与此同时，在10月4日袭击中逃跑的士兵们，有不少都受了伤，他们在塞拉诺中尉（Serrano）的指挥下聚集在森林里，这些人在早上发现卡雷尼奥神父漫步在旷野里。但不久之后他们都被卡蒂普南起义军抓获，并带到位于巴莱尔以南20km处的山间营地。阿吉纳多知道这个消息后，就下令把他们带到破石洞，巴莱尔居民强烈要求诺维西奥不要把神父也送过去，他最后也不得不让步，把神父留下，送去的人在那里被判处死刑。唯一的幸存者是那个国民卫队的下士，他在落入叛乱者手中时找机会跳入了山里。几天后他回到巴莱尔，又饥饿又憔悴的躲在灌木丛里。他的回归倒是有助于澄清莫塔中尉到底出了什么事。

罗当上尉奉命留下防守，因为虽然没被公开，菲律宾总督费尔南多.普里莫.里维拉已经开始和阿吉纳多谈判，14日达到高潮，最终在12月15日双方签署了《破石洞条约》（Pacto de Biak-na-Bató.），反抗行动以和平方式结束了，条约规定阿吉纳多和他的支持者可以选择国家流亡，并可分三次获得总计80万比索的补偿，并且西班牙将让步进行改革。所有反抗分子必须交出武器，另支出90万比索用于补偿战争中平民的损失。阿吉纳多选择了香港作为他们的流亡地，27日他收到40万比索后便同意带着25个人离开了。虽然这所谓的和平只是单纯的休战，但1月23日马尼拉做完大弥撒后仍然宣布大赦天下。两天后，不管西班牙政府有没有进行改革，阿吉纳多都没有停止活动，他准备用收到的钱发动下一场起义。当消息传到巴莱尔时，罗当已经取代伊利萨里担任王子区军政长官，他留下一名中尉指挥小队。罗当对情况感到不满，他请求总部派人来治疗这里病人。
此外，和平条约的签署导致巴莱尔释放被俘的叛军。卡雷尼奥神父也于12月20日获释，27日回到马尼拉。虽然他请求返回西班牙，但未得到批准，他最后选择不去另一个教区，而是回到巴莱尔。

签订和平条约并未立刻对巴莱尔造成影响，因为诺维西奥在10月4日的突袭中负伤后一直在恢复，新的壕沟和防御工事正在教堂及周边地区也在有序的施工。物资的需求和送达越来越成为问题，频率也越来越高，必须提前安排规定的位置才能得到这些物资。一月初因为有大量的伤病员所以物资几乎都是药品。此时西班牙小队对《破石洞条约》毫不知情，至少一开始不知道，诺维西奥也是。因为西班牙当局也知道条约没有及时影响到各地，于是便派出一支部队环游吕宋各地，伴随着菲律宾人的投降、条约签署和叛乱份子收缴武器的消息。
证明此时巴莱尔局势不稳的事件莫过于1月11日的一场遭遇战，罗当的部队2死6伤。
1898年1月23日，亨诺瓦.伊图尔韦（Génova Iturbe）指挥400人的部队赶来增援，以期望迫使留在境内的叛军投降，陪同他的是三个阿吉纳多的特使。26日，亨诺瓦到了Casigurán镇，这个地方自从去年11月开始就杳无音信，此时却很平静。
起义只是被打断，而不是结束。马尼拉当局决定从亨诺瓦的人中抽出50人组成小队，同时也召回了罗当，这50人将取代罗当的猎兵部队驻守巴莱尔，他们就是之后巴莱尔事件的主角。

正片：巴莱尔之围
这支远征队于2月7日离开马尼拉，他们穿过河流与陆地来到太平洋沿岸的Mauban，在巴莱尔的南边，这里的“菲律宾公司”（Compañía de Filipinas）负责运送他们去巴莱尔
2月12日，小队乘“菲律宾公司”的蒸汽船抵达巴莱尔。除了约4个月的给养，船上还载着新任命的王子区军政长官，也是这场战役的主角之一—前文提到的恩里克.德.拉斯.莫雷纳斯.伊.佛熙上尉，以及负责领导小队的阿隆索少尉和负责临时监管医疗团队（这个职务应为中尉担任）的塞索少尉，以及又回到巴莱尔的卡雷尼奥神父。
莫雷纳斯上尉的状况非常不好，他承受着严重的神经疼痛，不得不躺在担架上前进。

在涨潮之后，亨瓦诺和罗当的部队已经乘马尼拉官方派遣的船只离开了。
那些“菲律宾公司”运来的将是他们最后从西班牙军队得到的给养。他们虽然有充足的弹药，但口粮稀少，而之前守军储存在教堂里的物资又很糟糕。

