深红之渊的间章剧情紧随其后：
不知过了多久，尼科拉带领队伍找到了露西亚，此时的露西亚已经失去意识倒在废墟中，手中攥着其它队友的铭牌，身前是成为感染体后被露西亚亲手结果的迅和穆罗尔
尼科拉看着这些好像明白发生了什么，当即决定对此事保密，甚至直接叫来了阿西莫夫研究怎么删除露西亚的记忆（这糟老头子坏得很）
把露西亚送回空中花园抢救的运输机刚刚升空，就被以露娜为首的升格者打了下来。他们把露西亚唤醒，醒来的露西亚面对眼前的“露娜”充满怀疑，于是开始逃跑……

这里填前面的坑简单说一下露娜
露娜当初被遗弃后并没有死去或成为感染体，她被扔在众多改造失败品堆里，见识到这些（见识到社会的险恶）的露娜同样对人类失去信任
偶然的机会她接触到升格网络，成为所谓的“升格网络的代行者”，也就是升格者。后来又不知道从哪里捡来罗兰和加百列两个坑货
随后露娜又劫机打算吸纳姐姐也成为升格者

继续说回露西亚。罗兰在城市废墟中追捕了露西亚好几天，长期作战和意识海长时间未稳定导致露西亚机体破损褪色（这也解释了头发变白）
最后罗兰终于把露西亚逼到了墙角，此时已经成为升格者的露娜拿着青蛙玩偶来到露西亚面前劝说露西亚，露西亚最终放下刀选择相信妹妹，露西亚就此成为升格者阿尔法，白毛诞生

刚开始成为升格者的阿尔法还抱有执念，想去查查旧灰鸦的迅和穆罗尔在阵亡前究竟有没有将意识传回空中花园（只要意识保留就能通过更换机体回归），后来才发现所谓的意识传回也不过是个幌子罢了，旧灰鸦成员全部阵亡的消息早就被雷文治上报，旧灰鸦当时是完全被抛弃的状态……
知道了这些的阿尔法更加确信人类的卑劣不值得守护。同时阿尔法还得知，空中花园已经入编了一个和阿尔法一样的露西亚，阿尔法暗自发誓：绝不会让另一个自己重蹈覆辙再被人类利用

从这里开始引入一个新的露西亚，这个露西亚便是我们熟悉的指挥官身边的露西亚。她是空中花园在阿尔法被劫走后通过露西亚的意识重造出来的露西亚，可以理解为克隆人。
某种意义上来说，白毛才是原本那个真正的露西亚，不过两人的意识完全相同，只是经历不同
新的露西亚应了尼科拉的要求，脑海中没有在旧灰鸦遭背叛的记忆，但是这段记忆并没有完全删除，而是按阿西莫夫的想法封存在意识海深层
这就是之前提到的分歧点，阿尔法正是因为这段遭遇选择叛变，而露西亚没有这段记忆则会坚信人类
尼科拉封存这段记忆的主要目的就是让露西亚不会叛变，不会像阿尔法那样认为人类不值得自己为之战斗，以此来保证露西亚始终是属于空中花园的兵器（糟老头子坏得很）

现在这个露西亚不记得旧灰鸦那次行动的事，也并不知道阿尔法的存在。刚开始寻找队伍的她只是一味地迷茫（社恐），直到遇见了指挥官……
虽然旧灰鸦全军覆没，但灰鸦这个番号依然作为精英小队保留，编入灰鸦的露西亚和指挥官在这里遇见了同样调过来的里和丽芙，于是这便组成了我们熟悉的灰鸦小队
到这里就可以知道，主线剧情序章中遭遇白毛是怎么回事了（随后便开启了主线剧情）
在露西亚认识指挥官的时间里，指挥官教会了露西亚很多东西，是指挥官的出现露西亚的生命开始变得有意义，露西亚也就此树立了成为指挥官的刀刃的信念
正如露西亚所说：“我是因你而诞生的露西亚，正因为那天握住了你的手……我才真正降生于这个世界之上，开始接触这个世界的一切”
这就是首席的实力！

随后便是主线剧情的推进（别告我你没看过主线）
直到第12章九龙环城战役中，露西亚第一次见到成为升格者的露娜，也第一次点明了阿尔法就是另一个自己的事实
露娜面对另一个姐姐，本想将露西亚也变为升格者，但灰鸦顽强抵抗，露西亚最后也被阿尔法打败（倒在了指挥官的怀里），红莲机体报废
红莲被白毛打废，但好在露西亚的意识被传回空中花园，露西亚想要重回战场就只能换上鸦羽机体，但鸦羽还在调试阶段，并且是由阿尔法同源数据构造，因此导致露西亚有丢失记忆（在灰鸦小队的宝贵记忆）的风险
露西亚毅然决然决定换上鸦羽机体，重回战场拯救指挥官，冰露就此诞生

冰露来到观星台上，救下被曲大人按在地上磨擦的指挥官，随后是特别精彩的冰露在观星台上单挑曲的关卡
最后鸦羽打败曲，但记忆丢失率也达到100％
结束后露西亚趁着记忆还未丢失前，和指挥官坐在废墟上，聊着以后的露西亚会变成什么样……

