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西班牙在美洲的殖民地包括4个总督区：
◆西班牙总督区（包括墨西哥、中美洲、西印度群岛）
◆新格拉纳达总督区（包括哥伦比亚、巴拿马、委内瑞拉、厄瓜多尔）
◆秘鲁总督区（包括秘鲁、智利）
◆拉普拉塔总督区（包括阿根廷、玻利维亚、巴拉圭、乌拉圭） 总督由西班牙国王任命。每年有两支舰队从美洲运送各种货物回西班牙，垄断了世界可可豆市场长达1个世纪

此外，此时的西班牙并非大西洋沿岸的一个小国，此时西班牙帝国欧洲领土包括（现在的）西班牙、那不勒斯、撒丁岛、西西里岛、奥地利、尼德兰、卢森堡、弗朗什孔泰、名义上的神圣罗马帝国，还有非洲的突尼斯、奥兰等以及美洲的墨西哥、秘鲁、智利等。严格意义上，将这个帝国称为“哈布斯堡帝国”更为合适。对这个帝国，查理五世曾有一句极为著名的描述：“在朕的领土上，太阳永不落下。”这句话也就是“日不落帝国”的由来——尽管大英帝国后来居上。
查理五世把法兰西王国和奥斯曼帝国视为在欧洲的对手。1521年，法国国王弗朗索瓦一世发觉其国被哈布斯堡领土包围，于是攻击西班牙在意大利的属地，再次引起两国的冲突。法国遭遇灾难性败绩，先后在比克卡会战（1522年）、帕维亚之战（1525年，弗朗索瓦本人被虏）受挫。弗朗索瓦一世为取得自由，不惜签订割让勃艮地（给查理）、布列塔尼（给英王亨利八世）等领土的屈辱条约。但弗朗索瓦一世一回到法国，就宣布撕毁条约，拒绝割让土地给查理和英国。

1525年，查理五世在帕维亚之战中大败法国，使很多意大利及德意志人感到意外，担心他将会继续扩张势力。很快地，教宗克莱孟七世倒戈支持法国及意大利一些重要城邦，以上帝的名义宣布，弗朗索瓦一世与查理五世所签订的割地条约无效；克莱孟七世还主动参与针对哈布斯堡帝国的科涅克同盟战争（1526-1529年）。查理五世因此勃然大怒，加上查理渐渐厌倦克莱孟七世教宗干预他认为与宗教毫无关系的事务，所以在1527年攻陷罗马，使教宗蒙羞。结果，以后克莱孟七世与继任的教宗在与世俗势力交往时，都显得加倍谨慎，不敢违背西班牙国王。1529年，教宗与查理签署巴塞隆那和约，建立更和谐关系。西班牙正式成为天主教的保护者，而查理被教宗加冕为意大利国王（伦巴第）；因为教宗需要查理的西班牙出兵，以推翻趁机自立的佛罗伦萨共和国。1533年，教宗克莱孟七世拒绝让英王亨利八世离婚，主要原因是他不希望触怒查理五世，令罗马再度被洗劫。
1525年帕维亚之战，西班牙大败法国，奠定陆上霸权
不过，与教宗的冲突并没有影响查理五世坚定地支持天主教。1521年，在沃尔姆斯宗教会议，查理五世颁布沃尔姆斯敕令，宣布路德非法。1524年，鉴于德国爆发农民起义且新教诸侯组成了施马尔卡尔登联盟，查理五世决定把德意志事务交给弟弟斐迪南（即日后的斐迪南一世）全权办理。但查理五世并没有放弃建立天主教大帝国的尝试（故也有人认为查理五世支持天主教的根本目的在于扩张帝国），1545年特伦特公会议的召开宣告了欧洲天主教势力反对宗教改革的浪潮的开始，查理五世决心惩罚德意志的新教王公。
1546年查理五世与施马尔卡尔登联盟开战。在战争的第一阶段（1546年—1548年）他打败了萨克森选侯约翰·腓特烈, 并将投降的黑森侯爵（慷慨的）腓力一世监禁起来（1547年—1552年）。然而，他是先胜后败。新的战事于1552年爆发后，查理五世遭到一系列失利，在1555年被迫与诸侯签订《奥格斯堡宗教和约》。

