首先，比起M5，制作组这次在剧场版的情节安排上更加突出了黑衣组织的存在——凶案的发生夹杂着黑衣组织的情报泄露，组织成员在调查中意外得知工藤新一的真实身份，
这样的剧情安排，把柯南和黑衣组织紧密地勾连在一起，比起M5中间接地感知与猜测，M13中两股势力有着更加鲜明的对抗含义。可以说，在黑衣组织登场的三部剧场版中，M13是其中文学剧本质量最高的一作，是最能凭借黑衣组织营造戏剧冲突、渲染悬疑紧张气氛的。
首先，开头通过柯南的一个梦，立刻就将剧情引向小高潮——虽说客观上看，这不是真实发生的情节；但从结果来说，观众的观影情绪一定已经通过这个梦而被调动起来了。而从后面长达15分钟的前戏来看，这个梦的安排着实高明。随后，少侦团捉锹形虫为后面的剧情埋下伏笔——这样前后暗自勾连的伏线安排，似乎从M9以后就没再见过了。
警察的搜查部分表面上看**连篇，但实际上其中交代了许多警官各种各样的变化——体型、喜好和职位等等，这与后段交代警察中混有黑衣组织的同伙相照应，只不过，第一次观影的观众很难感受到这些，其实我个人觉得应该事先让柯南感受到黑衣组织的存在，让剧情气氛一下子压抑下来，这时警官之间的问候就能让观众充分地感受到紧张了。第21分钟，保时捷356A的出现让剧情再次陡起波澜，第24分钟，组织成员开始搜查柯南的相关资料，一下子，柯南身份将被发现的危机感就袭来了。随后，与案件嫌疑犯的较量中，柯南得知了贝尔摩德的存在，于是与其交谈得知情报，警察的车辆随后又被组织狙击，组织在这场案件中的活动身影一下子就被刻画出来，值得一提的是，这部剧场版中与案件搜查的相关情节都是多线叙述合并的，尽可能压缩了信息量，后面警方紧随柯南搜查的情节处理也是如此。晚上，柯南和灰原哀在车内对话，灰原哀告诫柯南小心身份暴露，这里剧情埋下了暗示之笔。柯南的手工、新一的头盔被盗、佐藤警官的生疑，更是进一步强化了危急的境地，将剧情再次引爆到高点——柯南的身份被组织发现了，那段将断未断的电话通话更是让人浮想联翩。这是，柯南开始意识到危机的到来，通过与身边人的隔离达到最高警戒状态——通过柯南的这些举动，编剧在告诉观众一个信息：这次的事件，触及到了双方的终极秘密，是相当危险的对决。就此，全片的悬疑紧张气氛就被推至最高点。
紧接着，柯南联系了服部进行案件搜查，此前我提到过，以具体物品为象征的大型连续凶杀案是很不好处理的，而M13跳过了其中最为冗长的案件梳理部分，而直接在一轮搜查当中进行初步解谜，既给剧情向后发展留了余地，又让案件搜查部分显得紧凑、酣畅淋漓，而且，M13对案件的选择也相当考究——这次的凶杀案是
跨越时空的复仇类案件，也是比较具有可看性的一类连续凶杀案，背后往往会涉及到复杂的行凶逻辑与人物关系（相比之下，M12的凶杀案雷声大雨点小的一部分原因就在于行凶逻辑的模糊）。而警方的搜查过后，剧情开始进一步发展，这主要是从人物的空间转移上体现的——少年侦探团、灰原哀和阿笠博士前往米花森林，柯南进入东都塔，小兰在园子告知后也前往，这开始为终盘高潮进行蓄势。柯南在东都塔上的推理因为案件的复杂性和其情节本身就令人意外，所以还比较可看，没有明显消减剧情的气氛，随后，犯人的武力行动使得剧情进入终盘高潮。注意，这里编剧运用了双线叙述推进剧情——警察部分和柯南部分，而且，
编剧对两条线之间的关系非常明确，柯南部分为主，警察部分为辅，因此，重点情节都放在柯南部分交代，例如爱尔兰的揭晓，而另一条线主要起补充和迷惑作用——例如企图将袭击警察的对象转移到案件犯人的身上。而高潮部分的安排也充分安排戏剧冲突，没有重蹈山本时期前几作的覆辙——柯南与凶手、爱尔兰打斗，小兰与爱尔兰进一步打斗，柯南与爱尔兰追击，黑衣组织的枪战，
把近身搏斗、作战策略、暴力破坏等元素全部糅合，剧情的设计相当紧凑，一波未平一波又起，再加上震撼的音效，在影院的观看效果一定相当不错。
