拉比拉比岛是一个世外桃源般的地方，岛上有一位名叫艾莉娜的兔耳族魔女。她是岛上魔力最强的人，同时也是小岛的守护者。艾莉娜和岛上居民很要好，但因为性格无口，平日仅仅只是表现的有礼貌，和她们并没有什么深入的交流。
然而好景不长，某天，外界的人发现了这座小岛，准备在岛上开发项目。艾莉娜不同意，交涉无果后双发爆发了冲突且互有损失。最后，艾莉娜选择了牺牲自己，借岛上所有兔子的力量将外界人赶出了小岛，并在岛周围建立了障眼的结界，并委托丽塔、艾希莉和潘多拉维持结界，永远不要再让外人发现这个岛。做完这些后，艾莉娜消去了所有人关于这场“大灾难”的记忆，自己和岛上所有的兔子一起消失了。
失去了肉体的艾莉娜在外界漂流，很快就感到了寂寞。在寂寞的催化下，她后悔了，想要回到过去和大家一起生活，顺便拯救那些被她牺牲的兔子。于是她化名“诺雅”，开始实施她的计划。
不久之后，拉比拉比岛上又出现了一只兔子。这只兔子被拉比拉比镇的镇民露咪收养，取名为“艾莉娜”。露咪的妹妹咪露是个没有兔子几乎活不下去的执念的兔子爱好者。这点被诺雅发现后，她用魔力驱动镇中的一块石碑，将咪露和兔子艾莉娜一并拐走。之后照着自己的样子将兔子变成了人形，送回到岛上，盘算着借咪露的负面情绪强化自己的魔法，以便逆转时空回到过去。至于那只兔子，就先让她和岛上的人混熟，然后再夺走她的身体，这样自己就又是那个“和大家很要好的魔女艾莉娜”了。
同时外界的人类也没有闲着。虽然他们看不到结界内的拉比拉比岛，但能看到结界本身。在人类本能的探究欲下，茜茜莉的父亲牵头开发出了一个能穿越结界的“盒子”，但开发还没有完成，盒子就被她的女儿茜茜莉偷走了。
兔子艾莉娜在主人露咪的委托下试着找回咪露，在这个过程中她真的和大家都成为了朋友。但最后面对诺雅时，计划之外的妖精莉波一直鼓励艾莉娜按自己的方法行事，导致诺雅没有办法顺利夺舍。箭在弦上不得不发了，诺雅选择和艾莉娜交战，但不敌艾莉娜，香消玉殒。艾莉娜顺利的救回了咪露，成了露咪家的一份子。
由于之前无节制的使用石碑，岛上的魔法有些失控。露咪和艾希莉、丽塔、沙耶一起进入地下试图处理。艾莉娜发现主人不见后也前往地下寻找。却意外地发现了凭依了米莉亚姆的诺雅的残魂。诺雅告诉了艾莉娜部分真相，希望她继承自己的事业，继续守护拉比拉比岛，同时也希望她和自己一样，在灾难再次来临时果断的牺牲自己，不要后悔。说完后，“诺雅”真的永远消失了。
打醒了米莉亚姆后，一兔一妖继续寻找露咪，终于在遗忘洞穴中找到了她。但露咪此时已被洞穴里外界的幻象迷惑，对外界产生了好奇。武力解决后，一行人求助于茜茜莉，想搞清楚“外界”到底是什么。一番探究后，茜茜莉证明了“外界”和拉比拉比岛是同一个世界中的两个地方，并决定用科学的力量将小岛和外界完全隔绝，杜绝后患。
最后，艾莉娜和一直处于矛盾中的UPRPRC创始人，兔耳族的少女伊利斯互诉衷肠，以战会友后，双方互相接纳，成为了朋友。

DLC已发售，剧情修正
　　在记忆回廊中，在和魔女艾莉娜留下“难忘回忆”后，魔女艾莉娜读取了兔子爱丽娜身上来自诺雅的残留记忆。她告诉了兔子艾莉娜关于“大灾难”的来龙去脉：
　　拉比拉比岛曾经是个非常和平的地方，当时岛上充满兔子，直到三年前，自古维系岛屿的屏障被打破，兔子们产生异变，变得十分凶暴。魔女艾莉娜用尽办法使异变的兔子消失，并重新建立屏障来隔离岛屿。但隔离魔法并不简单，需要有人里应外合施展——也就是说，必须有人做出牺牲。想到兔子的消失和魔女艾莉娜的离开对大家来说都是难过的回忆，魔女艾莉娜消去了大家的记忆——至于丽塔等人认为屏障是很久前建立的，则是记忆自动修复的结果。镇上的石碑也是由艾莉娜、丽塔、潘朵拉、艾希莉共同建造用来守护拉比拉比岛的安全的，护身符也是魔女艾莉娜给露咪的。
　　最后，魔女艾莉娜向兔子艾莉娜表达了谢意，感谢她为小岛作出的一切。说完后，魔女艾莉娜的幻影消失了。但她的记忆凭着“不想消失”的意志留了下来。当兔子艾莉娜把这份无价之宝和她的护身符放在一起，准备精心保存时，奇迹出现了：魔女艾莉娜又出现了。原来魔女的记忆凭依到了护身符上，有了实体的记忆便不会消失。两个艾莉娜紧紧相拥，互相接纳并融为一体。
虽然不再会消失，但魔女艾莉娜还是希望兔子艾莉娜把这件事对镇上人保密：她不希望人们又想起那段难过的回忆。于是魔女的人格就以护身符的形式保存了下来