同时期值得一提的是，哈布斯堡王朝在东欧得到了匈牙利。1526年8月29日，匈牙利兼波希米亚国王路易二世与奥斯曼帝国苏丹“奇迹王”苏莱曼一世，在匈牙利首都布达以南约200公里的摩哈赤激战，史称第一次摩哈赤战役。土耳其军战胜匈牙利军，路易不幸战死沙场。但奥斯曼帝国并无长期占领匈牙利，反而在9月时撤军。此时，神圣罗马皇帝查理五世的弟弟，奥地利大公斐迪南一世以路易的姐夫身份，继承匈牙利和波希米亚国王。虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被打败，靠着奥斯曼帝国的保护才在匈牙利东部立足。这块土地直到一战时期仍在哈布斯堡王朝的统治之下（即奥匈帝国）。

1526年时期的匈牙利
1555年在击溃新教力量的最后努力失败后，查理五世就开始脱离政治生活。他把自己的个人帝国——西班牙和低地国家传给了儿子腓力二世；把神圣罗马帝国传给了弟弟斐迪南一世（1555年10月25日放弃尼德兰王位给腓力；1556年1月16日放弃西班牙王位给腓力；1556年9月12日放弃皇帝帝位给斐迪南）。查理五世的晚年是在西班牙埃斯特雷马杜拉的尤斯特修道院度过。他可能患上了神经系统疾病。查理五世死于1558年9月21日，在他生命的后20年中，他一直受到痛风病的折磨。

查理五世画像

腓力二世执政时期，西班牙的国威和海外强权达至顶峰。1565年，奥斯曼军队企图登陆战略地带、有圣约翰骑士团守卫的马耳他，被西班牙击退。恰逢奥斯曼帝国苏丹苏莱曼大帝在翌年去世，其较为平庸的儿子塞利姆二世继位，腓力决定主动进攻。1571年，查理五世的私生子奥地利的唐胡安领导西班牙、威尼斯共和国和欧洲志愿者的舰队，在勒班陀战役击溃奥斯曼舰队。奥斯曼帝国从此失去了在地中海的海上霸权。此外，在法国宗教战争初期，西班牙击败法国。1557年，西班牙军队在圣康坦战役中击败了法国军队。腓力二世于1559年和法国国王亨利二世签订了对西班牙有利的《卡托－康布雷齐条约》，从而结束了绵延半个世纪的意大利战争。
在国内，他大力强化中央集权。在他统治时期，中央政府真正开始剥夺一些历史上的王国和民族地域（阿拉贡，卡斯蒂利亚，巴伦西亚，特别是加泰罗尼亚）的独立性，并且取消一些城市的自治法规。1590年至1591年阿拉贡为保持其自治地位而发动了暴动，但被扑灭。与集权程度提升相伴的则是官僚体系的臃肿。更具有争议性的措施则是腓力二世对低地国家实行的毫不妥协的铁腕统治。1567年他任命著名的将领和刽子手阿尔瓦公爵费尔南多·阿尔瓦雷斯·德·托莱多为尼德兰总督。后者严厉镇压尼德兰人民的一切反抗活动，处死了大约8000人。腓力二世还大力支持天主教宗教裁判所，使大批持异端邪说的人（无论是真有其事还是受到陷害）在火刑柱上化为灰烬。他的另一项政策则使1568年－1570年被强制迁徙到西班牙内地的摩尔人受到残酷迫害。从阿拉贡国王费尔南多二世开始的对穆斯林和犹太人的迫害和驱逐最终使西班牙的种族构成趋于“纯化”。

1574年哈布斯堡王朝欧洲部分

腓力二世时期鼎盛的西班牙帝国
腓力二世执政时期，最大的机会莫过于葡萄牙的内乱。葡萄牙军队在马哈赞河之战遭遇惨败，国王战死。腓力二世决定夺取葡萄牙王位，并赢得了胜利。1583年，随着西班牙征服亚速尔群岛，葡萄牙及其海外领地已全部归到腓力二世的领导下。同时，在蓬塔德尔加达海战中，西班牙确立了海上霸权。
由于查理五世将哈布斯堡帝国分治，西班牙哈布斯堡王朝不再统治神圣罗马帝国，但腓力二世执政时期帝国的国势反而达到了全盛时期。此时的西班牙是欧洲无可争议的霸主，在欧洲的王室战争中均居于优势地位，缔造了被后世称为“西班牙治下的和平”时代。 极盛时期的西班牙帝国国土面积达3150万平方公里。