就在小队抵达巴莱尔的同一时刻，在世界的另一边，一场不明真相的事件将要在两个月后引发美国与西班牙的战争。2月15日，访问古巴的美国战舰缅因号（USS Maine）在停泊哈瓦那港时突然爆炸，美国的各大报纸早就不遗余力的煽动对西班牙的仇恨，此时更指责是西班牙人干的。事件发生后，美国政府开始调动舰队，大战迫在眉睫。杜威舰队在1897年1月就开进了日本长崎准备，2月25日在受到电报后随即前往英国殖民地香港，为进攻菲律宾做准备。

纪念馆里缅因号的模型，注意墙上的报纸
美国国会在4月20日发出最后通牒，要求西班牙承认古巴独立，遭拒绝后于25日宣战。
因为不清楚古巴的事，小队唯一担心的只有最近刚平定的起义死灰复燃。因此一开始小队就进入教堂储存弹药和物资，它是这里唯一在受到攻击时可以当做庇护所的地方。
但是上尉却希望恢复当地人的信赖并重建行政区，阿隆索认为部队移动到这就行了。到达数天后，因为条件恶劣大部分物资都被扔掉了，于是军方决定向镇民们购买食物，破石洞条约签订后群岛的贸易和生产恢复了较正常的状态，除了缓解巴莱尔驻军粮食紧张的问题，也促成了镇民的收益。然而似乎有传言和迹象表明，和平只会持续到6月。

围攻的开始
从四月开始出现了一个可怕的消息：脆弱的和平被打破了，因为菲律宾革命者在新怡诗夏东北地区的城镇招募了很多的人。镇民们向塞索证实了传言，当他们去其他地方买米时，起义者试图招募他们并提供更好的待遇。“A nosotros —me dijeron— también nos han querido alistar y nos han ofrecido un buen dinero”塞索通知了上尉和阿隆索。3月在吕宋和宿务岛的各个地方都被骚乱主导。4月11日，西班牙政府作出改变，奥古斯汀陆军中将接替普里莫.里维拉成为总督。
4月27日，杜威率领美国亚洲舰队离开香港，前往菲律宾。5月1日到达马尼拉湾，将那里的西班牙舰队完全歼灭，甲米地的军械厂和堡垒在第二天向美国人投降。
马尼拉海战标志着西班牙在菲律宾的统治开始走向崩溃，5月19日，阿吉纳多乘坐一艘美国军舰回到菲律宾，继续横跨吕宋岛的革命战争。而西班牙军队的部署，多以小分队的方式驻扎在菲律宾人的定居点，这使得他们大部分都很容易成为起义军的攻击目标，那些小队战败后试图退回马尼拉（大部分失败）或其他优势地区，结果吕宋岛几乎完全落入叛军手中，6月1日，马尼拉终于从陆地上被包围了。

杜威打败西班牙舰队后，美国政府开始组织地面部队远征军攻打菲律宾首府马尼拉，卫斯理.梅里特（Wesley Merritt）将军请求指挥正在加州组建的第八军团。
5月19日，梅里特获得了命令：击败西班牙人，安抚菲律宾，并维持美国在那里的力量，而不与阿吉纳多领导的起义军联手。这个群岛未来的命运仍不确定，但梅里特认为它的主权属于美国。

在5月下旬，与美国开战以及西班牙舰队在甲米地毁灭的新闻传到了巴莱尔，这些消息都是从外国传进来的，因为叛军封锁了山区。
6月1日派往巴莱尔的信使和邮件都被起义者缴获，但信使设法在五天后逃出，并警告驻军发生了什么。
莫雷纳斯上尉送出了最后一封信，这是由两个Casigurán镇的方济各教士传出去的，此后这里被隔离，与新怡诗夏失去了联系。
由于无法通过陆路联系到马尼拉，莫雷纳斯上尉只得找到诺维西奥.卢纳，这位前叛军和村民领袖现在成了西班牙人的朋友（此时他们不知道诺维西奥的身份），请他指定一个可以把消息带到新怡诗夏省长那的人，之后再到马尼拉去说明情况。卢纳给了他一个使者，这个使者带着加密的信件出发了，但很快又返回，他说在路上被叛军截获了，不过叛军一直读不懂内容。
不久后他们才知道诺维西奥.卢纳竟是先前巴莱尔起义的领袖。

之后有两艘船从Binangonan镇开来出售“palay”（水稻），巴莱尔小队便委托一艘船的船长将消息送达他们镇的驻军长官处，实际上他们也不知道那个地区正在大起义。加西亚.卡雷诺神父购买了70“卡文”（caván，一种计量单位）水稻，随后这被证明对小队的生存来说这是非常有用的。（塞索和米纳亚在此观点有差异，军官暗示称神父买大米是为了做生意，而教士则称“是为了养活自己和他的仆人”）

