其实，在一些吧中已有大佬回答过这个问题，目前我看到较多的猜测就是：金刚大王在抓小金刚时裤子攥到了手中，所以裤子消失了。
我们先看下这个推测可能的合理性。
在小金刚被识破隐身后，直接莽撞地撞向了金刚大王的肚皮，很可惜，不但没能对金刚大王造成伤害，也给自己陷入了困境。

上图为逐帧截图，虽然裤子是一瞬间没的，但也无伤大雅。尽管是几秒的时间，但我们也可以看到，小金刚撞向金刚大王的瞬间，一瞬间就像打铁一样迸发出火花，然后又不见。小金刚被反作用力弹飞，金刚大王纹丝不动，而小金刚直直撞向金刚大王愣是表面上什么伤害都没造成，就算没有后面被擒获的情节，这一招对小金刚来说也是伤敌一百自损八百的一击。因为从他痛苦的表情看出，这反作用力也给這娃子带来了不小的伤害，脑子一看就是晕乎乎的。所以他暂时没反应过来。
尽管确实金刚大王造就了伤害，但效果甚微，相反的是金刚大王立刻做出了反应，这里金刚大王应该不是刻意去抓葫芦娃，你可以看到，第一张以及第二张图中金刚大王的手明显抬高了，如果这一击没有伤害，那为何会有这个举动？根据百度百科，这里小金刚的一击是有效的，因为小金刚的攻击震动引发了肚皮的回弹，导致肚脐眼有了一定损害，但是小金刚现在是巨人身躯，大范围伤害明显对金刚大王这中相对较小的弱点没有太大用，比起后面用手指精密攻击效果甚微，所以金刚大王马上做出了回击，在收到一些伤害后，身体本能反应回弹了一下（图一和图二）。
然后接下的截图中，假设这一击金刚大王笃定了小金刚知晓他的弱点，他之后可绝不会作出这种把自己的弱点正对着小金刚的举动。自大归自大，就算后面的一张图中用手挡了一下小金刚的上半身体，那为何又将当着的手移开而不是一直抓着？我们之后分析。
在接下来的图中。注意看金刚大王的手是明显有一个向回挡的动作的的，所以这里我个人倾向于是本能反应，一种要害被伤害而造就的本能反应，他想捂住肚脐，但左手率先撞到了还没缓过来的小金刚，于是直接抓住，这时候金刚大王才反应过来这葫芦光脚小子净差点破了自己防，便右手急忙挡住，防止小金刚继续做出什么伤害。

写着写着容易跑题，不好意思。那我就接下来把小金刚的裤子去哪了和小金刚被擒获挠脚心这一段一起并着写吧

让我们分析一下这个裤子在此过程中有没有可能被攥住从而导致看上去裤子消失了。
我们先确认一下，在葫芦兄弟与葫芦小金刚中两部动画作品中，还有有类似像小金刚这种类似赤裸状态的葫芦娃的场景吗？
答案是，有，而且甚至露出尺度比小金刚还有更多，如大娃（有大佬分析这里可能一开始大娃就是全裸的，后来近景特写过多索性加上叶子遮挡），还有一个是重量级吧内选手——三娃，直接当屏幕被蝎子大王扒了裤子，这个过程是直接展现在我们面前的。居然是分析就得找类似例子，所以，我们从第一部也是较为相似的情景入手。同样是被妖怪抓且裤子消失，三娃明显有较为详细的过程。（下图为大娃

三娃明显可以看到，蝎子大王的钩子是有一个向下勾着的动作的，这也导致了裤子有一个被勾着的力，同时勾子整体高度向下移了一些，这也导致被抓住的裤子有了一个“向下”的力。
至于为何勾子的方向会在勾住三娃裤子后颠倒。这其实合理的，可以理解为蝎子大王自己调转了勾子方向，只有这样才能防止三娃轻易逃跑，如果勾子是冲下不变，三娃很可能只要脱下裤子就能逃脱而并非像图中这样无法挣脱，如果三娃想逃离，就必须转过身向上提起裤子。
可问题是，三娃这里明显是类似小金刚的情形——慌了。而且三娃明显力气不如蝎子大王（铜头铁壁不等于力大无穷）。
在后边被甩出去的同时，被扒掉的裤子直接松了下来。

