我们要从线路设计上探明那种支持主观意识机能的确切物质结构基础，迄今尚不具备可能性，因此要给意识的实验研究一个逻辑上必然和唯一的起点是不可能办到的。首先你选择什么为客观指标？你不能以内省报告为准，那是明显包含主观随意性的，它可以合乎客观，但同样可以产生任何形而上学。那么，采取行为的或者生理的指标，或其组合行吗？逻辑上，这些客观指标并不必然和受试者的主观意识体验相等。最好是客观反应指标和主观内省报告能够吻合（但要谨防受试者懂得你的研究意图和用客观指标所要测量的东西，一旦他懂得，甚至无意中他都可能迎合你、“成全你”，人的行为是异常精密的！）不过一方面在进行毫秒级记录的情况下把客观反应与主观报告结合起来有时很难，同时这也不保证受试者报告的正好就是他主观意识到的。
这也不是意识实验研究独有的难处。许多领域的探索不是从“知其所以然”的逻辑起点开始。比方说，关于万有引力的所以然，我们至今都没有搞清楚，但是工程力学的大厦早已高耸入云了。可以从客观现象间的关系入手，精确掌握运动中的因果联结，这就是唯象的探讨途径。
对意识的研究同样如此。我们选择一些根据我们体会最有可能反映意识觉醒及觉知的客观反应，作为研究中记录的指标，探讨其间的变量关系。
那凭什么说这些反应最可能跟意识有关？一是通过内省，从某种感受体验上的个体间共性去推测：这最可能是普遍伴随某种意识的。须知，个体之间的感受相近不只是对经验做类比推理的结果（我伤心的事想来他也会伤心），而且人和高等动物就有这种神经机制保证发生这类“同感”，这是有一定脑研究证据的。同时当然，在个体经验和文化经验积累基础上进行推断，也能指导我们找到这类客观反应指标，比如临床经验的积累告诉我们，患者哪些行为最有可能意味着他恢复意识觉醒，脑检测结合行为观察也能帮助我们建立起这些很有些把握的假设性关联。
我们知道，对人类受试者有许多实验处理是不能做的，因而往往使用高等动物做代用品，那么对高等动物的主观世界我们就更加不得而知了。这时只有通过类推：人的某些生理和行为体现主观状态，那么灵长类也应该有点如此吧？别以为对高等动物的这种研究更加不着边际，其实着边际。关于“同感”的脑内神经反应机制，就是不经意间在猴子身上发现和得到验证的，然后在脑外科患者身上趁着手术得到了人类受试者的验证。
所有这些客观指标的选取，都不是依据形式逻辑上主观状态与客观反应必然的关联（也可以说，假如这种必然关联得到确立了，有些实验就不必做了，有些摸索就可以免了）。当然设置这样假设性反应指标还是依据了最可能站得住脚的线索。
我们只能说，在客观指标的选择上我们同样是可错的，如果发现不合适就更换，以逐步逼近目标。
假如这些被选取、并无在逻辑上必然体现主观之绝对保证的指标，没有被发觉值得推翻，那么尽管仍不知其所以然，还是这么留着，正如万有引力定律，它能留着，就因为推不翻，不因为别的。
这应该是实验科学允许的，当然更好是知其然并知其所以然。