其实我觉得除了这些以外，还有不少伏笔。我补充一些：
黑衣组织部分
1.黑衣组织招募众多优秀的IT工程师的缘故；
2.黑衣组织的全称和成立的时间；
3.黑衣组织授予代号的条件。
灰原部分
4.灰原在美国被谁看管；
5.灰原在组织负责的项目有哪些；
6.灰原在组织中有没有实权。
贝尔摩德部分
7.贝尔摩德知道柯南真实身份的途径；
8.贝尔摩德说黑衣组织要复活的事物。
基尔部分
8.伊森·本堂在组织有没有代号；
9.伊森打入组织的原因。
波本部分
10.波本的代号为什么会被黑田知道；
11.波本和鹰杖老人的关系。
赤井家族部分
12.羽田秀吉是如何被过继到羽田家的；
13.玛丽“不明真相，恐有暗鬼”的含义；
14.赤井务武消失的原因；
15.赤井务武救下若狭留美的原因。
朗姆部分
16.朗姆的左眼被摘除的原因；
17.朗姆的特殊能力是天赋还是后天获得的；
18.朗姆的蛇眼特征是不是特殊能力的体现；
19.朗姆的羽田案失误在“那位先生”眼里的评价；
20.朗姆要调查工藤一家的原因；
21.朗姆的右眼和左眼的抗衰老能力为何不同。
琴酒部分
22.伏特加为什么甘愿做琴酒的部下。
23.琴酒“不明真相，恐有暗鬼”的含义。
皮斯科部分
24.皮斯科到底是不是被黑衣组织扶起的傀儡。
若狭留美部分
25.浅香关注工藤新一的缘故；
26.浅香常驻帝丹小学的缘故；
27.浅香身上的伤痕来源；
28.浅香患有一次性黑矇的缘故；
29.浅香和宫野夫妇的关系。
龙舌兰部分
30.龙舌兰为什么操有关西口音。

灰原哀那里多了去了，至少灰原回忆组织了赤井的镜头一直没有说明，包括为什么诸星大要说“拼上性命保护你”也不知道，组织里雪莉和诸星大的关系完全没有展开，甚至很多人都觉得他们俩不熟。

吧里不是早就整理过了吗

人鱼岛应该就是组织听说岛上有个长寿婆，然后就上岛找长生不老的秘方找真相而已吧。小哀对柯南说的那句话应该意思是告诉柯南吃药变小这事是组织半个世纪前就开始的计划，现在他也变小了就卷入这个事喽其他应该没什么。白鸠制药应该就是宫野夫妇的前工作公司而已。贝尔摩德视柯南小兰为珍宝因为他俩救了她呀，再见小零应该是指艾莲娜夫妇加入组织制药了从那以后就无法和小安室正常接触了。赤井家三个姓氏因为为了不泄露身份保密啊，朗姆身份不是胁田嘛

老贼就算完全写主线去填坑估计都要想破脑袋

记得还有，水无怜奈给小五郎发的信息，并没有给出内容，也没有提小五郎后续怎么处理这封信息，不过感觉画着画着就放弃小五郎了