对比：大英帝国全图

腓力三世（虔诚者）（西班牙语：Felipe III，1578年4月14日－1621年3月31日）作为西班牙哈布斯堡王朝第三位国王（1598年—1621年在位）和葡萄牙哈布斯堡王朝第二位国王（称费利佩二世，1598年—1621年）继承了腓力二世。腓力三世继承了他父亲对天主教的坚定信仰，却没有继承他的惊人才干。 实际上，腓力二世曾悲观地承认，上帝没有赐给他一个有能力管理他的巨大帝国的儿子，他甚至还预言到腓力三世的一生必将为宫廷宠臣所掌握。 这些预言可悲地一一兑现了。
在父亲去世后，即位的菲利普三世把一切大权都交给了他最宠爱的大臣莱尔马公爵弗朗西斯科·德·桑多瓦尔。 他几乎终生都受到这位朝臣的左右；后来莱尔马的儿子又成了他的新宠臣。 西班牙的经济在菲利普三世执政时期经历了严重的衰退，并且她的海军也失去了以往无可匹敌的威力。西班牙在欧洲和美洲都面临着新兴的海上强国——英国与荷兰的挑战，而国王却既无能力也无兴趣与之展开竞争。在天主教的爱尔兰人掀起独立运动的时候，菲利普三世对他们施以支持，希冀以此来削弱英国；英西战争在1604年画下句点，由菲利普三世与新任英格兰国王詹姆斯一世签订伦敦条约，英西两国分别停止对爱尔兰与西属尼德兰的军事介入，且英国放弃它在公海上的劫掠行为。

腓力三世

1609年，在扑灭尼德兰新教政权的努力宣告失败后，菲利普三世默许姐夫尼德兰总督奥地利大公阿尔布雷希特七世与联省共和国缔结十二年停战协定。这将西班牙的衰弱暴露在世人面前。菲利普三世在个人生活中沉浸于宫廷游乐，他在这些活动上挥霍了无数的金钱，在政治上也才能平庸。 但他在宗教信仰上却表现出真正的虔诚（这一点和尼古拉二世极其相似）。1621年3月31日菲利普三世去世于马德里，把一个外强中干的西班牙帝国，留给了他的继承人。
腓力三世的继任者腓力四世被迫直面西班牙衰落的现实。1640年，他失去了葡萄牙王位。1648年，鉴于西班牙军队在唐斯之战中的惨败，他被迫承认了荷兰的独立，西班牙在八十年战争中失败，海上霸权也被荷兰夺取。他执政20年的首相奥利瓦雷斯公爵被迫下台，但西班牙的衰落并没有因此中止。

腓力四世

从对腓力三世、腓力四世统治时期的分析我们可以看出，在1600－1714年，西班牙依旧是基督教世界最大的帝国，其陆上霸权甚至一直保持到1648年（或1643年）。但西班牙的军力相较于它庞大的领土已经过于分散，其压倒性的优势已经不复存在，西班牙哈布斯堡日不落帝国江河日下。
以下为对哈布斯堡西班牙衰落原因所作的分析，这一部分感谢
@勃艮第的猫战车 的建议和指正