6月12日，阿吉纳多在Cavite el Viejo宣布菲律宾独立，美国的态度开始冷淡起来，他们占领甲米地的兵工厂，杜威的舰队在海上封锁着马尼拉。而菲律宾军队则从陆路包围了马尼拉。
巴莱尔在26日出现了第一个逃亡者。一些乡亲也收拾东西离去，他们没想到攻击如此紧迫。
第二天早上，镇上很冷清。不仅如此，队伍里也有3人叛逃：一个下士和一个菲律宾卫生兵，还有马丁塞索的助手，西班牙人菲利普.赫雷罗.洛佩兹（Felipe Herrero López），为此，小队决定携带进驻教堂，他们从神父那里买下了桶里剩下的米。

两天后的早晨，马丁塞索带领14人的巡逻队继续巡逻，并安全返回，尽管这些人并没有在值班的时候巡视村里的屋子，在他们离开时他们带走了教堂的大水壶。
第二天，巡逻在小队司令官阿隆索的指挥下进行，但这天有个叫菲利克斯.加西亚.托雷斯（Félix García Torres）的士兵叛逃。小队继续调理教堂，他们拆毁了修道院的一部分。得到的部分木材被储存下来，其余的将修道院的空间改建为畜栏，使其墙壁的根基完好无损。
塞索带来了4匹马，作万不得已的食物，但阿隆索和上尉都拒绝了。
6月30日上午，马丁塞索指挥的巡逻队在河边遭到袭击，他们在回到教堂后可能有1人负伤，他是杰苏斯·加西亚·奎贾诺（Jesús García Quijano）下士，他的脚受伤了。
这天战斗标志着围攻正式开始了。

7月1日到8月15日
在围攻的第一天，西班牙人在教堂附近发现一张纸条，菲律宾人警告他们，他们将遭到3个连的进攻并建议他们赶紧投降：“你们被包围了，西班牙已经投降了，为了避免流血...”（Estáis rodeados, los españoles han capitulado, evitad el derramamiento de sangre...），虽然守军并没有多相信这个消息，但敌人的数量却是毫无疑问的，他们担心遭到长期围困。马丁塞索决定在教堂中央打井，上尉便分配给他5个人，很快就在四米深的地方挖到大量的水。
第二天（7月2日）出现了一张新的便条。在这张新便条中，起义者——在收到前没有任何响应——坚称他们已经胜利，吕宋岛除了马尼拉以外所有地方都落入起义者手中，守军已经被包围了（信上写着2万人包围了马尼拉，那里没有水，守军很快就要投降）。
莫雷纳斯完全没有搞清楚状况，他作为西班牙的军政长官，不仅拒绝投降，反而还劝诫他们重新归顺，如果他们回心转意，他将“张开双臂”欢迎他们。
这份信件曾建议不要离开，教堂周围却了出现更多便条，警报声响起后，菲律宾人派出了一个举着白旗的使者。西班牙人的答复是，菲律宾是西班牙的一部分，同时还派出一个教会的人到菲律宾人那去，举着白旗发出相同的警告。
派教会的人去，是为了避免士兵可能的倒戈。事实上菲律宾人派出的第一个信使是塞索的一个叛逃的士兵，菲利普.赫雷罗.洛佩兹。中尉试图说服他归队，但他却不辞而别。
之后他们又派出一个叛逃者作为信使，菲利克斯.加西亚.托雷斯，守军警告说，如果菲律宾再派出这种叛徒来送信，迎接他们的将是子弹。

7月3日下午，西班牙人开始在庭院里建造在拆修道院时拆毁的面包炉。并开始布置厨房。
7月4日，为了缓解围困，守军派出两名志愿者，格雷戈里奥·卡塔尔伦和曼努埃尔·纳瓦罗，悄悄出击，他们摧毁了国民卫队营房，校舍以及教堂附近的一些建筑，菲律宾人不断的向他们开火。就在同一天，第一支美国地面部队抵达甲米地，由安德森将军指挥，他们作为梅里特将军第八军团的前哨。在来菲律宾的路上，第八军团误打误撞，在6月20日去了马里亚纳群岛的关岛。7月下旬，美国承诺让菲律宾起义军占领马尼拉，在得到美国的保证后，阿吉纳多让梅里特的部队进入城市周围的包围阵地。
在围攻的第八天，西里洛·戈麦斯·奥尔蒂斯（Cirilo Gómez Ortiz）前来指挥围攻部队，他称赞被围困小队拒绝投降的勇气，并提出休战，在夜幕降临前，他还给上尉送了一包烟丝，给每个士兵都送了一根香烟。
西班牙人同意停火，这是围困中唯一的一次休战，守军告诉奥尔蒂斯他们有充足的供应，并送他一瓶雪莉酒。
恢复作战后菲律宾人再次试图让守军投降，他们让几个逃兵站在教堂外面劝其他士兵也投降。