黑暗中最悲惨的莫过于莫塔中尉。当攻击发生时，他和他的一些手下在教师家睡觉，他很快就醒了过来，并被袭击者缴了左轮手枪，当他以为袭击者被小队击退后，便从窗户跳了出去，跑到了修道院里。
在那里他看到戈麦斯.卡雷尼奥神父正在教堂圣体前祈祷，莫塔向他询问发生了什么事，并要求一些武器，得到回答是整个小队都被消灭了，神父给了他一把他以为卡住的枪。
一会儿，神父在来教堂的路上遇到了国民卫队士兵皮奥.恩里克（Pío Enrique），他正在逃离攻击。双方交换了意见，在他们交谈的时候突然听到教堂里传来枪声。这声音来自莫塔中尉，他以为一切都完了，便在教堂里用枪自尽了。
神父和恩里克分开后便躲进了森林里。第二天幸存者搜索了教堂，发现了莫塔的尸体和他身边神父的枪。他们认为是卡蒂普南份子进来打死了中尉。
无论是马丁还是米纳亚，都目睹了这一事件，他们写下的篇幅相差甚远，前者仅两页而后者差不多写了两百页。想必米纳亚是从卡雷尼奥口中听说的，而主要的差别来自马丁，在中尉已经死亡的情况下，他肯定更重视袭击者而不是死掉的莫塔。此外似乎有一个官方的调查证实莫塔不大可能被袭击者折磨和杀害。这个观点也得到了莫塔中尉家人的支持。

在袭击中西班牙猎兵小队有1名中尉和6名士兵死亡，9人受伤，而菲律宾人同样有10人伤亡，诺维西奥本人也被子弹打伤。另外，西班牙方面有9名士兵，1名军士，1名国民卫队班长，以及教区神父卡雷尼奥失踪，剩下40多幸存者，包括伊利萨里，把自己关在教堂里等待救援。

叛军袭击的消息能传到马尼拉，要得益于西班牙海军的运输船马尼拉号，它在10月7日抵达巴莱尔。船上的会计员兼神父迪奥尼西奥·卢戈上岸去搜集消息，却在沙滩上发现了几个西班牙人和菲律宾人的尸体，鉴于还有幸存者的情况，船长将船上的大部分守备队（12人）和医生留下戒备，他本人则开船回首府传达消息。
到了马尼拉的Binangonan基地，船长通知了布卢桑号炮舰（cañonera Bulusán），电报从阿蒂莫南也发到了马尼拉。在接到消息后，军事指挥部决定派出杰苏斯.罗当.麦佐纳达（Jesús Roldán Maizonada）上尉率领第2猎兵营的一支百人分队登上运输舰宿务号于10月16日抵达巴莱尔。
最初他们几乎不可能登陆，因为诺维西奥的人从西班牙那里抢了不少枪支，他们已经在沙滩上构筑战壕。第二天借助宿务号的炮火覆盖，罗当小队成功夺取了小镇，并建立了一条两三公里长的安全边界，但每天都有小规模冲突产生。罗当将他的总部设在教堂，并在解放了当地守军两天后起航。

与此同时，在10月4日袭击中逃跑的士兵们，有不少都受了伤，他们在塞拉诺中尉（Serrano）的指挥下聚集在森林里，这些人在早上发现卡雷尼奥神父漫步在旷野里。但不久之后他们都被卡蒂普南起义军抓获，并带到位于巴莱尔以南20km处的山间营地。阿吉纳多知道这个消息后，就下令把他们带到破石洞，巴莱尔居民强烈要求诺维西奥不要把神父也送过去，他最后也不得不让步，把神父留下，送去的人在那里被判处死刑。唯一的幸存者是那个国民卫队的下士，他在落入叛乱者手中时找机会跳入了山里。几天后他回到巴莱尔，又饥饿又憔悴的躲在灌木丛里。他的回归倒是有助于澄清莫塔中尉到底出了什么事。

罗当上尉奉命留下防守，因为虽然没被公开，菲律宾总督费尔南多.普里莫.里维拉已经开始和阿吉纳多谈判，14日达到高潮，最终在12月15日双方签署了《破石洞条约》（Pacto de Biak-na-Bató.），反抗行动以和平方式结束了，条约规定阿吉纳多和他的支持者可以选择国家流亡，并可分三次获得总计80万比索的补偿，并且西班牙将让步进行改革。所有反抗分子必须交出武器，另支出90万比索用于补偿战争中平民的损失。阿吉纳多选择了香港作为他们的流亡地，27日他收到40万比索后便同意带着25个人离开了。虽然这所谓的和平只是单纯的休战，但1月23日马尼拉做完大弥撒后仍然宣布大赦天下。两天后，不管西班牙政府有没有进行改革，阿吉纳多都没有停止活动，他准备用收到的钱发动下一场起义。当消息传到巴莱尔时，罗当已经取代伊利萨里担任王子区军政长官，他留下一名中尉指挥小队。罗当对情况感到不满，他请求总部派人来治疗这里病人。
此外，和平条约的签署导致巴莱尔释放被俘的叛军。卡雷尼奥神父也于12月20日获释，27日回到马尼拉。虽然他请求返回西班牙，但未得到批准，他最后选择不去另一个教区，而是回到巴莱尔。