一.军事力量的衰落
西班牙军事力量的彻底衰落，始于无敌舰队被荷兰打败（1639年）
（现在国内许多观点认为英国虽然也打败了无敌舰队，但因为当时西班牙一定程度上遏制了私掠海盗的侵扰，并击溃了英国在每一次击败无敌舰队后的趁势进攻，所以依旧被认为掌握了海上霸权
不过也有认为这种观点有把“19世纪的传统观点作为当代新论点”的嫌疑。随着无敌舰队故事在中国的普及，这一类观点反其道而行之，对无敌舰队覆灭对西班牙的打击的意义缩小化，一度很有市场，但我们不能照单全收）
（国内一般认为西班牙在勒班陀海战和蓬塔德尔加达海战中确立了海上霸权，但这一观点较为陈旧，现代许多观点认为西班牙的海军几乎从未和帝国的庞大体量相匹配，因此造成了其海军在”黄金时代“就已屡遭败绩）
唐斯之战 或称 唐斯海战（荷兰语：Zeeslag bij Duins；西班牙语：Batalla de las Dunas）这是八十年战争和三十年战争的组成部分，发生于1639年10月21日。荷兰海军成功地拦截西班牙海军统帅奥昆多率领的一支由77艘西班牙和弗勒芒大型战舰组成的船队。此次海战迫使西班牙最后放弃了征服荷兰的企图，同时也为荷兰赢得了海上强国的声誉。 （笔者引用自百度百科）
在唐斯之战之前，西班牙在八十年战争（西荷战争）中也已落于下风。1628年，荷兰船长皮特·彼得松·海因在马坦萨斯港（古巴）击败西班牙珍宝船队，捕获价值数千万盾的西班牙宝藏船。1631年，荷兰舰队对安特卫普港的西班牙舰队发动了夜间袭击，将港内的西班牙舰队歼灭。1638年8月法国海军也打败了西班牙海军。唐斯之战中西班牙的无敌舰队不同于伐英时期可以损失一支再建造一支的无穷无尽的舰队（总共发动了五次无敌舰队远征），在战略上可以拖垮英国（英国在科伦纳·里斯本远征、1595-1596年西印度群岛远征、1596年加的斯远征、埃塞克斯-罗利远征和爱尔兰元气大伤，最终议和结束英西战争），反而是西班牙的孤注一掷：希望通过这次冒险一举结束八十年战争。这一次战败，让西班牙至今都未能重建海上优势。
在海上力量遭遇重大打击的4年后，西班牙陆军在1643年的罗克鲁瓦战役又被法国大孔代亲王击败。在战斗当中西班牙方阵体现出了相当强大的稳定性以及战斗力，但是在机动性上略显不足，这标志着西班牙在战术和战略上的优势都不复存在。
（但根据杰里米·布莱克的观点，罗克鲁瓦战役的地位实际上并未有人们想象中的那么重要，根据一场战役的胜负不能推出某国军事力量的衰退，不过西班牙陆军的日益衰颓却是不争的事实）
这一系列战争其实都可以被包括在广义上的三十年战争中。在这场名义上的宗教战争中，欧洲各新教诸侯（瑞典，德意志诸侯等）和信奉天主教的新兴强国法国联合对抗哈布斯堡王朝。最终，哈布斯堡王朝战败，在《威斯特伐利亚和约》签订后，西班牙哈布斯堡帝国作为一个军事强国事实上已经不复存在了。1659年，在《比利牛斯和约》中，西班牙默认了法国的胜利。在帝国的余晖中，剩下的只有不断增长的军事需要和勉力维持的过于分散的军事力量，直至帝国彻底崩溃为止。
（此处有必要提到军事史上的一些观点，这些观点来自于
@勃艮第的猫战车
在军事史上，军事战术的革新与变化是非常迅速的，所有战役的标志性作用经常会形成刻板印象，譬如西班牙大方阵、腓特烈的普鲁士军团、拿破仑的老近卫军等。但是这些印象实际上的影响仅限于短时间的，而非长期的影响。
事实上，就整个意大利战争和三十年战争期间的胜负来看，各国的军事战术都具有相当大的弹性。经典史观一般热衷于寻找“标志”“导火索”等代表性事件，许多战役被用作军事力量对比改变的转折点或者标志但事实上很难说哪场战役就可以标志着某国的军事体系就此一落千丈，例如1643年，法国人在罗克鲁瓦战役中击败西班牙人，却在随后的图特林根等战役中不断败给天主教联军，1645年，法国人又在阿勒海姆战役中击溃了巴伐利亚的军队。同理，西班牙人虽然在罗克鲁瓦战役中被法国击败，但是1655年、1656年，却又两次击败了法国人）

