第三天，风云突变，飞沙走石，暴雨从天而降。一时山洪暴发，洪水淹没了平原、丘陵。高比钻进了大船，小兄妹俩却钻进了葫芦。洪水越涨越高，高比驾着大船，一直到达天门。

他用手敲天门，敲门声响彻天空，天神害怕了，急令水神退水，倾刻间，雨止风停，洪水一落千丈，大地露了出来。高比的大船从天空跌落在地上，摔得粉碎，高比也牺牲了。

葫芦落在了昆仑山上，兄妹俩从葫芦里出来，埋藏了父亲，就在一起生活了。大地经历了这次洪水，人类被消灭了，小兄妹俩却靠辛勤的劳动，无忧无虑地生活着。时光苒荏，转眼间他们都长大成人。

他们感到很孤独，因为再没有其他人跟他俩说话，并且如果他俩死了后，世上就没有了人，那么，这么美好的世界让谁看呢？于是伏羲提出和女娲结婚，繁衍人类，但妹妹却不同意，说“我们是亲兄妹，怎么可以结婚呢？”

伏羲说：“如果我们不结婚，世上就不会再有人类了。”女娲一想也有道理，但是还想再看一看天意如何。就商量向上天占卜。占卜进行了两次，第一次伏羲女娲在东西山上各点一堆火，如果升在空中的姻绞合在一起，就可以结婚。

火着起来后，烟便绞在了一起。第二次兄妹俩在东西两山头往山谷磙石磨盘，如果两块磨盘在谷底贴合了，就表示可以结婚。结果磨盘也贴合了。于是伏羲、女娲兄妹成婚。就这样，世界上又有了人类。

伏羲、女娲兄妹结婚故事广泛流行于现今中原地区，这一故事至迟在敦煌写卷和唐代笔记中就见诸记载，而汉代画像石中伏羲、女娲交尾图以及先秦文献记载的交龙图像已经为这一故事奠定了基础。

本文指出，伏羲、女娲兄妹婚故事，在古代神话中，伏羲、女娲又扮演着婚姻神的角色。伏羲、女娲兄妹婚故事原本是用来解释婚姻制度和风俗起源的，本与洪水故事无关，只是在流传过程中才与后者结合为伏羲、女娲在洪水后结婚再造人烟的故事。

在中国的中原地区广泛流传着伏羲、女娲兄妹成婚的故事，民俗学者在田野考察中收集了大量的此类口碑故事，这些故事的情节大同小异，说最初浑沌初开，大地上渺无人迹，只有伏羲和女娲兄妹两人，有的故事说是因为洪水泛滥，灭绝了人类，只剩下伏羲和女娲兄妹两个。

两人为了重续人烟，于是只好顾不得羞耻，也顾不得伦常，费了好多周折，请示天意认可，兄妹结为夫妻，其后儿孙世代繁衍，才有了这世上绵绵人烟。

在汉语传世文献中，伏羲、女娲兄妹成婚的故事至迟在唐代已经见诸记载。唐人李冗《独异志》卷下，诗人卢仝有“女娲本是伏羲妇”（《全唐诗·卷三八八·与马异结交诗》）的诗句。

近世发现的敦煌写卷中有《天地开辟以来帝王纪》残卷亦载这一故事，据考证，这一残卷的作者为六朝时人，则这一故事早在唐代以前就已经流行。

古代文献中伏羲女娲制定婚姻制度的记载：

《路史·后纪》罗苹注引《风俗通》：“女娲祷祠神，祈而为女媒，因置婚姻。”
《世本·作篇》：“伏羲制以俪皮嫁娶之礼。”

《路史·后纪》罗苹注引《古史考》：“伏羲制嫁娶，以俪皮为礼。”
《世本》、《风俗通》和《古史考》把伏羲、女娲作为婚姻制度和俪皮之礼的创始者，与《独异志》和敦煌写卷把伏羲、女娲作为娶妇执扇之礼的创始者，是一脉相承的。