在瑛莉看来，为了“身体”而产生的恋爱是纯度最低的一种，也是她个人最鄙夷的一种，可偏偏，她的“观测对象”就是因为身体而爱上了一个人。

对康司来说，对羽川原最初的感觉可能仅仅是好奇，然而那个意外的吻留下的记忆让康司太过于回味，让康司如同着了魔一般一有机会就把持不住自己想去吻羽川原嘴唇的心情。两人之间毫不意外地发展成了肉体先行，情感后跟进的关系。当然，《ひこうき雲の向こう側》作为一部纯爱游戏，并没有把羽川原线写成了“炮友转正”式的故事，而是让肉体和心灵的接触同步进行，非常微妙地让两人直到最后心灵契合、正式确定关系后才突破最终防线。
这条线的总体结构其实有一些零散。美奈和绫曾经参加的羽毛球部部长杏是一个喜欢拉着小团体欺负别人的家伙，她和羽川原是同班同学，并且一直看她不爽。杏因为自己暗恋的男生向绫告白，所以嫉妒心大发，开始在学校里暗地欺凌绫。这件事被羽川原发现，连同康司一起出面制止，事情告一段落，但杏对羽川原更加怀恨在心。
另一方面，康司因为对羽川原完全不了解，所以看到她手腕上有伤就误以为她有轻生倾向，所以对着她说了一堆“要努力活下去”之类的热血嘴炮，后来才得知那不过是她小时候发生事故后留下的伤，她整天带着眼罩也是因为眼睛在那时出了问题。此后，康司一方面渐渐觉得羽川原其实也只是普通的女孩子而已，另一方面对她依旧所知甚少，尤其是当他偶然间看见疑似羽川原弟弟的照片她却闭口不提时。

实际羽川原是著名舞蹈世家当主的私生女，但家业只传男不传女，所以她从小被母亲伪装成男孩子养大，那张照片就是她小时候的照片。由于家里房子大、人多，互相之间关系也冷漠，她的真实性别直到出事故送医院时才被暴露出来。此后，她和母亲在大宅里没了容身之处，就搬了出来，可母亲对此抱有怨恨，母女关系并不融洽，她甚至会用烟头烫她的身体，所以羽川原总是尽量拖延在学校里的时间。
羽川原加入全是幽灵部员的天文社本来是为了获得属于她自己的安宁片刻，直到看中了这个活动室的瑛莉强行入侵。瑛莉八面玲珑地说服了天文社的所有成员离开，唯独劝不动羽川原，久而久之羽川原就这么留了下来，陪着瑛莉闹腾其实也让她觉得很有趣。尽管羽川原并不擅长交友，但她喜欢瑛莉，对瑛莉来说，她也是除了润以外唯一知道自己本性的人。可这段友谊还是因为康司出现了裂痕。

随着康司和羽川原越来越亲近，两人之间的事情自然瞒不过瑛莉的眼睛。对瑛莉来说，这是一种巨大的背叛，康司不仅放弃了美奈爱上了羽川原，而且还是“由身体开始的恋爱”，于是她与羽川原和康司的关系都陷入了紧张。以往一直忌惮瑛莉而不敢对羽川原下手的杏，自以为此时是好机会，即使欺负羽川原瑛莉也不会替她出头，于是开始了同一条线路里的第二轮校园欺凌事件。当然故事的结局是事件被解决，瑛莉巧妙地让杏被孤立，与羽川原和康司和好。
跑完瑛莉线再来跑羽川原线的话，心理会有一定落差，毕竟这种东一榔头西一棒子的展开方式实在是有些混乱。さかき傘在这条线的处理上其实是很努力想写出新意的，不同于一般GAL个人线常见的八点档被家暴凄惨少女恩怨录式描述，这条线路对于羽川原家庭情况其实展开得不深，没有过度放大悲剧性然后大肆煽情，这样反而显得很真实很生活化。羽川原只要淡淡一句“杏同学跟我的母亲很像，她们都仅仅是只有在伤害别人时才能感觉到安心的类型”，就省掉了许多常见的烂俗戏码。