一.军事力量的衰落
西班牙军事力量的彻底衰落，始于无敌舰队被荷兰打败（1639年）
（现在国内许多观点认为英国虽然也打败了无敌舰队，但因为当时西班牙一定程度上遏制了私掠海盗的侵扰，并击溃了英国在每一次击败无敌舰队后的趁势进攻，所以依旧被认为掌握了海上霸权
不过也有认为这种观点有把“19世纪的传统观点作为当代新论点”的嫌疑。随着无敌舰队故事在中国的普及，这一类观点反其道而行之，对无敌舰队覆灭对西班牙的打击的意义缩小化，一度很有市场，但我们不能照单全收）
（国内一般认为西班牙在勒班陀海战和蓬塔德尔加达海战中确立了海上霸权，但这一观点较为陈旧，现代许多观点认为西班牙的海军几乎从未和帝国的庞大体量相匹配，因此造成了其海军在”黄金时代“就已屡遭败绩）
唐斯之战 或称 唐斯海战（荷兰语：Zeeslag bij Duins；西班牙语：Batalla de las Dunas）这是八十年战争和三十年战争的组成部分，发生于1639年10月21日。荷兰海军成功地拦截西班牙海军统帅奥昆多率领的一支由77艘西班牙和弗勒芒大型战舰组成的船队。此次海战迫使西班牙最后放弃了征服荷兰的企图，同时也为荷兰赢得了海上强国的声誉。 （笔者引用自百度百科）
在唐斯之战之前，西班牙在八十年战争（西荷战争）中也已落于下风。1628年，荷兰船长皮特·彼得松·海因在马坦萨斯港（古巴）击败西班牙珍宝船队，捕获价值数千万盾的西班牙宝藏船。1631年，荷兰舰队对安特卫普港的西班牙舰队发动了夜间袭击，将港内的西班牙舰队歼灭。1638年8月法国海军也打败了西班牙海军。唐斯之战中西班牙的无敌舰队不同于伐英时期可以损失一支再建造一支的无穷无尽的舰队（总共发动了五次无敌舰队远征），在战略上可以拖垮英国（英国在科伦纳·里斯本远征、1595-1596年西印度群岛远征、1596年加的斯远征、埃塞克斯-罗利远征和爱尔兰元气大伤，最终议和结束英西战争），反而是西班牙的孤注一掷：希望通过这次冒险一举结束八十年战争。这一次战败，让西班牙至今都未能重建海上优势。
在海上力量遭遇重大打击的4年后，西班牙陆军在1643年的罗克鲁瓦战役又被法国大孔代亲王击败。在战斗当中西班牙方阵体现出了相当强大的稳定性以及战斗力，但是在机动性上略显不足，这标志着西班牙在战术和战略上的优势都不复存在。
（但根据杰里米·布莱克的观点，罗克鲁瓦战役的地位实际上并未有人们想象中的那么重要，根据一场战役的胜负不能推出某国军事力量的衰退，不过西班牙陆军的日益衰颓却是不争的事实）
这一系列战争其实都可以被包括在广义上的三十年战争中。在这场名义上的宗教战争中，欧洲各新教诸侯（瑞典，德意志诸侯等）和信奉天主教的新兴强国法国联合对抗哈布斯堡王朝。最终，哈布斯堡王朝战败，在《威斯特伐利亚和约》签订后，西班牙哈布斯堡帝国作为一个军事强国事实上已经不复存在了。1659年，在《比利牛斯和约》中，西班牙默认了法国的胜利。在帝国的余晖中，剩下的只有不断增长的军事需要和勉力维持的过于分散的军事力量，直至帝国彻底崩溃为止。
（此处有必要提到军事史上的一些观点，这些观点来自于
@勃艮第的猫战车
在军事史上，军事战术的革新与变化是非常迅速的，所有战役的标志性作用经常会形成刻板印象，譬如西班牙大方阵、腓特烈的普鲁士军团、拿破仑的老近卫军等。但是这些印象实际上的影响仅限于短时间的，而非长期的影响。
事实上，就整个意大利战争和三十年战争期间的胜负来看，各国的军事战术都具有相当大的弹性。经典史观一般热衷于寻找“标志”“导火索”等代表性事件，许多战役被用作军事力量对比改变的转折点或者标志但事实上很难说哪场战役就可以标志着某国的军事体系就此一落千丈，例如1643年，法国人在罗克鲁瓦战役中击败西班牙人，却在随后的图特林根等战役中不断败给天主教联军，1645年，法国人又在阿勒海姆战役中击溃了巴伐利亚的军队。同理，西班牙人虽然在罗克鲁瓦战役中被法国击败，但是1655年、1656年，却又两次击败了法国人）

