱尔的小队已经使西班牙军队值得世界刮目相看，通过勇气、毅力和英雄主义，那一小撮被隔绝的人，在没有希望得到援助的情况下，捍卫了自己的国旗长达近一年，他们以熙德或佩拉约的作品中那种传说般的勇气创造了一个如此辉煌和独特的史诗；考虑到尊重军人的品德和理解同样英勇作战的共和国军队的情绪，根据我的陆军部长和理事会的建议，我宣布以下内容：
联合条款
组成连队的每个人都不应被视为战俘，相反，应将他们视为朋友，因此大元帅（Capitanía General ）会提供必要的通行证，以便他们能够返回家园。
1899年6月30时公布于打拉
共和国总统，埃米利奥.阿吉纳多
陆军部长，安布罗西奥.弗洛雷斯
（Habiéndose hecho acreedoras a la admiración del mundo las fuerzas españolas que guarnecían el destacamento de Baler, por el valor, constancia y heroísmo con que aquel puñado de hombres aislados y sin esperanzas de auxilio alguno, ha defendido su bandera por espacio de un año, realizando una epopeya tan gloriosa y tan propia del legendario valor de los hijos del Cid y de Pelayo; rindiendo culto a las virtudes militares e interpretando los sentimientos del ejército de esta República que bizarramente les ha combatido, a propuesta de mi Secretario de Guerra y de acuerdo con mi Consejo de Gobierno, vengo a disponer lo siguiente:
Artículo Único.
Los individuos de que se componen las expresadas fuerzas no serán considerados como prisioneros, sino, por el contrario, como amigos, y en consecuencia se les proveerá por la Capitanía General de los pases necesarios para que puedan regresar a su país. Dado en Tarlak a 30 de junio de 1899. El Presidente de la República, Emilio Aguinaldo. El Secretario de Guerra, Ambrosio Flores.）

原文

阿吉纳多的妻子海拉利亚.罗萨里奥

抵达马尼拉和回到西班牙
在打拉，阿吉纳多将小队移交给西班牙派来的协商委员会。这个委员会由哈拉米略将军（general Jaramillo）派出，他在不久前接替里奥斯将军。委员会在6月15日就从马尼拉前往打拉，但并没取得什么积极的成效，因为菲律宾人开出的赎金过高。
7月5日，巴莱尔小队连同委员会和被释放的俘虏一起乘火车回到马尼拉。这条铁路线到圣费尔南多之前的路被切断，落入美国人手中，他们不得不在安吉斯（Ángeles）下车。第二天他们乘马车去圣费尔南多，但在到达Bacolor后便停下了，因为这座城市被美军占领了，他们便在这跟美国人谈判，最后在这里乘上火车，当晚抵达马尼拉，之后被带到圣波滕西亚娜宫（Palacio de Santa Potenciana）。

巴莱尔的幸存者们在马尼拉受到许多人的崇敬，马丁塞索还被邀请参加“西班牙聚会”（Casino Español），这个活动由留在马尼拉的西班牙军官举办，出席的人中就有阿尔吉拉中校，他祝贺塞索的表现，而塞索则后悔没能在去巴莱尔之前认识他。
小队其余成员待在马尼拉休息，他们靠卖出纪念牌和举办表演晚会获利，每个士兵差不多赚的140比索，他们甚至赚到了西班牙本土的钱。他们的形象也出现在马尼拉西班牙报纸的头版上，讽刺的是，西班牙媒体大肆报道巴莱尔小队的壮举，却掩盖了还有近9000名西班牙人尚为菲律宾人俘虏的悲惨事实。
另一方面，Vigil de Quiñones医生跟塞索不住在一起，他只在7月15日同意接受过一次采访：
Por orden superior reconocí al cabo Vicente González Toca y al soldado Antonio Menache pertenecientes al Batallón de Cazadores el día 1 del presente año, los cuales fueron pasados por las armas presentando después todos los signos racionales de la muerte. Y para que conste y por extravío del original que me fue robado por los filipinos después de la capitulación del destacamento de Baler expido el presente en Manila a 15 de julio de 1899
（讲的他被盗损失了1个下士和1个士兵的死亡记录）