露西亚在灰鸦的点点滴滴记忆后来通过记忆数据装载还原到了鸦羽的记忆中，但就像阿西莫夫所说：“这个机体并没有经过最终的调整，就算之后重新读取这些数据，在你看来都会是另一个人的事情”
某种意义上来说，红莲的人格就此消失了，但露西亚没有因此改变成为指挥官刀刃，为人类而战的信仰
如果说过去的露西亚只是作为战斗兵器，那么现在的露西亚则更像是一个开朗的女孩——露西亚的性格因此发生改变
即使过去的记忆对鸦羽来说是陌生的，但她通过和灰鸦的相处，鸦羽也渐渐理解了记忆中的情感，因此，从某种意义上来讲，鸦羽并没有丢失任何记忆（旧灰鸦除外），有所改变的只是露西亚的性格
鸦羽因为有了宝贵的值得守护的东西，战斗力也渐渐觉醒

其实露西亚早就察觉到，自己的记忆存在断层，她依稀记得在遇见指挥官前自己曾是旧灰鸦小队的成员，但不记得最后旧灰鸦结局如何，这段未知的记忆（被雷文治背叛的记忆）在她成为鸦羽后也依然困扰着她
哈桑议长很清楚这是尼科拉当初为了防止露西亚再像阿尔法一样重蹈覆辙，故意封存了那段记忆；但是哈桑也知道，再这样隐瞒下去只会使鸦羽越来越怀疑，是时候告诉她了
伊甸坠落的危机解除后，哈桑告诉了指挥官关于露西亚记忆封存的详情，并把恢复露西亚记忆的权限给了指挥官
哈桑之前不告诉指挥官这些就是怕露西亚和指挥官以及灰鸦小队的羁绊不够深，露西亚得知后依然会看透人类本质选择叛变；而现在经历了这么多，哈桑选择相信灰鸦小队之间的信任和露西亚对人类的忠诚
此时的指挥官只需找到一个合适的时机把恢复记忆的权限交给露西亚就行了

主线剧情第13章中，灰鸦一伙人追踪着华胥的信号来到一座城市废墟下的巨大空洞，这里就是升格者的老巢
而此时老巢里的升格者也起了内讧，加百列看到露娜自从接触了阿尔法和露西亚后，开始有了对姐姐们的感情，这种感情使露娜无法专注于升格网络，并且已经使露娜的力量减弱。这对于追求纯粹升格网络力量的加百列来说无法忍受，于是加百列认为露娜不再有资格做代行者，一个偷袭，将露娜融入了超级异合生物——聚噬体，以露娜的强大力量作为聚噬体的养分。
灰鸦小队追踪华胥的信号来到地下空洞的核心区，在这里遇见了阿尔法，不料遭到暗算，冰露以外其他人都被华胥控制
冰露和白毛二话不说就开始单挑，同时华胥对指挥官的思维污染让指挥官差点当场去世，好在华胥良心发现，给了指挥官对抗白毛的方法
指挥官按华胥的指示，利用冰露和白毛的同源意识海入侵了白毛的意识海，同时给了露西亚访问深层意识海的权限（找回记忆的权限）使白毛和冰露暂时被困在意识海深层，以此为里和丽芙制造挣脱的时间，同时冰露在意识海的深层也要对抗来自白毛的精神污染并找回丢失的记忆

露西亚在意识海的深层看到了阿尔法被背叛的过去，也就是自己被封存的记忆。冰露在意识海中被白毛一通洗脑，但她直面过去，没有动摇，反而在意识海中重创了白毛
露西亚回到现实，里和丽芙已经挣脱控制，正在和不知道什么时候来的罗兰交战。不出意外，露西亚没有因为获得记忆而选择背叛
这段记忆的恢复仿佛只是排解了露西亚心中的疑惑和迷茫，此时的露西亚无比坚定——她依旧是指挥官的羽翼
而罗兰为了借灰鸦之手消灭聚噬体拦住了阿尔法，把华胥的密钥给了灰鸦并放走了他们
白毛：小丑竟是我自己

来到聚噬体脚下，灰鸦见到了加百列，从加百列的自吹自擂中灰鸦得知了露娜正在渐渐被聚噬体吸取力量。无暇顾及加百列，将聚噬体扼杀在摇篮中才是当务之急。但即使冰露对聚噬体的异聚核心使出全力一击，异聚核心也能用肉眼可见的速度修复
众人意识到，由于聚噬体吸收的露娜的能量过于强大，使得聚噬体能够无休止的自我修复。只有让这个作为核心的升格者失去作用，才有可能彻底杀死聚噬体，也就是说——杀死露娜
在露西亚深入意识海寻找记忆时，同样找回了对妹妹的情感。露西亚不想再次丢下妹妹；不想再让那个曾经害怕孤独，依靠姐姐的妹妹再次被抛弃；这一次，露西亚想要去握住露娜的手，她想去救出自己的妹妹
露西亚是构造体，是人类夺回地球的刀刃，而升格者是她的敌人。如果她选择救出露娜，就等于对敌人伸出援手。但看着身边支持自己的队友和指挥官，露西亚决定迈出这一步，兑现曾经答应过妹妹一直在她身边的承诺