过了序章，第一章第1节就得到更多信息了……御剑机关的次元境界潜航舰富岳。
高天原的TA、TB、TC露脸，TB在开船……
这些家伙正在无时无刻地监控着上了贼船的主角的“观测能力”。

第二章主角阵到了【BE】的世界，第1节见到黑铁直人与沙耶，自报家门时不出所料地遭到敌视。但破城舰长的“分身”——大眼机器人“拉贝”解释说“此御剑非彼御剑”。兄妹就此相信并放过我们一马……

第二章第2节中【XB】众角色意外登场。至此，BBDW、XB、BE三方的御剑机关相关者齐聚一堂，看看接下来能擦出什么火花。
冥被御剑机关委托除虫，看听闻主角阵也是御剑机关派来的表示奇怪。大眼球“拉贝”只好再重复一遍“此御剑非彼御剑”，但她对天之矛坂和Es的名字还是很惊讶的。

第二章剧情发展很快，迅速就进入正题了。首先从第5节“机关”这一标题就得知会正面得到不少有关本作御剑机关的信息。实际流程确实是惊喜不断，各角色接连登场。

在这之前，我们在第4节结尾会遇到一位老朋友，同时他也是本章初期的一个谜“影”。
此时众人还不知道他叫什么……但他直接感知出了主角是观测者。（并且他学会了新的颜艺）

第二章第5节，被打败的“影”被一群黑衣人保护了起来，“影”趁机溜走了。（稍后得知是这个PhantomFiled的御剑机关收容了泥泥要搞事情）
此时BE的年轻狼人袭来……当然同行的还有雷利乌斯。二人如BE小说中一样受雇于御剑机关，但这次的任务不是追杀不死者，而是抓捕黑铁直人！
雷利乌斯一登场，一副看破一切的姿态：面对ES直呼Embryo Storage，面对“塞露”直呼素体，面对主角直接点出观测的Drive能力……
而接下来同样在第5节内又有更为重大的事件一件接一件发生……

同样是第二章第5节，正与许久未见的人偶师、狼人二人组聊得开心，御剑机关的绯镜Kiiro堂堂登场！绯镜告诫狼人不要伤了她的直人，捕获任务不能杀人！不愧是绯镜，人如其名キイロ，人黄，发色也黄，整天缠着黑铁直人搞黄色。（如BE小说一样，绯镜不停对直人施以诱惑，又是要舔伤口消毒，又是要直人来触摸确认她的三围）妹妹沙耶不禁一阵醋意。
值得注意的是，这里包括直人在内的我方阵营是处于初次见绯镜的状态。

依旧是第二章第5节，在绯镜自报家门时，主角团不出所料地吃了一惊。
而当绯镜看到大眼球“拉贝”时也略感惊讶，自立思考型装置本是这个世界的御剑机关已经冻结的项目，那么眼前这个球所属谁呢？
拉贝表示你竟然还知道我，那我就不得不告诉你咱俩可不是一个世界的。
绯镜听完毫不在意，只说要是妨碍我就干掉你。

继续第二章第5节御剑机关的正面交锋，同时绯镜告诉众人之前的“影”被称作阿拉酷泥。
拉贝提出：御剑机关的理念是为了人本该存在的世界悠久安宁，阿拉酷泥的存在违背了理念。
交谈中绯镜说：你还真挺像御剑机关的人呢。对于御剑机关，像阿拉酷泥这种确实是歼灭对象，但是现在不行，我们要利用它、管理它、解体它。要知道，不论什么怪物只要能管理起来就不成威胁。不光是阿拉酷泥，其他也是……比如，吸血鬼。我很担心直人哦，因为你似乎不知道与御剑机关为敌意味着什么。
说完，他们就撤了……然而第5节仍将继续。

补充楼上一段雷利乌斯和狼人的对话。阿拉酷泥实际是在绯镜的监视下行动的，目的是为了引出某个Drive能力者，至于这个和捕获黑铁直人是否有关系就不好说了。我们可以猜测，莫非是冲着主角来的？

第二章第5节进入尾声，我方开始总结归纳起来。同时贝拉揭露了一个重大事实。
拉贝：那个绯镜的战斗力比雷利乌斯和狼人还要强的多，我们所有人加一起都不是她的对手。之前听冥说这个世界也有御剑机关就应该想到，绯镜她知道我们的存在！
冥：都是御剑机关，知道也是理所当然的吧。
ES：请等一下，您方才说这个世界“也”？
拉贝此时透了实情：我们是别的世界的御剑机关，是为了拯救这个世界而来的。
直人：即“此御剑非彼御剑”喽？
拉贝：重申一次，在不同于这个世界，我们的御剑机关在各个事象世界中发现了某种异常现象。若任由这种异常现象加深，最终会使这个世界的一切可能性连同世界本是一并毁灭。
“我们的世界就是这么毁灭的。”
之前提到的观测者就与此异常相关。若是纠正了各个世界的异常，则我们原本的世界也能得救。这就是我们浸入这个世界的原因。

第二章第5节结尾，就在众人准备各回各家之时，忽然发生了事项干涉。
主角身边的所有人都消失不见了……
而袭来的黑影是……
（即将迎来本节最大高潮）

第二章第5节结尾，主角击败蕾切尔后身边又恢复了正常。
然而这时发现除了主角以外，直人也看到了这位身材矮小的少女的身影……
最后，拉贝再次强调：潜艇富岳上破城镜所在的世界已经被消灭了，详情请问破城本人吧。
（第二章第5节完）