另一方面，由于马丁塞索再三拒绝投降，好几个被派往巴莱尔的使者，像里奥斯派去的阿吉拉尔，始终对他们的动机抱有严重怀疑，对当时的西班牙媒体发出回应。1899年6月2日，阿吉拉尔无果而终的返回后，里奥斯将军致电陆军大臣，表达了他的厌恶和对塞索不投降的真实动机的怀疑。大臣回复说，巴莱尔的捍卫者是“不可救药的疯子”。«locos de remate».
而在7月3日回到西班牙后，他明确的提出了他的怀疑，声称他有明确的证据证明巴莱尔的守军杀害了莫雷纳斯上尉，因此阿隆索（指死于脚气病的阿隆索中尉）拒绝离开。其动机，是想盗窃驻军金库的3000杜罗银币。阿吉拉尔在返回马尼拉后也散播了类似传闻，甚至出现了更荒唐的版本，由于缺乏对守军情况的了解，身为军人和作家的 Carlos Ría-Baja（《菲律宾灾难》、《囚犯回忆录》的作者），大胆说出造成这种情况是卡雷尼奥神父的责任，他被巴莱尔人憎恨，为了避免被暗杀，所以说服塞索不投降，之后他们便囚禁或杀害莫雷纳斯上尉。因此，陆军大臣下令哈拉米略将军审理这个事件。他派去的调查员是炮兵上校弗朗西斯科.罗萨莱斯（Francisco Rosales），他在听取小队幸存者的证词后得出的结论是“没有任何犯罪行为并且是一种非凡的英雄主义。”«no hubo acto delictivo alguno y sí un extraordinario heroísmo».哈拉米略随后回电给陆军大臣，表达他对这一调查结果的满意：
“巴莱尔小队的指挥官没有执行总督的命令，是因为他们不相信并且先前受过欺骗。条件困苦的小队又有 veriveri （原文如此）流行病在蔓延，教区神父、莫拉莱斯上尉、阿隆索中尉和18名士兵死了，又有2名伤员。
他们的故事令人满意；他们在6月2日因缺乏食物投降，公众的舆论非常倾向于小队。”

摄于1899年5月29日，发表于文章《巴莱尔的小队》。
并刊登在同年9月11日的《 艺术插图》中，标题写着“菲律宾的战争，巴莱尔的主要街道，阿吉拉尔中校正打算与守军小队谈判”（由马尼拉的曼努埃尔.阿利亚斯.罗德里格斯拍摄）

7月29日，小队成员登上了汽船阿利坎特号，于1899年9月1日抵达巴塞罗那。
之后他们前往马德里，受到玛利亚.克里斯蒂娜摄政王后的代表，马德里卫戍部队指挥兼陆军大臣的接见。

1899年9月2日，幸存者们回到西班牙后，在巴塞罗那的“贾米一世军营”的院子（今彭佩.法布拉大学的校园）里拍摄的合照。

神父
在小队离开巴莱尔后，跟他们同甘共苦的两名神父还困在那。他们在之后的周日召集所有村民（除了起义者没有参加）念珠祈祷，并为那些死于围攻的人念安魂经。几天后卢纳.诺维西奥声称他要结婚，并且如果教堂里没有菲律宾神父的话，他就不会在那举行婚礼，同时限制天主教的庆祝仪式。
与此同时，美军节节推进，他们在没有收到抵抗的情况下于1900年2月20日进入巴莱尔，菲律宾人带着神父们往南逃跑，直到他们被美军解救。最终，米纳亚和洛佩兹在1900年8月28日被美军送回马尼拉，他们没有像一年前的小队那样收到欢迎，来接他们的只有方济各会的道友。美国占领军与阿吉纳多领导的菲律宾起义军的战争仍在继续。
美菲战争结束后，洛佩兹神父于1903年回到巴莱尔，挖掘死去的士兵和巴莱尔教区神父的遗体，并用船运回巴塞罗那。
洛佩兹神父回到家乡帕斯特拉纳后于1922年去世；而米纳亚神父则选择留在菲律宾，他于1901年回到巴莱尔后继续作为一名传教士，1936年12月3日在拉古纳省的洛斯巴尼奥斯（Los Baños）去世。

克里斯蒂娜王后号水兵的遗体正从马尼拉的圣奥古斯汀教堂被转移回国内，这艘船在甲米地海战被击沉，这次转移也包含有巴莱尔的遇难者。照片摄于1904年2月14日，后在1904年4月4日出现于《艺术插图》的文章“马尼拉，转移甲米地和巴莱尔英雄的遗体”中。

纪念
遣返遇难者的遗体
在围攻结束4年后，洛佩兹神父于1903年12月9日回到这里，挖掘当时埋葬的士兵和教区神父的遗体，并转移到马尼拉，和克里斯蒂娜王后号水手的遗体一起装上班轮“班乃岛”号运回国内。水手的遗体被送到卡塔赫纳，而那些巴莱尔遇难者的遗体则被保藏在马德里的阿尔穆德纳“菲律宾与古巴战争英雄公墓”。被埋的有阿隆索萨亚斯中尉，有莫雷纳斯上尉，有卡雷尼奥神父，还有14名士兵（但没有那两名被塞索下令枪决的士兵）。后来，在当局的授意下，后来升任将军的马丁塞索和Vigil医生也埋在那，其他士兵和两名神父也在此安息。