我来总结了,首先对大家抱歉,今天放纵了,在网吧从9:30一直玩到4:30。玩了7个小时。一玩就上头。把发帖拖延了,我后面会尽量减少这类事情的。
所以今天我是8:40多起床。起床洗漱后就开始玩手机。可能是我自己觉得最近跑的比较多。所以有一些偷懒,然后到10点的时候就出门吃早餐,然后去客户单位,在去客户单位的路上。昨天发信息的1号老师给回复了。
他说他老师那边说你们先和我聊一下

他说我这边的理解就是:一种是富集了棕榈酰修饰蛋白质,然后酶解肽段上机检测;一种是先酶解 然后富集棕榈酰修饰的肽段上机检测;然后我这边是使用前者的操作
总体上看后者能获得的信息更多,除此之外应该没有什么其他。
然后这时候我就想编辑文字来回复他的。
编了下面这些(接下来其实就是讲我在给客户回复问题的时候,发现了自己的一些知识漏洞。今天做的工作是学习)
老师,那我大概总结一下
1.富集ABE后的蛋白送质谱打到的会少很多的原因是,一般常规细胞大概有30%的蛋白发生修饰,其中磷酸化,乙酰化等占了大部分,棕榈酰修饰的很少的,可能1%都没有
那么蛋白abe后用hrp富集,上质谱,这是情况是这样,连上生物素的蛋白被酶解,会有两大类肽段 连上生物素的肽段(棕榈酰肽段)和非棕榈酰肽段,这样前者在总肽段占比有多少,算它有30%占比,也不太行,这样按照老师你的操作来的话,富集到的棕榈显蛋白酶解会有还有棕榈酰修饰的肽段和非修饰肽段,后者占比少说都有70%。然后现在做修饰组学经典质谱方法是dda,简单来说它就是扫描。样品中丰度前20的蛋白进行上机,是基于数据强度。那么这时候由于棕榈险修饰蛋白量丰度很难达到前20就打的非常少。
但是质谱方法还有另一种叫做DiA。DiA的话它就是一个全扫描技术。就是不依赖于数据强度,他就是样品里面所有的蛋白都会进行扫描。相对于dda的话,它能更好检测低丰度蛋白。因为他不是只检测丰度前20的蛋白。然后接下来我要举一个例子来。讲述他们两种方法的优缺点。
就是我们质谱机一般最长上两个小时。我们假定他两个小时质谱机会进行扫描2万次。
然后样品酶解成肽段分成非常多个小分样品。然后上质谱机
dda就是每1小份样品进行上机,然后每个小肽段被扫描就要被消耗1次扫描机会,此时就是每一个小份量的样品的前20的肽段。被扫描,然后打出数据。是每一个小分量的样品的前20肽段使用这2万次的扫描次数
接着就是dia每1小份样品进行上机,然后每个小肽段被扫描就要被消耗1次扫描机会,此时就是每一个小份量的样品的全部肽段(这一份里面可能有几百个肽段甚至更多。)被扫描,然后打出数据。是每一个小分量的样品的全部肽段(可能是几百条)使用这2万次的扫描次数,那这时候很大可能会出现你2万次次数都没有办法把所有的小分量样品给打完。因为你要检测的东西很多。
两者优缺点不好总结。只能笼统的说。DiA能更好的检测低丰度蛋白。因为它是全扫描。而dda也是有好处,就是如果目的蛋白是风度比较高,那么它可以快速且准确的打出来结果
然后回到之前老师那个问题。那么这时候由于棕榈险修饰蛋白量丰度很难达到前20就打的非常少。(在这里我就发现了我自己漏洞)因为我这么说的一个前提是使用dda的方法进行打质谱,那么其实是有解决办法的。那就是用DNA的方法,然后把这个机时能多长拉多长。两个小时不行,我就4个小时,4个小时不行,我就6个小时这样子,行不行,按理论上来讲就是把这个扫描次数给拉满。让他可以把所有的蛋白都扫描那么就完全可以忽略掉,它只扫描风度前二十蛋白的特性。
这个理论上来讲绝对可行。只不过我想问一下师傅这样子的话,现实的话会就是着眼于效率,或者说其他问题导致这样子实行非常的没有收益,这个我需要去问一下师傅
然后我在思考那件事,我就差不多到客户单位附近,我就开始拓展一些关于质谱机器的一些知识。
1质谱灵敏度,分辨率,扫描速度
简单来说,灵敏度越高就越能检测低丰度蛋白。分辨率越高就越能区分质量相近的物质,不会因为两者质量相差不大,从而被质朴认为是一个物质。扫描速度这个就不用讲了,然后质谱机器有一个不可能三角。
就是这三者其中一样升高就会使另外两项或一项的性能降低。就不能实现三项同时升高。这是因为质谱仪器本身的物理原理导致
。
如灵敏度取决于仪器能够检测到的最小信号强度。要提高灵敏度,需要增强离子的产生、传输和检测效率,但这可能会对其他性能指标产生影响。例如,增加离子源的强度可能会导致更多的离子相互作用和干扰,从而降低分辨率。
但是astral质谱仪解决了不可能三角,我另外一个师傅说是用不同的质量分析器进行串联处理达成,但是我对此还是抱有疑问,这样子做会不会导致一些其他的问题呢?这个我想找个时间跟师傅再好好讨论一下。
然后就是再次看了一下质谱分析原理
接下一张。