南京故宫，又称明故宫、南京紫禁城，是明朝首都应天府（南京）的皇宫。建造前后历时二十余年，占地面积超过101.25万平方米，是中世纪世界上最大的宫殿建筑群，被称为“世界第一宫殿”。南京故宫作为中国古代都城宫殿建筑的集大成者，其建筑形制为北京故宫所继承，为明官式建筑的母本，是北京故宫的蓝本。
南京故宫始建于元至正廿六年（1366年），明洪武廿五年（1392年）基本完工，其址选于元集庆城外东北处，迁三山填燕雀湖而建。明故宫为明初三朝皇宫，长达54年之久。直到明永乐十九年（1421年），明成祖朱棣迁都北京，南京设立南直隶，仍由皇族和重臣驻守，地位十分重要。

南京故宫坐北向南，大体范围东至今中山门，西至西安门，北至后宰门，南至瑞金路，有门四座，南为午门，东为东华门，西为西华门，北为玄武门。入午门为奉天门，内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。后为华盖殿，谨身殿。内廷有乾清宫和坤宁宫，以及东西六宫。[3][4]现部分遗址位于今中山东路南北两侧，已列为全国重点文物保护单位。

明朝洪武元年（1368年），朱元璋即位称帝，以应天府为南京，开封为北京，并于次年在凤阳兴建中都城。 由于人力物力全被集中于中都城池和宫殿的兴建，因此南京宫殿的扩建工作再度终止。 此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修。[6]
明朝洪武八年（1375年）朱元璋放弃营建中都的计划，集中力量修建南京。 此次修建，增设午门左右两阙，在奉天门左右增加东西角门，并增建文华殿，武英殿等建筑。

明朝洪武二十五年（1392年），再次增建，在皇城外增设宫墙，以新墙之内为皇城，原皇城改称宫城。 在宫城前建造了端门，承天门，金水桥，形成"T"字型广场，向南直抵洪武门（1373年建造）。广场东侧为五部（刑部在皇城之北的太平门外），西侧为五军都督府。[6]
南京故宫修建时注意了风水的问题，以紫金山的富贵山为靠山，但是由于选址的局限，内廷部分是在被填平的燕雀湖上建造的，虽然采用了打入木桩，巨石铺底，以及石灰三合土打夯等方法加固地基，但日久之后仍然出现地基下沉的问题，宫内容易形成内涝，排水不易。同时宫城离外城过近，战时不易防卫。

明朝建文四年（1402年），经四年战争，燕王朱棣攻破京师，结果“都城陷，宫中火起”，烧毁了奉天殿等宫殿，战乱中建文帝下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。

明朝建文四年（1402年），朱棣在南京即皇帝位，仍居于南京故宫中，但同时下令以北平（今北京）为行在，准备迁都。
明朝永乐四年(1406年)，朱棣正式下令在北京元大内宫殿遗址上营建北京宫殿，据《明太宗实录》记载：“（北京故宫）凡庙社、郊祀、坛场、宫殿、门阙，规制悉如南京明故宫 ，而高敞壮丽过之。”
明朝永乐十八年（1420年），北京故宫基本竣工，九月初四，成祖定都北京，并遣户部尚书夏原吉往召皇太子及太孙，限期十二月底到北京。二十二日，又下诏：自下一年正月，改京师为南京，北京为京师，设六部，云行在之称。并取南京各印信给京师诸衙门，另铸南京诸衙门印信，全加“南京”二字。十一月初四，以迁都北京诏告天下。

明朝永乐十九年（1421年）正月初一正式迁都北京，十一日大祀南效，十五日赦。此后南京故宫不再作为皇宫使用，但仍作为留都宫殿，委派皇族和内臣管理。
明朝洪熙元年（1425年），朱棣长子、明仁宗朱高炽继位后欲迁都回南京。《明史·仁宗》就载：朱高炽“洪熙元年三月戊戌，将迁都南京，诏北京诸司悉称行在……四月壬子，命皇太子（即朱瞻基）谒孝陵，遂居守南京。”南京再次成为明朝名义上的京师。朱高炽还下令重新修葺南京皇城，可是到了5月份以后，却因突发疾病而死。其遗诏道：“南北供亿之劳，军民俱困。四方仰咸南京，斯也吾之素心。”从中可见其所念念不忘的迁都南京之情。但这时候南京的皇宫整修工程仍在进行，至次年底才基本完成。此后数百年间，南京故宫鲜有修葺，风吹雨打，自然损坏严重。

明朝正统十四年（1449年），夏六月天降雷雨，谨身、华盖等殿被雷电击中起火。
明朝成化二十一年（1485年），五月，“南京大风拔太庙树，摧大祀殿及皇城各门兽吻”。
明朝嘉靖元年（1522年），“秋七月，暴风雨，江溢，郊社陵寝宫阙城垣皆坏”。
明朝万历二十八年（1600年），传教士利玛窦在访问北京之后，将北京和南京作了一番比较：此一城市之规模，其房舍之布置计划，其公共建筑物之结构，以及其防御工事等，均远逊于南京。南京明故宫及城市规模可以想见。

清军入关灭南明后，改南京为江宁，为两江总督署所在，将明故宫改为八旗驻防城，设置将军及都统二衙门于明故宫中，还从太平门至通济门加筑城墙予以隔离，使明故宫建筑遭到很大破坏。
清朝康熙二十三年（1684年），玄烨首次南巡，到达江宁，见到残破不堪的“明时故宫”大为感慨，作《过金陵论》一文写道：“道出故宫，荆榛满目，昔者凤阙之巍峨，今则颓垣残壁矣！……顷过其城市，闾阎巷陌未改旧观，而宫阙无一存者，睹此兴怀，能不有吴宫花草、晋代衣冠之叹耶！”可见此时的明故宫已经相当荒凉。