航迹云的彼端——美奈线
最初有很大一部分玩家对《ひこうき雲の向こう側》的“妹game”属性抱有期待，美奈这个角色的确也是很典型的妹系，会软绵绵地叫欧尼酱，性格天真单纯，爱撒娇会有小任性但很懂分寸，没那么干练优秀却可以大幅激起人的保护欲。所以，只要你对血缘关系没有太强烈的执着，这条线基本还是可以满足天下妹控的。
尽管这条线路看起来要起家庭纠纷，但剧情并没有主打伦理牌，本来嘛，“兄妹”这个“障碍”从头到尾都只是康司眼前一面无形的墙罢了。
在一般人看来，能和心上人同居在一起天天朝夕相处明显是个巨大的福利，可对康司来说，想出手又不能出手，就是个折磨。不过，在日本连表兄妹都能通婚，而没血缘关系的继兄妹谈恋爱在天朝都不算个事，怎么在游戏里就成为大难题了呢？我于是专门去查了一下《日本民法典》，发现第七百三十四条：（近亲结婚的限制）中有写到“直系血亲或三亲等内的旁系血亲不得结婚。但是，养子女与养方的旁系血亲间，不在此限。”
所以，这种类型的兄妹关系好像真不是什么大不了的事。这条线最后也表明了，所谓世俗伦理，并不是康司和美奈关系无法突破的真正原因。

故事继续回到一开始，明明当年那场没说出口的告白也并没怎么样，但康司就是觉得自己心很累感觉不会再爱了，多年来一直在美奈面前努力维持一个完美哥哥的形象。瑛莉带着康司到天文学社那天，正是康司的朋友哲弥打算向美奈告白的日子，瑛莉将藏在那里的摄像头所拍摄的画面直播给康司看，让他选择是否要搞破坏，阻止这场告白。
虽然不想伤害朋友，可康司最后还是同意了瑛莉的建议，瑛莉于是打电话给美奈，打断了这场告白。但哲弥并没有因此放弃，他告诉康司自己要为了美奈而努力，即将代表校队出战足球赛的自己，要成为首发球员并赢得比赛，然后向美奈告白。康司一边不想破坏自己和哲弥的友谊，一边又不希望哲弥和美奈在一起，可眼看着美奈和哲弥越走越近，美奈甚至为了给哲弥在比赛当天带便当而向自己请教起了如何做料理，康司心中不由得五味陈杂。

比赛当天，哲弥的确创造了奇迹。赛后，瑛莉主动提及哲弥喜欢美奈的事情，直接促成了告白被快进，她带着哲弥和美奈去角落里沟通一番后，带着“美奈已经同意和康司交往”的结论回来，扔在了康司脸上。
之后，美奈每天都会给哲弥准备便当，两人中午一起去天台吃饭，就和每一对在交往的普通情侣一样。康司的心情则越来越复杂，他开始讨厌美奈对他的一切亲昵和撒娇行为，甚至对美奈发了脾气。这时候，是里沙开导了他。里沙一阵见血地指出了事情的症结所在，“所谓恋爱，就是要做好被伤害的觉悟”，而她当时也是做好了这样的觉悟才向他告白。反观康司，这么多年来，之所以一直原地踏步，不过是因为他没有勇气面对“结束”。终结其实也是另一个开始，不接受“结束”也就无法迎来“开始”。明明没有血缘关系，却无法向变成妹妹的美奈传达自己的心意，并且简单粗暴地以断定自己的时间被停止在了失恋之前的那一刻，并不是因为有客观困难，而是康司自己的主观问题。

