一章
罗萨和【方舟】的管理人偶的神装机龙Guivre对战，机龙的神装【千里眼】是可以二选一预判对方的想法，管理人偶通过自己的计算能力和短时间大量的假设预判来形成对罗萨行动的战术预测。索菲丝则和【月】的管理人偶的神装机龙Gargouille开战。这时所有管理人偶和现代人们的记忆已经被她们保存在大圣域的基础记忆覆盖掉了，基本只剩下要对自己的制造者【起始皇女】的忠诚，和要保护她的大圣域的想法。
库露露收到了刚刚醒来的塞丽丝的龙声通信让她去找路克斯。塞丽丝这时已经察觉到异常，并让库露露去和路克斯回合，和真正的对手战斗。库露露开始回想起轮回期间和路克斯约会的片段，【洗礼】的身体获得契机之后，开始削弱大圣域记忆改变的效果。
爱莉和诺克特逃跑的路上，诺克特虽然并没法想起轮回的事实，但是表示自己一样要保护喜欢的人的妹妹，由于长期和爱莉处在同一视角看着路克斯，她也渐渐产生了感情。这样三和音都表达对他的好感了。
索菲丝回想起和路克斯的对话，通过调律提前输入延迟性攻击指令，打中了一直没法命中的Gargouille，其神装的效果是让对手在短短一段时间失去意识从而错失攻防时机。虽然最终击破了【月】的人偶，但是也失去了一位长期陪伴的妹妹。
【方舟】的人偶将特殊武装混入罗萨的巨大化机龙的内部进行攻击，破坏了她的最强战术，罗萨回想起和路克斯的对话，抵抗了人偶的精神攻击进入了无心的状态，凭借纯粹的战术经验进行舍身反击。
虽然两个自动人偶都被击败，不过两位七龙也同时退出战线。
二章
莉夏的【洗礼】效果是日常生活能够积蓄能量，以供战斗时按需要消耗，解决了她的【天声】对体力消耗过大的缺陷，大大延长了超越装甲和神装的使用时间和强度。而且她坚决要保护女王和新王国的意志胜过了路克斯想要瞒着她解决一切的意志。路克斯也无法发动自己洗礼的力量，使用【暴食】的加速时却受到【天声】对重力场的干扰，没法正确命中莉夏。结果被莉夏击坠，幸好最后被库露露救走。

三章
路克斯没法正常发动洗礼的新能力陷入短暂的昏迷。醒来时发现罗萨在用自己的身体给他取暖，然后被妹妹抓包。四名七龙（现在来说七龙里罗萨的好感应该是最高的，索菲丝应该完全没有那种想法，梅尔有一点但估计和三和音差不多或者更弱），三和音，库露露，塞丽丝，菲尔菲，爱莉，艾莉尔，阿露玛（莉夏的妹妹）和路克斯此时聚集在地下的【宿】——大圣域的组成部分之一，进行短暂的休养和情报交换。
洗礼过的人经过和路克斯的战斗都渐渐回想起世界的异常。三和音和七龙骑圣则是被说服的。和四大贵族的交战也中止，各普通机龙使都注意到无差别攻击捕食的圣蚀的存在，选择了低调行动。【宿】的治疗装置交给路克斯恢复体力和治疗，为了防止莉夏和自动人偶攻击这个【宿】，提议目前损伤最少的库露露、梅尔、格莱法外出迎击。
这时自动人偶已经夺回了苍穹师团保存的遗迹宝玉，弗基尔为了将宝玉拿去【箱庭】重启大圣域的RESET功能，离开了这个战场。由于最终启动大圣域依然要回到这里的中枢，路克斯必须在弗基尔回来之前解决这里的战斗。
女王作为人类只余下对莉夏的思念，剩下只有如何效率地结束战斗的想法，由于已经有五个人偶被破坏，而总管的艾沙利亚人偶并不会参与战斗只是观测者，女王决定自己也准备出战。这时的她的自我已经基本被圣蚀夺走，但是依然想着怎样减轻莉夏的负担。

