但是，首先在从何下手开展研究的问题上就遇到极大困难。尽管有科学家提出，可以不管如何定义意识先研究起来再说，但事实上若没有一个大体一致的方向，就连研究上也是五花八门、很少可比性的。
那么仅仅给意识一个研究上可行的定义（或者说操作定义），困难之点何在呢？在于，意识有主观性、隐私性。因而，研究任何意识现象，要从客观上去下判断，都在逻辑上并不必然就是当事人的真实感受。反过来，让当事人报告感受，你怎么知道他没有撒谎或者有意无意夸张？这与实证科学要求的客观取证，又陷入矛盾了。

为逻辑严密起见我们承认，任何客观指标（通过当事人主观报告以外的途径取得指标），都不必然完全反映意识，但是想问：通过客观指标，能否在一定程度上反映意识的情况呢？对于后面这个提问，我认为回答是肯定的。理由是，假如任何客观的指征都不能反映当事人的任何主观意识，那么人际的沟通和互动怎么会有可能？即使说，通过客观指征对他人主观意识的了解是有或然性的，那么至少，我们可以找到某种或然性的规律，比如类似于统计力学那样的规律。
或者问题又在于，取得客观指征的互动过程会改变本然的意识，从而我们永远无法了解本然内在的主观意识是怎么回事。让我们再一次尊重形式逻辑上的严密性，而把结论限制在这么一个范围：至少，我们从客观方面探测到的是和本然内在意识密切有关的——假如未必是它本身的话。从科学的角度，没有理由把这样的探测——对真理的有限度探测排除在外。要不然，科学真要在大量高度复杂难测的探讨项目上宣布无能为力了，那你马上会发现：科学得放弃太多领域。
我讲的客观指征是指，譬如脑电活动、眼动、定向反应等等，以及诸多的行为观察指标。临床上判断一个人是否恢复意识，简便的方法是呼唤名字看他是否有主动朝向的动作，更好是口头应答。心理实验中也有诸多计策以检验受试者是否真有觉察。不错，意识有主观性意味着，当事人可以不暴露自己的意识觉察了什么，然而经验告诉我们，有些假装不觉察的行为是可能性极微的。比如一个昏迷48小时的人醒来能对自己亲密之人的呼唤假装继续昏迷，那极少有可能，除非他意识真的还没有充分恢复。总之，完全有理由假定应答与恢复意识的关系成立，至少在证伪的证据得到一定重视之前。

还有这样解释意识的途径：所有从外在指征观察到的意识迹象，只不过反映意识与身体反应、行为反应的联系，而意识的真正实质不在于此，比如意识是一种精神实体，可以支配反应而又超越于反应。
能够回答的是，实证科学对超越物性的精神实体是无能为力的——假如有的话。至于什么是在身体和行为反应以外的超然意识，只能这样来说：一是假如它逃避任何探测而毫无表现，那么相信它有或没有就是和科学无关的问题；二是假如这种精神超然的存在确实有，那么科学要求这样的检验：若干个彼此无关而且不通气的观察者，能够不约而同观察到这种超然精神实体的效应，对每个观察者背对背进行记录，结果一样或至少可比，那这就成立了，否则只能在其他文化（比如宗教文化）的意义上成立。
科学纲领不保证不犯错误，只保证发现错误就修正。而关于怎么也不在行为外在上显露的超然的意识实体，因为它还没有在实证意义上给出证据，所以不能视为有效力的科学证伪。

这里来讨论一下“主观红”的问题。假如一个人和其他人一样，把某个波长的电磁波叫做红色，那么这也可以是此人从人际交流中习得的一种“规则”，他可以对这种波长有着与别人不同的主观感受。
当然，我从我所相信的科学纲领认为，没有理由断言，对此人不易觉察的独特主观体验就一定没有任何检测手段并永远不会有。至于，有的人认为这就证明主观性不可逾越，我说做这样的断言也不是基于穷尽所有可能性。有的人说，没有探测到的就是根本探测不到的；有的人说，没有探测到的就是将来可能探测到的。两者之间不见得谁比谁更加有理。
至于说，“主观红”问题的要害在于客观和主观之间不可逾越，我上面已经说过了，部分的逾越已经是生活实践中的必然。至于要不要把意识定义为超越反应之上的非物质实体，这是和实验科学无关的问题，无论如何实验科学不能这么定义意识，最坏不过实验科学认输、退出而已，但目前远远未必。
想再特意强调一下，无论“主观红”的问题在其他价值文化理论中有没有或有何种意义，它对实证科学是没意义的。实证科学要能够研究经验证据以外的超然，那就是儿戏了，就连宗教也不要它了。实证科学只能探讨“主观红”不成立的可能性。万一探讨下来被必然的逻辑推翻，那实证科学只有退出，说：这是科学实验不能触及的。我们纲领的信心仅仅在于认为不会如此。这就是我们的坦诚。