签订和平条约并未立刻对巴莱尔造成影响，因为诺维西奥在10月4日的突袭中负伤后一直在恢复，新的壕沟和防御工事正在教堂及周边地区也在有序的施工。物资的需求和送达越来越成为问题，频率也越来越高，必须提前安排规定的位置才能得到这些物资。一月初因为有大量的伤病员所以物资几乎都是药品。此时西班牙小队对《破石洞条约》毫不知情，至少一开始不知道，诺维西奥也是。因为西班牙当局也知道条约没有及时影响到各地，于是便派出一支部队环游吕宋各地，伴随着菲律宾人的投降、条约签署和叛乱份子收缴武器的消息。
证明此时巴莱尔局势不稳的事件莫过于1月11日的一场遭遇战，罗当的部队2死6伤。
1898年1月23日，亨诺瓦.伊图尔韦（Génova Iturbe）指挥400人的部队赶来增援，以期望迫使留在境内的叛军投降，陪同他的是三个阿吉纳多的特使。26日，亨诺瓦到了Casigurán镇，这个地方自从去年11月开始就杳无音信，此时却很平静。
起义只是被打断，而不是结束。马尼拉当局决定从亨诺瓦的人中抽出50人组成小队，同时也召回了罗当，这50人将取代罗当的猎兵部队驻守巴莱尔，他们就是之后巴莱尔事件的主角。

正片：巴莱尔之围
这支远征队于2月7日离开马尼拉，他们穿过河流与陆地来到太平洋沿岸的Mauban，在巴莱尔的南边，这里的“菲律宾公司”（Compañía de Filipinas）负责运送他们去巴莱尔
2月12日，小队乘“菲律宾公司”的蒸汽船抵达巴莱尔。除了约4个月的给养，船上还载着新任命的王子区军政长官，也是这场战役的主角之一—前文提到的恩里克.德.拉斯.莫雷纳斯.伊.佛熙上尉，以及负责领导小队的阿隆索少尉和负责临时监管医疗团队（这个职务应为中尉担任）的塞索少尉，以及又回到巴莱尔的卡雷尼奥神父。
莫雷纳斯上尉的状况非常不好，他承受着严重的神经疼痛，不得不躺在担架上前进。

在涨潮之后，亨瓦诺和罗当的部队已经乘马尼拉官方派遣的船只离开了。
那些“菲律宾公司”运来的将是他们最后从西班牙军队得到的给养。他们虽然有充足的弹药，但口粮稀少，而之前守军储存在教堂里的物资又很糟糕。

就在小队抵达巴莱尔的同一时刻，在世界的另一边，一场不明真相的事件将要在两个月后引发美国与西班牙的战争。2月15日，访问古巴的美国战舰缅因号（USS Maine）在停泊哈瓦那港时突然爆炸，美国的各大报纸早就不遗余力的煽动对西班牙的仇恨，此时更指责是西班牙人干的。事件发生后，美国政府开始调动舰队，大战迫在眉睫。杜威舰队在1897年1月就开进了日本长崎准备，2月25日在受到电报后随即前往英国殖民地香港，为进攻菲律宾做准备。

纪念馆里缅因号的模型，注意墙上的报纸
美国国会在4月20日发出最后通牒，要求西班牙承认古巴独立，遭拒绝后于25日宣战。
因为不清楚古巴的事，小队唯一担心的只有最近刚平定的起义死灰复燃。因此一开始小队就进入教堂储存弹药和物资，它是这里唯一在受到攻击时可以当做庇护所的地方。
但是上尉却希望恢复当地人的信赖并重建行政区，阿隆索认为部队移动到这就行了。到达数天后，因为条件恶劣大部分物资都被扔掉了，于是军方决定向镇民们购买食物，破石洞条约签订后群岛的贸易和生产恢复了较正常的状态，除了缓解巴莱尔驻军粮食紧张的问题，也促成了镇民的收益。然而似乎有传言和迹象表明，和平只会持续到6月。