分析了三娃，我们知道三娃的裤子掉了，是因为一个向下的勾子给的力，通俗点就是裤子被扒了，且此过程详细，合情合理。
那么说回金刚大王这一段，既然没有明确的裤子被扒镜头，抛弃制作组失误，是否就代表了裤子被攥在手里呢？

我的回答是：否。
实际上先仔细观察一下剧中的特写，
此张图片完美展示了小金刚被金刚大王擒获后从头到脚的情况。假设裤子真被攥于手中，那裤子唯一的可能就是在金刚大王的抓住葫芦娃的左手拇指与食指的视线盲区，因为其他手指都明显有空隙，从而看到小金刚的双腿。
倘若裤子真于如此狭小的空间，那么试问一下，裤子又不是背心那么可折叠，光粉色叶裤就足够显眼了，想要在观众面前如此完美隐藏，那这裤子只能是被攥成了一个圈绳一样的玩意。这样才能在这较小的空间一直保持到金刚大王GG都不被我们察觉到。
这裤子被攥成这样小金刚估计也穿不成了（笑）

最直观的证据，莫过于此张截图，属于动画本身就将裤子攥于手中的观点不攻自破。

天哪，度娘真的狠，直接吞了我一楼，那就截图发出来吧😐

而且从逻辑上讲，裤子攥于手中也是不合理的。想要完成这一目标，一个大前提就是，裤子得是松松垮垮的而不是紧贴身体。
但我们在剧中能看到，葫芦娃的裤子都偏向于紧身裤，多次空翻等身体运动都没有提裤子的举动。（要是战斗中裤子掉了得是多尴尬的事情，比如三娃）这侧面反映出小金刚的裤子难以分离身体。
所以基本可以推翻小金刚的裤子被金刚大王攥于手中的结论了。
再者，从这个结论来看也是不合理的，如果只凭借反作用力将裤子硬生生收缩到金刚大王的食指就能挡住的程度。除非小金刚是个橡胶人。（笑）

居然我们已经驳倒了这个看似合理的解释。那么问题来了，小金刚的裤子究竟哪去了呢？
作画失误这一点是已经可以排除了的，关于小金刚的镜头这一段还多次给了特写，在这种剪纸动画一帧帧拼凑的途中，每一帧的服装，动作都要尽心尽力而为。动画中一分钟可以说用现实一周去制作都不为过，难道全程都没人提出一句，“这娃子裤子为何消失了？”
我们尚且能看到这种BUG，难道当年设计每一个场景与人物的上海美术电影制片厂就忽略了？

而且在漫画中，无论哪个版本，只要出现葫芦小金刚被金刚大王擒获倒拎的场景，小金刚的裤子均是不翼而飞了。（这里附上漫画情节，来源金刚大王吧）

所以，抛去一切不可能，最后的答案只有一个。而且已有大佬提出来了这一可能。
那就是，
金刚大王扒了葫芦小金刚的，裤，子。
一定会有人问，那为什么动画没有做出来呢？
关于这一点，吧内已有大佬挖出了《葫芦小金刚》的原本规划。
那就是，葫芦小金刚原本是有七集的。
而且连环画与动画是同步进行的。
葫芦小金刚面临工期短缺等问题，被迫删改较多情节，在第六集除妖灭怪，我们明显能感到情节非常赶，甚至青蛇精最后突然蹦出一个起死回生术，没有任何铺垫。
以及众多情节问题都没有回答，包括三妖四怪与蛇精的从属关系和来源，只得从零星的细节交给我们去慢慢推测了。