接下来谈闭锁综合征的问题。像《潜水钟与蝴蝶》作者，要是他有意识的痕迹不及时被发现，他存在的意识还不是被忽略过去了吗？这说明a.假如只能有限地探测意识是否存在，怎么能很好地实现开头提到的第一个目的？b.使意识不能很好表现的因素有得是，意识的外在表现和意识本身是可以分离的。鲍比的经历证明了这一点。
对于a只有说很遗憾，研究意识的实验科学刚起步，加之研究课题的难度，它有太多不足，这是实情。对于b想说，恐怕不能证明意识是独立于反应之外的实体吧？比方说，比较过闭锁综合征与植物人两者的脑电图吗？我们探测意识的技术手段还远远不够发达， 但是我们有理由相信：闭锁综合征患者的意识一定与有些客观指征有关。 信心来自于哪里？来自于：事实上在现实可观察范围内，没有无物质结构的功能，意识不应该对此成为例外。当然科学纲领是可错的，但是这一点从提出起还没有在科学上被证伪过。
换句话说，假如能够以我上面描述的方法，证明不要物质结构的意识会有存在，那这个科学纲领输了。然而我们相信不会有这样有目共睹的“硬证据”。

这儿再回到“主观红”问题多说几句：作为科学纲领，为什么不能承认这个问题的合法性？因为假如它是对的，那么科学只有把这领域让给形而上学，它不需要科学去证实。
也可能“主观红”的难题出于前沿科学家的焦灼：又不能设计一台机器人告诉你，它看到的红就是你指定的红，而且你完全清楚它的结构，这个主观的东西怎么从逻辑上跟客观指标一致起来呢？难矣哉！
但是我认为，实证的科学不可能那么全方位地全面，只能留下一个可以估计的误差而已，多少实验不是这样？我们观察到这个人对这种红的任何反应符合普通人的反应，我们断言他极其可能主观上把这个光波段知觉为红——极其可能！我们不排除有错的概率，但错的概率极小。万一错了怎么办？这时我们也不承认主观红是来自某个不可探测的精神实体，而是认为：这种情况有待于进一步探测。科学只得如此！要不，精神实体论是对的，那么科学从意识探索退出，但是假如上帝还没找过来我们自己就以为主观红是一神秘实体的非物质动作——那科学院都关门好了，包括梵蒂冈科学院，还办个什么呢？

我来举个日常听闻中的例子。一妻子听说丈夫可能患癌，迅速地变得愁眉不展，吃不下睡不着，消瘦下去。及至诊断报告说丈夫排除癌症，立刻睡了一大觉吃了一大碗，第二天就好起来了，没几天体重也上来了。
这里，从旁人眼光，不觉得她的意识活动有什么不能了解。问起她，她也率直相告：“那时听到你可能得癌，把我吓得！”所以，从客观指征的推断到主观状态的报告，也没有什么不符。像这种起码的知人论事，几乎没有人不会，因此完全不能从外在推测他者主观，那才是不正常的。
或者说，这个女子只是自己抉择了表露主观而已，她也可以抉择不表露的，因此主观还是独立的。这话如果出于某种价值观我可以懂，如果是坚信某种形而上我只能说实证科学管不着，但是要拿来质问科学纲领，我只有说，那你去请形而上自己显示效应呀！科学还是按程序检验，或者认可你，或者推翻我。

下一个问题是自由意志。记得有一则佛经：某人睡前有高人嘱咐，梦里切不可开口说话，否则就不能出轮回之苦。这人梦见自己转生投胎，经历种种苦厄始终一言不发，人以为其喑哑。梦中某天突遇万不可忍之事，遂开口陈情，在此刹那间醒来，高僧笑之。
主观世界是不是可以全由自由意志控制而可以成为不可测，对这个问题科学不能给出现成答案，因为主体对自己主观世界的控制与他人对主体主观世界的了解，是处在互动当中。但是正如这则佛经，人要保持绝对没有外显征象的内在世界，太难了（或许有必要从事秘密工作的人会有认同）。但是这也不等于，自由抉择不表达的主观意识，就完全不能从客观探测。至于主观意志有没有形而上的本质，答案与上面相同，科学的立场是没有，只不过探测过程本身会改变本然的主观而已。须知，形而上学与科学是不可能同时成立的，那样也只会彼此碍事。
对摆脱客观探测的自由意志，还有些拥护者来自文科领域——科学的冰冷的解剖只能把火热跃动的心变成一颗死的心。诚然，科学的滥用是有摧残人性的恶作用，因此不顾实践需要地去应用科学不是好事。再有，实验科学其实只能涉及意识的自然基础和与之相关有限的人际互动及文化互动（不得不涉及一些）。不过，在真实的人际环境和真实的文化环境中人的主观的“心”怎么展开，这里面有太多东西是实验室研究无能为力的。实验科学的目的还在于开头讲的：看看能否治病，看看能否借鉴于智能仿生，这才是主要的。在研究过程中，对认识论也有帮助，因为我们对主观意识的自然基础还知道得太少太少啊！

