其实我觉得除了这些以外，还有不少伏笔。我补充一些：
黑衣组织部分
1.黑衣组织招募众多优秀的IT工程师的缘故；
2.黑衣组织的全称和成立的时间；
3.黑衣组织授予代号的条件。
灰原部分
4.灰原在美国被谁看管；
5.灰原在组织负责的项目有哪些；
6.灰原在组织中有没有实权。
贝尔摩德部分
7.贝尔摩德知道柯南真实身份的途径；
8.贝尔摩德说黑衣组织要复活的事物。
基尔部分
8.伊森·本堂在组织有没有代号；
9.伊森打入组织的原因。
波本部分
10.波本的代号为什么会被黑田知道；
11.波本和鹰杖老人的关系。
赤井家族部分
12.羽田秀吉是如何被过继到羽田家的；
13.玛丽“不明真相，恐有暗鬼”的含义；
14.赤井务武消失的原因；
15.赤井务武救下若狭留美的原因。
朗姆部分
16.朗姆的左眼被摘除的原因；
17.朗姆的特殊能力是天赋还是后天获得的；
18.朗姆的蛇眼特征是不是特殊能力的体现；
19.朗姆的羽田案失误在“那位先生”眼里的评价；
20.朗姆要调查工藤一家的原因；
21.朗姆的右眼和左眼的抗衰老能力为何不同。
琴酒部分
22.伏特加为什么甘愿做琴酒的部下。
23.琴酒“不明真相，恐有暗鬼”的含义。
皮斯科部分
24.皮斯科到底是不是被黑衣组织扶起的傀儡。
若狭留美部分
25.浅香关注工藤新一的缘故；
26.浅香常驻帝丹小学的缘故；
27.浅香身上的伤痕来源；
28.浅香患有一次性黑矇的缘故；
29.浅香和宫野夫妇的关系。
龙舌兰部分
30.龙舌兰为什么操有关西口音。