治疗一种疾病最有效的方法就是对症下药，但由于这种病的致病因素较为复杂，所以采取的治疗措施也相对比较复杂、比较多样化。大致分为病因治疗、对症治疗和非药物治疗这三类，一般都是通过药物治疗的方法来对运动神经元病进行抑制，例如使用神经营养因子、采取抗氧化及抗细胞凋亡的措施等。
关于药物治疗，除了西药进行抑制，中医方面也有相关措施——百草养元汤疗法。这是由北京的一位医生李惠英研发出来的药物治疗法，并且这种治疗运动神经元病的疗法在二零一九年得到了国家的专项认证。并且相比西药，中医的治疗方式各家适合国人的体质。