是不是可以这样：为了形而上学与科学各得其所，我们定义意识是某种形而上的实体，而科学所研究，与治病和仿生有关的，则是与意识有某种联系的机体反应（不论行为上的抑或生理上的）。岂不两全其美吗？
答：那样也好。不过，就把意识这个概念统统送给形而上学，我们另给研究现象起个名，叫做比如觉知、觉醒或者觉醒-觉知，反正就是知道周围，知道自己，知道知道这个意思。至于意识和觉知又什么关系，那就让形而上学去研讨吧。
其实这不过是定义游戏但也无伤大雅，要害的问题还在于：实验科学不能跟形而上学搅和。

佛学有所谓“八识”。从我们科学纲领，这八识中大部分内容作为内省得来的体验，可能对实证研究意识有一定启发。事实上，我们包括科学家对意识的基本设想，总是始源于内省，始源于“将心比心”的“共情作用”（已经被镜像神经元的发现在一定程度上证明）。问题是，对于内省出来的东西必须有客观指征的检验，不能脱离这一点。要不然，恐怕绝大多数形而上学观点都是内省的结果，那实验科学就要关门打烊了。
因此，即使对看来蛮有借鉴作用的佛学，如果要谈到这八识又是什么跨越生物个体的非物质次元、“纯存在”，那实验科学又要敬谢不敏了，这个东西科学无能为力，要批驳倒可以，要赞同断无可能（赞同就意味着交出发言权，没资格发言）。这不是科学对佛学理论特别不待见（其实这些理论蛮有睿智的咧），而是，科学要站到形而上学里面来论证形而上学对头，那它就是在开愚人节的玩笑——科学能验证不可能验证的事，那不叫自相矛盾吗？所以，科学要证明形而上学对，它就没有资格证明谁是谁非，这就是科学家的不得已。

或者说，在今天实验科学研究意识很难触及其核心又容易陷入漫无边际的情况下，引入一些形而上的观点或能起到支撑研究的作用。
答：纵然引入假说性的设想有好处，也不能引入形而上学。因为，科学假说是可以在被证据否定时舍弃的，然而你要假设超物性的存在，你不怕得罪神圣吗？超物性可以无所不能，何从否定？康德早就告诫过我们，离开了经验，理性其实无所谓肯定否定，然而实证的科学最不允许的就是没有肯定否定，这比可以否定的谬误更不可救药。因此，科学和形而上学只有一个进、一个退，决不可占据同一课题，都对——哪怕您认为“两者都伟大”，也不行。

那是不是能有一种形而上学，它能包容全部的科学，而又防止科学在应用方面的“恶”？
这事情，也只能随科学家各人脾气，愿意就感谢甚至“感恩”，或者也有科学家不认为这是好事呢？
然而实验科学本身肯定不能“上升”到这个层面。要是一个理论，作用就是调和，那至少不是实验科学理论，因为如果不在探讨领域里打上肯定与否定的标记，那就没给出任何科学信息。
打个比方，形而上学是“天父”，那实验科学只能做亚当；形而上学需要“永无谬误”，实验科学不能这样。
那么开个玩笑：就让“父”永远疼爱“孩子”好了，经常编织防孩子着凉的毛衣好了，但是，孩子还是孩子——不尝试“淘气”就不是孩子。
这也是解解闷乐一乐，诚然大有科学家看到“打着各种旗号的形而上学”是要动气的，或者也是性情各人不同。

我们来看阿尔法狗。对于它在下围棋上的效能，我们不会产生丝毫的形而上学幻想，因为它的任何“思考”（即运算）都是我们人类设计的结果，机器的运行和所表现出来的效能，有着严格对应的关系。
设想，假如有一台能够感知“主观红”的智能机，它可以把一种红色光谱范围内前所未见的光判断为红，或者给红外线以主观感受的命名：“我感觉它应该是某种微弱的暗红。”而这与我们通过什么红外显现技术所获得的主观视觉效果高度一致，那么，这个科学认识论上的“疑题”也基本冰释了——其实主观感知包括第二性质的主观感知，就是被设计好了的物质结构的机能运作结果嘛。
遗憾的是我们不能设计出这么smart的机器来，因为我们仿生脑，脑可太复杂了，无论如何仿不像。

（删节不宜段落）
对于意识的实证探讨，值得相信现在还没有到这么一步，但是对于最后能否揭秘意识，确实要有这个心理准备：支持意识的脑结构具有完全不亚于量子系统、生命系统等的复杂性。
这么叹科学苦经，是不是要写一篇科学对宗教的忏悔录呢？也不是。在科学没有能够突破的地方，难道形而上学就有救世良方吗？就能让我们这颗拥挤的星球信服超越物质世界规律的“好心好报”吗？恐怕科学的投降只能带来后现代颓废沮丧的蔓延……