15 EVA (这个没看过,听说不错) 2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,还导致到世界大战。最后,世界人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国属下的秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆,并向NERV总部进攻。NERV组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机,并结识绫波零等人。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行他自己的计划。随着时间推移,碇源堂的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激化,SEELE讹称NERV企图引发第三次冲击,挑动国联派出军队抹杀NERV,在国联部队占领了NERV后,SEELE发动了人类补完计划。
这部动画片还有另一个结局,被称为是电视版的结局,主要描写一班主角(特别是真嗣)的内心反省。电视版的结局相当清晰:真嗣最终跨越了内心的障碍。不过“补完”最终有没有发生仍然没有讲明。到现时为止,关于《TheEndofEvangelion》(简称《TEOE》)是不是便是电视版25、26集的补充或者替代,以及《TEOE》的真实含义,仍然还许多的争论。