王国维把知识分为两种，一种是“直观的知识”，另一种是“概念的知识”。直观的知识的获取来自感性和悟性，概念的知识则通过理性的作用来获取。人与动物同样有感觉，但思想则是人所独有的。
人用语言来表达自己的思想，所以说语言是理性第一个产物。从古希腊的柏拉图、亚里士多德到近代的洛克、莱布尼茨，他们对理性都持相同的态度，认为理性是从直观的观念中制造抽象的概念，然后对概念进行分析与综合。

王国维在治学前期，以《教育世界》杂志为主要阵地，介绍了多位西方教育家、文学家和哲学家的教育思想，并在此基础上形成了自己培养“完全之人物”的教育思想，塑造“完人”是其教育的目标。

王国维认为智育是教育中重要的一环，对知识的发展是很重要的。王国维在《论教育之宗旨》一文中指出：“故今之世者，不可无今世之知识”，主张教育应当是教给学生古今中外的各方面知识，尤其要传授给学生最先进的科学技术和思想文化知识。

王国维认为美育同德育与智育一样重要，可使人忘掉一己之利害而达到高尚纯洁的领域，获得最纯粹的快乐。美育有超功利性，其价值就在于美之本身。王国维希望通过各种教育途径，比如音乐、文学、美术等方式来满足人的情感需求，达到培养高尚品格、净化心灵的目标。

“哲学”一词是从日本移植过来的，始见于1902年《新民丛报》。但王国维涉足哲学领域则始于1901年。当时颇受慈禧太后倚重的张之洞、张百熙等人极力抵制一些西方思想的传播，对“哲学”作为一门学科而出现万分惊恐，上疏朝廷要求用传统名学来取代哲学。

王国维痛批张之洞等人的陋见，极力申明哲学学理上的根据，全力为哲学正名。1903年7月他发表《哲学辨惑》，分析了哲学与理学的关系，认定哲学也是中国固有的学问。1904年初，清政府颁布了由张之洞参与主持起草的《奏定学堂章程》，又称“癸卯学制”，砍去哲学一科。王国维批评这样的制度。