不久，镇上的教师奎松被莫雷纳斯聘为顾问，但马丁.塞索并不欢迎这个决定，他对奎松感到不信任。另一方面，奎松决定指挥他们耕种土地，从而使驻军获得更好的粮食供应，他决定让其在被称为“polo”的菲律宾“农奴”（estaban obligados）社区义务工作15天。
“polo”社区在40天以前得到了改善，里面兴建了社区所需的基础设施，如道路，桥梁和灌溉系统，以及教堂和修道院。尽管劳作时间在缩短，但“polo”依然受到菲律宾人的厌恶，他们认为这是过分的行为。
任命奎松去管理耕作，这是上尉对和平与群众信心的标志；但因为这是种剥削行为，之后这位教师就被革命者杀害。
除却食物短缺问题，补充一点，当地唯一的水源就是被居民点包围的一条河，而且在起义的时候改道了，另一侧的丛林对菲律宾起义者来说就成为了一个完美的隐藏地，因为取水的风险降低了。因此马丁.塞索向上尉建议，在镇广场上打井取水，但跟奎松协商后被驳回，莫雷纳斯说他已经尝试好几次了。

围攻的开始
从四月开始出现了一个可怕的消息：脆弱的和平被打破了，因为菲律宾革命者在新怡诗夏东北地区的城镇招募了很多的人。镇民们向塞索证实了传言，当他们去其他地方买米时，起义者试图招募他们并提供更好的待遇。“A nosotros —me dijeron— también nos han querido alistar y nos han ofrecido un buen dinero”塞索通知了上尉和阿隆索。3月在吕宋和宿务岛的各个地方都被骚乱主导。4月11日，西班牙政府作出改变，奥古斯汀陆军中将接替普里莫.里维拉成为总督。
4月27日，杜威率领美国亚洲舰队离开香港，前往菲律宾。5月1日到达马尼拉湾，将那里的西班牙舰队完全歼灭，甲米地的军械厂和堡垒在第二天向美国人投降。
马尼拉海战标志着西班牙在菲律宾的统治开始走向崩溃，5月19日，阿吉纳多乘坐一艘美国军舰回到菲律宾，继续横跨吕宋岛的革命战争。而西班牙军队的部署，多以小分队的方式驻扎在菲律宾人的定居点，这使得他们大部分都很容易成为起义军的攻击目标，那些小队战败后试图退回马尼拉（大部分失败）或其他优势地区，结果吕宋岛几乎完全落入叛军手中，6月1日，马尼拉终于从陆地上被包围了。

杜威打败西班牙舰队后，美国政府开始组织地面部队远征军攻打菲律宾首府马尼拉，卫斯理.梅里特（Wesley Merritt）将军请求指挥正在加州组建的第八军团。
5月19日，梅里特获得了命令：击败西班牙人，安抚菲律宾，并维持美国在那里的力量，而不与阿吉纳多领导的起义军联手。这个群岛未来的命运仍不确定，但梅里特认为它的主权属于美国。

在5月下旬，与美国开战以及西班牙舰队在甲米地毁灭的新闻传到了巴莱尔，这些消息都是从外国传进来的，因为叛军封锁了山区。
6月1日派往巴莱尔的信使和邮件都被起义者缴获，但信使设法在五天后逃出，并警告驻军发生了什么。
莫雷纳斯上尉送出了最后一封信，这是由两个Casigurán镇的方济各教士传出去的，此后这里被隔离，与新怡诗夏失去了联系。
由于无法通过陆路联系到马尼拉，莫雷纳斯上尉只得找到诺维西奥.卢纳，这位前叛军和村民领袖现在成了西班牙人的朋友（此时他们不知道诺维西奥的身份），请他指定一个可以把消息带到新怡诗夏省长那的人，之后再到马尼拉去说明情况。卢纳给了他一个使者，这个使者带着加密的信件出发了，但很快又返回，他说在路上被叛军截获了，不过叛军一直读不懂内容。
不久后他们才知道诺维西奥.卢纳竟是先前巴莱尔起义的领袖。

之后有两艘船从Binangonan镇开来出售“palay”（水稻），巴莱尔小队便委托一艘船的船长将消息送达他们镇的驻军长官处，实际上他们也不知道那个地区正在大起义。加西亚.卡雷诺神父购买了70“卡文”（caván，一种计量单位）水稻，随后这被证明对小队的生存来说这是非常有用的。（塞索和米纳亚在此观点有差异，军官暗示称神父买大米是为了做生意，而教士则称“是为了养活自己和他的仆人”）

6月12日，阿吉纳多在Cavite el Viejo宣布菲律宾独立，美国的态度开始冷淡起来，他们占领甲米地的兵工厂，杜威的舰队在海上封锁着马尼拉。而菲律宾军队则从陆路包围了马尼拉。
巴莱尔在26日出现了第一个逃亡者。一些乡亲也收拾东西离去，他们没想到攻击如此紧迫。
第二天早上，镇上很冷清。不仅如此，队伍里也有3人叛逃：一个下士和一个菲律宾卫生兵，还有马丁塞索的助手，西班牙人菲利普.赫雷罗.洛佩兹（Felipe Herrero López），为此，小队决定携带进驻教堂，他们从神父那里买下了桶里剩下的米。