四章
莉夏发现了【宿】所在地并在外面进行最后通牒。库露露一行正式迎击。库露露表示圣蚀毁灭世界已经迫在眉睫，却无法说服莉夏。在【宿】观察外部战局的伤员们，只有菲尔菲觉得莉夏可能意识深处已经察觉到了真相但是却没让自己接受。
【迷宫】的人偶驾驶ケツアコアトル，能够召唤过百的普通武器，和格莱法进行交战。
【坑道】的人偶驾驶沙罗曼蛇，神装【天地创造】是大范围控制火焰的能力，拥有能发火燃烧的枪和隔热装甲。梅尔主动选择做她的对手，使用神装尽可能给周围降温。但是她的大范围爆炸地雷没法随便在【宿】上方使用。
而且格莱法和梅尔都遇到无法准确命中对手，但并不是索菲丝那种短时间失去意识的谜题，渐渐也由于战场变成火海而缺氧，体力无法跟上。他们意识到陷入两个人偶隐蔽的合体技后，梅尔对【迷宫】人偶突然发动攻击，尽管打歪了，同时格莱法却以并非对着要害的攻击击中了机龙的背翼驱动装置，再顺势击落了ケツアコアトル。原来神装【引导者】的效果是让对手驾驶机龙的精神与肉体控制产生错位，从而在关键攻击和防御时失准。这个神装不是范围被动型而是主动发动型的，于是并不能应对多人的连携攻击。梅尔由于对别的对手进攻而露出破绽，格莱法则发动神装的绝对防御挡在了梅尔前面，并在这个状态下攻击梅尔埋下在雪地的地雷，只让【坑道】的人偶硬吃了地雷的伤害，结束了战斗。【坑道】人偶在最后回想起一丝与库露露的记忆，希望她能平安无事。
（注：这里对雪地和火海的分布描写有点乱）
而为了对付库露露的预测和精密射击，莉夏发动了让周围的重力产生随机不均匀分布的场，干扰库露露的正常飞行，并用空挺要塞进行包围攻击。中破后库露露发动完全结合，利用自己【洗礼】后提升与机龙一体化的效率的能力，尽量试图击败莉夏。
另一边菲尔菲探望陷入死胡同的路克斯，指出他目前有还不愿意承认的心意才阻碍了【洗礼】能力的发动。
库露露一边交战一边继续让莉夏认清真相，莉夏也开始感觉到心中有另一个自己在说现在自己看见的是假象。最后莉夏发动重力球攻击【宿】的所在地，库露露打算用机龙挡住，在被击中前一刻被巴哈姆特的【暴食】救出。而后半加速的重力球攻击的只是人员已经撤走的【宿】空城。
这时莉夏已经正确认识到路克斯的存在，但依然认为自己必须守护女王和新王国。路克斯摆脱迷惘后，发动的【洗礼】能力是加强思考速度和集中力，从而实现能对调律、神装、三大奥义的多重并用，这时的他甚至能在短时间内将重力降低，直接穿过重力球将莉夏撞落地面。在紧贴的状态下，莉夏发动【天声】进行同归于尽的攻击，路克斯表示自己想骗过莉夏解决一切的手段是错的，说自己能战斗至今不能离开她的存在，愿意接下来在一切的苦难中支持她，并用自己的机龙障壁保护莉夏，同时向她表白。
听见表白后的莉夏终于解开了认识控制，愿意去阻止女王的失控。
两人回到被破坏的【宿】附近和其他人会合，由于库露露、塞丽丝、菲尔菲已经回想起和路克斯相互表白心意的记忆，看见刚才的战斗后气氛一度非常尴尬。不过时间紧迫也没法现在讨论这方面的胜负。众人打算先再次进入大圣域中枢，由有所恢复的路克斯、莉夏、塞丽丝、菲尔菲、艾莉尔出击，其他人留守保护战斗力不强的人。
夜架和七龙队长则已经回到了这个森林的外围。
而战场上重新出现由圣蚀释放的幻神兽，其中还有能伪装成人形，假装成女王和弗基尔的个体。女王伪造出自己被弗基尔所杀的情景，趁机发动精神污染，只有菲尔菲靠洗礼后吸收了幻神兽的身体封锁部分五感，抵抗住了污染，用机龙咆哮在千钧一发之际解开了路克斯的污染让他逃过被圣蚀杀害的危机。艾莉尔用神装让圣蚀忘记了路克斯的神装，自己的四肢遭到了世界树的贯穿而退场。塞丽丝和菲尔菲在交战中先后被击落。路克斯同时使用暴食和永久连环切出了圣蚀的核心，却被圣蚀通过触感实行了精神污染，打断了连击并受到重创。莉夏一边用重力场试图压制圣蚀，一边和她对话，得知女王是不想打算将来交给莉夏的新王国被夺走而去寻求圣蚀的力量。
在莉夏中途切换为减轻重力的协助下，夜架驾驶夜刀神到达高空和圣蚀交战，然而莉夏和夜架依然不敌圣蚀。就在圣蚀以为已经取得胜利时，由夜架的禁咒符号事前协助重伤的路克斯启动限界突破，路克斯再将暴食直接使用在巴哈姆特的性能强化上（以往一般是对时间进行加速减速，这次是对机龙性能进行短时削弱，再在强化的时候发动攻击）。之前的一波攻击造成的伤害，尽管在圣蚀的再生和自我强化下回复了，但路克斯依然靠洗礼过的身体顶住巨大的负担，用全力的一击直接击碎了圣蚀的核心。
尽管圣蚀的完全体能力上堪称最强，不过各种能力的使用还是要消耗能源的，这段时间由于暂时没法吞噬人类中断了补给，于是在骑士团的苦战下消耗了相当大的能量，给路克斯带来最后的胜机。
战斗过后所有人暂时都没有启动机龙的体力。失去圣蚀力量的女王变回了普通的人类，在得知莉夏平安无事，依然愿意认她是母亲后，将新王国托付给莉夏后化成灰烬。
终章
队长协助提供援助物资安顿森林附近的机龙使，路克斯一行进行最后的休息后准备进入大圣域中枢去停止圣蚀及寻找衔尾蛇的弱点，准备几个小时后和弗基尔的最终决战。

另外总的来说作者对神装的设计还是很有主次的，主角组的和主要对手的还是比较容易扩展使用方法的能力（好口胡），管理人偶这批应该是使用自由度最低的了，基本就是只能这样用……看起来也比较普通（虽然剧情上也是挺难对付的）。

其实总的来说明月不是擅长写感情戏的，这个问题我几乎每隔一卷就会说一次，现在才提出都已经是老话题了。
他擅长写的是博弈，换在这个故事就是战斗的战术使用。虽然最好看的依然是不重复的对手的写法，对战过很多次的（包括圣蚀这个特别麻烦的）基本也只能靠新技能变化来调节了。