新生的天元们很快安顿下来，熟悉他们自身的技能，训练与谋略即将到来的同宇宙大帝的战斗。根据自身的特性，他们分成三个小组：战士，包括先觉天、引天行、锐天晓、幻天灵与震天尊，谋略家，包括钛师傅、微天星、无常天与马克西姆大帝，自由人，包括赛天骄、撷天萃、经天纬与第十三天元。
天元间充斥着人格冲突，在继承元始天尊本质的先觉天与深受宇宙大帝影响的震天尊之间尤为明显。但是共同的目标把他们凝聚在一起。
震天尊请求赛天骄为他打造镇魂枪（Requiem Blaster）。尽管赛天骄有所犹豫，但还是完成了他的请求。赛天骄的信任与和颜悦色深深打动了常常被大家避开的震天尊。
十三天元制定了最终作战计划。他们分散宇宙大帝的注意力，打开一条通道，有第十三天元进入宇宙大帝的核心。一旦进入，元始天尊继承者的火种就会同宇宙大帝的火种强烈反应，两者都会被关闭。随后，天元们会努力复活第十三天元。
战斗到来了，实事比预想的更加残酷。在第十三天元“万众一心”的鼓舞下，他们战胜了宇宙大帝，并把他至于无休止的休眠状态。然后，胜利不是没有代价的，每一位天元都因为过渡接触宇宙大帝而被他的黑暗所污染。