首先简单说几个结论：
1 每个夏篇中的玖音=上一个冬篇中的rinne
2 万里爱母女在火灾中侥幸获救的原因是时间旅行的setsuna出手相救
3 时间旅行的发生会导致因果律的崩坏

下面逐条解释。
1 每个夏篇中的玖音=上一个冬篇中的rinne
这个应该是最显而易见的一条。首先，游戏中冬篇+真夏篇+re真结局已经清楚告诉我们：真夏篇的玖音就是冬篇的rinne在男主进行2w年冷冻之后紧随其后进行了冷冻，由于某种原因比男主提前20年到达真夏篇的时间点，然后生下凛音，进而发生真夏篇的故事。
那么夏篇中的玖音是谁呢？首先，根据万里爱的回忆，凛音曾经经历过两次失踪，第一次是十年前意外坠海，三天后被发现，但是形貌大变，瘦的皮包骨头；第二次是五年前，在一个暴雨天遭遇神隐，几个月前在海滩被发现，并且年龄和身体停留在五年前的状态。
夏篇中的御园典正患有致命的煤纹病，而且是纯合子，遇太阳光就会死亡。他的夫人是健康人，儿子御园切那是非纯合子煤纹病，症状较轻，遇太阳光会皮肤碳化，并不会立刻死亡。而rinne通过冷冻装置来到这个时间点，漂流到御园家私人沙滩（每次冬-夏的冷冻都会漂流到这个地点）并被御园典正发现，之后生下女儿并被御园典正秘密收留，目的是做自己的接班人，自己的亲生儿子因为煤纹病无法受此重任。只有御园典正，御园玖音和被囚禁在沙滩小屋防止阳光照射的御园切那知道她们的存在。在rinne产下女儿前后，御园玖音也产下一个女儿，取名御园凛音。御园玖音对rinne母子长期虐待，导致rinne的女儿营养不良瘦弱不堪。之后不久，御园玖音与御园典正发生争吵，冲突中御园凛音意外坠海下落不明（大概率已经溺死），然后御园典正担心收留rinne母女的事情败露，所以产生了用rinne母子代替玖音凛音母子的邪恶计划，顺势将御园玖音推下海。之后典正用三天的时间消灭证据，对外放出消息，然后命令rinne扮演御园玖音，把rinne的女儿当做御园凛音抚养。这恰好符合万里爱对于凛音第一次意外的描述。而且夏篇凛音线结局，凛音并没有煤纹病，这也说明凛音并非典正亲生，也佐证了玖音是rinne的可信性。
凛音在成长过程中经常和被囚禁在沙滩小屋中的御园切那玩耍，二人产生了感情。之后的一天，他们二人的关系被御园典正发现。典正对他们进行了长时间的说教，然后时间来到清晨，典正因为接触阳光照射即死。后来在凛音17岁的一天，凛音和切那坐船出海，遭遇暴雨来到了暴龙岛，二人无法返回主岛，切那头部受伤。这种情况下，二人意外发现冷冻装置，切那说服凛音进入这个装置，自己在岛上谋生并寻找返回主岛的方法。结果切那求生失败，死在暴龙岛，凛音五年后解除冷冻漂流回主岛。这与第二次意外符合。
在夏篇中，男主和玖音的互动中隐晦的提到了玖音当时与凛音父亲相遇，初夜的情节，与后面冬篇中rinne与切那邂逅并发生关系的情节完全符合，根据本作的历史循环理论，夏篇玖音=rinne无误。
因为夏篇和真夏篇的玖音都是前一个冬篇的rinne，所以推断，每个夏篇中的玖音=上一个冬篇中的rinne

2 万里爱母女在火灾中侥幸获救的原因是时间旅行的setsuna出手相救
万里爱在解释火灾当日情景的时候说，有一个不认识的青年在危急关头挺身而出，挡住了被火烧断的房梁，把她们母子俩塞进了神社供奉的棺材内，逃过一劫。但是万里爱的丈夫还是不幸被烧死。但是事后万里爱由于对女儿的愧疚，悄悄逃走隐姓埋名，而清理现场的时候发现了两具尸体，让大部分人认为珈蓝堂夫妻已死，也让沙罗形成了比较扭曲的性格，和对于时空理论的半吊子理解（大部分是错误+脑补）。这里有两个核心问题，未知青年是谁？火灾现场的第二具尸体是谁？第一种可能就是setsuna自己，这里涉及到“setsuna自杀”的理论，之后会详谈。但这种自杀方式不合情理，因为如果现场是两具男性尸体的话，很容易就露馅了，无法伪装成珈蓝堂夫妇的尸骨。第二种可能是当初坠海身亡的凛音并没有死，而是被时间旅行的setsuna救起并秘密收养，最后用作火灾中的替死鬼，这涉及到“setsuna黑化”理论，后面细说。第三种可能是，setsuna从被幽禁的煤纹病人中找了一个女性，作为火灾的替死鬼，这也是setsuna黑化的结果。
只有setsuna实施了时间旅行才能解释这个现象，这是唯一解。

