《胭脂》其实是很不错的作品，很多人觉得作为谍战片水平不足、逻辑不通，但其实剧情逻辑并没有太大问题，前半部分尤其出色，甚至可以说是非常难得的优秀作品。初期的胭脂就是个大小姐，虽然聪明但没有经过专业特工训练，这种“稚嫩”与“特工”的结合，题材上很新颖，表演上非常出彩，加以剧情紧凑环环相接，一口气看下来相当过瘾。中期剧情开始走缓，没有那样惊艳了，但总体而言逻辑硬伤并不多。
而且编剧对此是比较自负的，剧里极少直接给出解释，而是让观众自己品味其精妙。比如第4集周宇浩刺杀任务那段三方势力的谍中谍，虽然一笔带过但其实很烧脑，剧情逻辑相当过硬。又比如鸡蛋密码的一波三折，看似有漏洞但仔细想过又非常到位。这里真正有问题的反而不是逻辑设计，而是思想立场。编剧设定里的国民党高层对手下随随便便就能乱牺牲，完全当成棋子（事实上任何组织都不可能这样管理的），编剧是在批判这种行为，但反而显得空洞，因为即使历史上腐败无能且内斗严重的国民党都没有这样荒唐。
剧里女二因为家仇而成为汉奸，这个设定没有问题，但立场有问题。编剧过多渲染其“苦衷”，使得不少民族主义观念没那么强的观众产生了动摇，弹幕和评论里不少人批评女主行为不对，可见这种立场混乱带来的问题之严重。
此外一个观感问题就是“敌人太强、队友太弱”，作为抗战剧，这是很罕见的（尽管也许反而符合实际），青木课长甚至可以说是剧里塑造最好的角色，剧里他对冯曼娜更像是真心栽培，是恨铁不成钢，而不是利用，这种观感会给人很强的立场混乱感。
作品里对于中共的部分，反而像是刻意的脸谱化。剧里对胭脂入党的处理就是看几本书、念个宣誓就告完事，显得太过敷衍，就像是为了过审强行加入一样。另外可以诟病的是一些剧情处理夸张比较严重。比如对于蓝胭脂的天才，一开始的记花瓣和最后的记名单都过于失真，又比如最后仅2人就攻入日军总部轻易得手情报也显得过于“神剧”（其实完全可以改成调动一队地下党协同发起进攻），等等。当然，这可以理解为艺术的夸张，问题不大，或者说是通病。又比如蓝长明自杀，很大程度是怕牵连女儿、以死明志，毕竟他的行为在事实上就是汉奸罪，抗战初期没有内撤，之后与日伪合作发行钞票，就算女儿是卧底，他的行为也很难洗清。这在逻辑上没有问题。而且在仙道（或者外人）看来，他的行为反而很像是被军统或冯曼娜陷害而不得不“反正”，地下金库问题始终没查清，钞票又多了反日标语，就算不是他做的他也担不起责任只能畏罪叛逃，所以仙道对胭脂说蓝父之死是冯曼娜公报私仇，是非常符合剧情逻辑的。但像最后安排男主不惜一切代价孤身营救女二，就明显在剧情上存在问题了，而不只是细节处理上的瑕疵。
至于很多人质疑女主衣服太鲜艳、太现代，反而是没有道理的，从民国老照片看剧里那些打扮确实都早就有了，老照片是黑白照片不代表民国的色彩就是灰色的，民国流行旗袍也不等于女主就一定要穿旗袍。真正的“穿越”是诸如剧里一些道具书出现简体字、电子器件明显用晶体管（当时还没发明，应该用电子管）、自行车太现代了等等，不过这些原本大多数人也就不会太在意。
本剧赵丽颖前期造型极美、剧情也精彩，虽然人设不大讨喜，但可以说是她角色的巅峰颜值之一。后期短发不大好看，而且结尾剧情上没有收好，也算是遗憾吧。