一、总公司和分公司可以独立核算的,双方独自核算即可。
独立核算单位一般应同时具备以下条件:
(1)具有法人地位的经济单位。
(2)有完整的会计工作组织体系。
(3)独立编制财务收支计划和资金平衡表,自行计算盈亏。
(4)在银行开设独立帐户,可对外办理购销业务和货币结算等.行政、事业单位中,对预算执行过程进行全面核算和独立编制决算的,也称独立核算单位,如高等院校,某些中等专业学校、中学等。

二、若不是独立核算,则需要设置企业所得税税种,按照法人企业申报缴纳企业所得税。
(1)非独立核算是指没有完整的会计凭证和会计账簿体系,只记录部分经济业务的单位所进行的会计核算。
(2)非独立核算是指单位从上级单位领取一定数额的物资、款项从事业务活动,不独立计算盈亏,把日常发生的经济业务资料,报给上级集中进行会计核算。