GeoChip功能基因芯片是一种高通量宏基因组学分析工具，用于分析微生物群落，研究其群落结构对生态系统的作用。GeoChip可以广泛用于分析包括土壤、水体、海底沉积物、热泉、污水、生物反应器和动物肠道等多种环境。该高通量基因芯片，包括了编码参与主要地球化学循环（如，碳循环、氮循环、金属抗性、有机物降解、硫循环和磷循环等）的微生物酶类的寡聚核苷酸探针。GeoChip芯片由华裔微生物生态学家周集中教授研发，GeoChip的发明是微生物群落检测和分析方法的重大突破，对于解决微生物检测、植物生长、人体健康、生物多样性、污水处理、生物修复等众多领域中微生物的相关问题具有重大意义。
相比宏基因组，GeoChip可以避免宿主以及其他非微生物的序列污染，比对到芯片上的基因的功能清楚，能准确定量原始样品的微生物信息。
GeoChip的优势：
适用广：能由于地球化学，生态学，环境科学的微生物群落功能结构研究
宽检测：具有超过2400钟对生态学、地球化学和环境科学重要的基因家族
高分辨：极高的分辨率检测微生物功能
精定量：无聚合酶链反应（PCR）参与，反应样品原始信息
低成本：性价比极高
速度快：相比宏基因组，项目周期大幅减少
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