神山圣湖风景名胜区平均海拔4500m以上。“两峰南北耸峙,双湖东西辉映”的基本自然景观特征,构成了两山夹两湖的十分紧凑的地貌单元,也造就了这一地区冰川湖水、湿地草原的独特景观,两山即神山冈仁波齐和神女峰纳木那尼,两湖即圣湖玛旁雍错和鬼湖拉昂错。独特的自然环境孕育出了特殊而丰厚的宗教、民俗文化。
自然方面,神山圣湖风景区的地貌特征记录了印度板块与欧亚洲板块碰撞这一内营力与“冰川”与“流水”等外营力的综合作用过程。从外形上看,冈仁波齐峰形似金字塔,四壁非常对称,特殊的山形与周围的山峰迥然不同。由南面望去可见到它著名的标志:由峰顶垂直而下的巨大冰槽与一横向岩层构成的佛教万字格。冈仁波齐和那木纳尼之间由冰川、流水、湖泊沉积形成的高原宽谷发育大面积高山草甸草原。景区也分布着被称为“四水”之源的圣湖玛旁雍错(世界上高海拔地区淡水储量最大的高寒内流湖泊,也是青藏高原最具代表性的湖泊湿地)和鬼湖拉昂错。景区内还保有典型的高原湿地生态系统,湖泊周围分布着珍贵的高原生物群落,栖息着丰富和珍贵的野生动植物资源。
文化方面,冈仁波齐山和玛旁雍错湖同时被西藏原生宗教苯教、古耆那教、印度教和藏传佛教认定为“神山”和“圣湖”。神山圣湖所在的阿里地区,自古以来就是多种文化交汇的地带,并产生了“古象雄文明”。作为象雄文明的发源地,神山圣湖见证了象雄文明在与其他其他文明的交往过程中的产生、发展、演化及衰微的过程。此外,阿里位于佛教文化盛行的印度北部与吐蕃交通要道,是历代佛教文化传播发展的重要地区。神山圣湖风景区由于其独特的宗教地位,见证了苯教与藏传佛教相互排斥,却又相互影响、相互渗透的过程。