3 时间旅行的发生会导致因果律的崩坏
游戏中这种理论是沙罗提出来的。虽然沙罗的理论各种不靠谱，比如纳米机器人，棺材板可以抵御时空震，还有很多错误的时空观念。。。但是，时间旅行会导致悖论和因果律崩坏，这是一个正确的看法。基于此看法，我将提出两种有趣的脑洞来完善island的剧情。
（1）故事的开始是夏天（我的版本）
在一个夏天，人类文明高度发达，已经掌握了研制时间机器的技术，但是由于冰河期来临或者战争毁灭等因素，时间机器并没有来得及制造完成，只完成了人体冷冻装置的生产。这样，科学家们决定将setsuna作为人类的希望，放入冷冻装置中，并且把制作时间机器的方法刻入光盘交给setsuna，冷冻时间设置为2万年。但是由于实验不够充分，经过超长时间冷冻的setsuna出现了很严重的失忆，他忘记了自己原本的使命是在2万年后的世界制作时间机器并返回比初始夏天稍早的时间并拯救那个时代。他与rinne相遇，rinne彼时失去了外出探险的哥哥，目标是制作时间机器并拯救世界。她和setsuna邂逅，坠入爱河，随后发生的一系列悲剧让他们无法制作出真正的时间机器，作为权宜之计，rinne修复了之前setsuna使用的冷冻装置，setsuna进入冷冻装置并且刻下了写有二人名字的情人伞，前往两万年之后的世界。随后rinne自己制作的冷冻装置也完成，她赶在这个时代毁灭之前乘坐冷冻装置追随setsuna而去，但是由于装置的差异，比setsuna提前20年抵达夏季。
之后setsuna变成了一个无限时间的人，多次乘坐冷冻装置，多次邂逅rinne并且留下爱情的结晶。。。最后终于到达了真夏篇，setsuna无数次的前进换来了他的记忆，他终于抵抗住2万年的记忆侵蚀，成功制造了一个美好的夏天，也回忆起了那张光盘的秘密。然后他发现玖音的真身其实就是rinne，二人齐心协力制作出了真正的时间机器——但是，切那却没有回想起他最初的目的。这个致命的错误导致他返回的时间点是，故事开始的夏天之后的冬天，这成为了轮回的起点，也是悲剧的起点。由于他并没有返回最初开发出时间机器技术的时代，他无法改变漫漫时间长河中的因果，他曾试图拯救万里爱的老公，试图挽留万里爱进而治愈幼小的沙罗，试图拯救被教会高层暗杀的rinne的哥哥切那，试图拯救被囚禁在小屋里的御园切那。。。尽管他说服了愚昧的村民，避免了神社的火灾，让珈蓝堂一家三口幸福生活在一起，解决了御园典正家族的矛盾，救活了被教会暗杀的哥哥切那，但是由于缺乏决定性的情报，他没有做出最关键的改变，无法改变历史循环的车轮，无法扭转大自然冰河期的力量。在无数次的冬夏轮回之后，setsuna黑化了，自暴自弃，开始了一个囚禁自己的邪恶计划。他开始修正整个世界，他回到轮回起点的冬天，打晕了被自己救下的哥哥切那，使其失忆，把光盘的副本塞到他手里，然后把他塞入冷冻装置，把rinne引来发现他，让哥哥切那成为新的自己。然后目睹第一个冬天走向崩坏，等新的自己进入冷冻装置之后自己也跳跃到2w年以后。在夏天，setsuna引导御园典正发现rinne，煽动村民丑化珈蓝堂，放火烧掉神社，然后自己救下万里爱母女，抛下她丈夫，然后找一个女煤纹病患者做替死鬼，然后把一切都恢复到最初的样子。。。这样第一个冬天的哥哥切那成为了被囚禁在无尽时间里面的新的setsuna，等待他的只有最终迎来re结局，然后成为下一个黑化的setsuna。

（2）故事的开始是冬天（hs版本）
关于这个世界，实际就是个莫比乌斯环，冬和夏之间不断循环
一切的起始在于某一个冬
setsuna和rinne确实是兄妹，也就是说切那是冬篇里rinne真正的那个哥哥，兄妹相爱，结果造成了杯具。这个符合传说
那时候开发出来的东西就是睡眠装置，setsuna进入冷冻睡眠装置活了下来，rinne在冬里死去
2w年后的夏，setsuna发明了真正的时间机器，想回到过去。结果他的行为造成了因果律的毁灭，将世界锁死在循环里
setsuna自己不断通过时间机器进行调率，造成了各种各样的杯具，比如珈蓝堂家庭被毁灭，御园典正家族崩坏，自己的妹妹来到夏天的世界孤独终老，等等。自己虽然曾经挺身而出挽救珈蓝堂母女，引导御园典正发现自己的妹妹rinne，但这种修正只会引来更大的杯具和混乱，并不能根本解决问题，最后还是没能拯救自己唯一真实的妹妹rinne。发觉自己的所作所为所造成的后果以后，切那写下了“切那必须死”这句话，然后自杀，以为这样就能打破这个循环。
由于因果律的关系，setsuna这个人必须存在，所以“创造”出了新的切那，也就是我们在游戏里操纵的这个切那
然后这个切那代替原本的setsuna，继续进行着单向的时间旅行，始于初冬，终于终夏re
至于一开始玩家操纵的切那身上的那个光盘，也就是记述着时间机器的那个光盘，是最开始的已经自杀的setsuna所留下来的东西