三.人口流失与宗教迫害
在17世纪早期，人口流失主要由于西班牙政府的主动驱逐。摩里斯科人的驱逐导致西班牙流失了逾20万人口，而西班牙一年向美洲的移民尚不到5000人。
至17世纪中期，人口流失则主要由国内因素导致。在第二部分提到，西班牙的手工业陷入了破产境地，这直接导致的是无数西班牙人生活水平下降，最终甚至被迫放弃家园，直至连国家也弃之不顾了，与此同时，婴儿死亡率不断提高，无数男女选择了进入修道院，数以千计的人逃往远方。马德里的人口由40万减为20万人。与之相伴的则是美洲的西班牙移民达到了逾百万。
尽管西班牙在不断衰落，宗教裁判所却丝毫不受影响。即便是英国大使馆中的新教仆人也未能免受逮捕，更有英国牧师尸体被挖出鞭笞（不过西班牙的宗教迫害主要针对的是改信的犹太人和摩里斯科人，西班牙不存在大规模新教社群，也没有对新教徒进行大规模迫害）。尽管许多贵族要求查理二世废除宗教裁判所，查理二世却在裁判所大主判的不断劝阻下步调犹豫，甚至在1680年亲临焚烧场观看。西班牙百姓们在衰微的国势下也依旧喜欢观看焚烧的烈火。严酷的宗教迫害进一步加剧了人口的逃亡，也让西班牙难以成为北方工商业者理想的投资地。
此时，欧洲其他国家的人口却在逐渐上升。西班牙在17世纪中期人口约为500万，法国达到了2000万，英国为500万，荷兰虽然只有200万，但考虑到荷兰地域狭小，这反而是相当高的人口了，神圣罗马帝国人口2100万，虽然其并不统一，奥地利的哈布斯堡王朝却勉力使人口从三十年战争中恢复。西班牙人口的减少，直接影响了西班牙的战争潜力，使西班牙在西班牙王位继承战争中几乎不得不完全依靠法国的军事力量。

五.财政困境
因为西班牙珍宝船队的出名，许多人眼里西班牙是＝政府享有无穷无尽的财富。事实上，西班牙确实具有相当规模的财政，但西班牙的财政收入却永远无法填补亏空。
早在腓力二世统治时期，西班牙尽管国力昌盛，但在军事方面开支巨大，因此腓力二世不得不多次增税，甚至在1557年、1575年和1598年3次宣布国家破产。在境内，腓力二世执行其父查理五世在西班牙执行的一切强化中央集权的制度，导致阿拉贡王国、低地等地发生暴动。鉴于其这一政策几乎直接引发了八十年战争和摩里斯科战争。此外，他的宗教狂热政策导致西班牙屡屡被卷入宗教战争中，例如远征英国、法国宗教战争、与奥斯曼的战争等。勒班多海战中西班牙取得大胜，但再也无力进行同等规模战争；美洲的收入达到了200万金币，但仅建造无敌舰队的费用就高达1000万金币；西班牙军队一度开进巴黎，却最终遭遇失败。这一时期尽管是西班牙鼎盛时期，在他去世后，西班牙很快衰落了，他试图维持一个天主教大帝国的政策失败了。此外，在中央集权部分实现后，除了因此造成的军事压力，还导致西班牙的官僚系统高度臃肿。庞大的官僚系统蚕食着西班牙的财政储备。
腓力三世即位后，王室债务达到1亿金币，光付债款的利息就需要国家2/3的收入。鼎盛时期的西班牙能大额举债是其国家财政实力的重要体现，西班牙债务清算是诸国中对本国经济影响最小的，但随着西班牙的衰落，财政困境成了西班牙面临的一大困境，而英国却逐渐走出了财政困境（路易十四治下的法国较有争议）。
不顾国家经济情况的征战和统治，使西班牙的经济始终难以得到发展。财政的困难也使西班牙缺少资金在国内进行经济建设，造成了治安混乱、道路落后等问题。