《南史》说，萧综长到十四五岁的时候，经常梦见一个肥壮少年提着自己的脑袋看着他，于是问母亲为何自己会作这样的怪梦，吴淑媛询问他梦中所见少年的样貌，觉得很象萧宝卷，就把当年自己怀孕七月而生及宫中的流言告诉了他，叮嘱说：“你是我怀胎七月所生，比不得其他皇子。但你如今是仅次于太子的二皇子，千万不要泄露这个秘密，好好保住你的富贵。”而《梁书》则说吴淑媛因年长宠衰，心怀怨望，故意向萧综吐露当年疑事。从此，萧综就怀疑自己是萧宝卷的儿子，为此常常在夜里独自哭泣。
萧综颇有才学，善属文，萧衍对他还是比较宠爱的。但是萧衍以礼待诸子，见儿子们的时候不是太多，所以萧综总觉得自己不受重视，郁郁不得志。自以为得知自己的身世真相后，性情更变得十分乖戾，举止不端而且怪异。传说他为人有勇力，曾经手制奔马。
他在徐州为政酷暴，每次看到萧衍的敕疏，就怒形于色。因为萧衍小名叫作练儿，他命令砍掉了徐州所有的练树。又据说，萧综后来为都督、南兖州刺史的时候，虽然勤政，却不见宾客。料理辞讼也隔着帘子，乘车出门同样帘帷深垂，很讨厌被人家看见自己的脸。他私下供奉齐氏七庙，曾经微服去拜祭萧宝卷之父齐明帝萧鸾之陵。不过直到那时，他还不能完全确定自己的身世。他听民间传言，以生者的血滴到死者的骨头上，如果血能渗进骨头，就证明两者是父子。于是，萧综私掘萧宝卷墓，取出骨头，滴血试之，又残忍地杀了自己刚出生的次子，取其骨试之，两次血都渗进了骨头，他对自己的身世不再怀疑，从此心怀异志。后来他听说萧宝卷的同母弟萧宝夤逃亡在魏，就阴结死士，与萧宝夤暗通消息，私下准备逃往北魏。他似乎没有刻意隐瞒自己对太子萧统和其他诸位兄弟的忿恨，行事也不算机密，因此很多人对他的图谋都有所察觉，但是萧衍仍然不为所动。