经过开导的康司感到豁然开朗，意识到在急着“躲雨”之前，还有应该要做的事情。
康司回到学校质问瑛莉，其结果和他想象的一样——美奈和哲弥其实没有交往，只不过是被拒绝的哲弥要求美奈每天给他做便当当做多年来告白始终失败的补偿，而美奈是为了做出味道足以让哥哥品尝的便当顺便拿哲弥当小白鼠而已（可怜的工具人）。这一切瑛莉当然都知道，她只是想看看康司在这种情况下的反应，想看他是否能依然爱着美奈，还是说有一刹那产生了由爱生恨的感情，这就是她对于康司和美奈这段“恋爱”的试炼。
因为这场波折，康司意识到自己已经不想再继续维持“兄妹”关系，找到美奈告白。美奈也因为之前看到康司和瑛莉接吻而第一次萌发醋意，意识到自己对哥哥的喜欢不只是亲人间的喜欢，两人一拍即合，康司多年来的积郁终于被一扫而空。

整条美奈线所讨论的对于恋爱的核心问题，并非挑战伦理的勇气，而是直面结果的勇气、不逃避的勇气以及恋爱中因为嫉妒而滋生的“丑陋”部分——人们会通过隐藏心意的形式来逃避结果，可一旦发现自己的恋心可能永远得不到回应时又会开始憎恨对方，变得不想再见到对方。所以，这虽然是一条“妹线”，可它并没有太多妹线的特点，而且比较遗憾的部分在于，对于爹妈如何看待孩子们搞在一起的事儿，故事并没有交代，每每谈及这个问题，康司也是类似船到桥头自然直，能瞒多久瞒多久的半调子态度。相反美奈的感觉更朴实，对她来说是不是兄妹都没关系，只要一直能和哥哥在一起就可以了。

里沙的这条线路是有争议的。部分玩家认为，里沙线纯粹是做了一半来不及了，但先行宣传又让玩家都把她当成女主角之一，所以赶制出了这个extra story，又硬是在scene回顾里追加了H场面好让玩家不来寄刀片。可是，即使这条线是赶出来的，它还是被“赶”得比较漂亮的，给了整部游戏一个总结性的收束。
里沙的这个“extra”非常的短，讲述的是类似平行世界的故事。时间回到里沙向康司告白的那一天，她依旧是给了康司一周时间考虑，这一次的一周里，康司因为协助学生会调查摄像头的事件而与里沙有了更频繁的接触，慢慢了解她爱上她，最终走出了他自己的“航迹云”情结，重新前进。
里沙在extrastory这短短一章节的长度里充分发挥了她堪称全作“最完美女性”的魅力，一下子解决了整部游戏最大的两个问题——康司多年来的心魔以及瑛莉“难以怀孕所以无法恋爱”的心理障碍，瑛莉甚至感言如果里沙是男人的话说不定自己真的会爱上她。

如果说瑛莉线对于航迹云（挫折和试炼）的态度是“雨也不那么讨厌”，羽川原的态度是“雨后会有彩虹”，那里沙对航迹云的态度就是“即使会下雨，航迹云依然是如此美丽”，而且她还是一个喜欢雨的人。看到航迹云之后的乌云，会因为惧怕之后冰冷的雨而落荒而逃，但乌云也好，大雨也好，都不一定是坏事。正是这样的里沙让那个在航迹云划过的天空下停滞不前的康司重新前进。

无数纯爱GAL其实都在讨论同一个问题：恋爱究竟是什么，喜欢一个人的感情究竟是什么。在二次元的世界里，虽然有争吵，分歧，但好像每一段感情都能指向永远。关于恋爱的心情、恋爱的试炼和真正的幸福，《ひこうき雲の向こう側》表现的并不能算好，故事也有不少突兀和牵强的部分。但就像游戏通关后，瑛莉通过电脑屏幕对玩家所说的那样，关键在于通过这个游戏，玩家是否有受到启发，得到帮助。
《ひこうき雲の向こう側》的故事好不好尚待另论，但道理还是说得漂亮。尽管这个游戏不见得能带给玩家当头棒喝级的作用，不过能让有心之人意识到问题，学会前进。这样一来，不管它有没有一个骗人眼泪的瑛莉TE，作为一部GAL都够得上是“良作”级。
完。