故事大纲:屡遭失败，还被初出道的小朋友嘲讽的武藏心灰意冷之际决定给大家放假回家。在小次郎和喵喵的陪伴下，武藏终于回到了朝思暮想的家-山中小屋。

养父-木下藤吉郎和养母-浅野弥弥告诉武藏母亲-宫本织女二十年前在火箭队的授意下实行“天下布武”计划。化名“毒刺玫瑰”的织女横扫关东各路道馆，几乎无人能敌…要不是后来寻找梦幻失踪，神奇宝贝世界可能已经为火箭队所掌握。【又或者是新的乱世？】

为了恢复母亲的荣光，洗刷过去天天做免费飞机的屈辱，武藏苦研母亲留下的《宝可梦兵法》誓言承继母亲未竟大业，以天下布武之名一统天下！！

@浮萍雨夜花 你来写怎么样？

木下藤吉郎： 武藏养父。和浅野弥弥一样，是武藏母亲-宫本织女的少时好友。积极温柔的个性很讨人喜爱。经常以处事圆滑，人情练达的个性帮助织女斡旋于各方势力间。织女失踪后与弥弥一起承担抚养武藏的重任。积极乐观的教育方式使武藏的童年在贫困的黑白中还留有不少色彩。

田尻昌幸：小智的父亲。富有正义感的血性男儿。十八岁开始打工旅行生涯。淡泊名利。虽然已在旅行中积累强大实力，但却不为人知。冷静沉着险胜“ 毒刺玫瑰”宫本织女使关东局势开始逆转。原本该在大谷鲤鱼举荐下讨伐火箭队，却因为达马岚奇的私心无缘参战。之后虽然曾被其他地区盟主邀请为道馆馆主甚至其他高职，但都被因不被准许讨伐火箭队而心如死灰的他拒绝了。隐居于真新镇与妻子-花子经营餐馆。在庆长十年（小智八岁那年）被达马岚奇派到与邻国具有国界争议的太阁岛（邻国称太公岛）守护当地龙族。被邻国以间谍罪逮捕，逮捕他的邻国海事执法机构总监-邝头强敬重他的为人，同意他留在岛上。但是没收了他的护照。岛上通讯太差，充当信鸽的比比鸟又下落不明。所以再也没有和家里联络。因为是秘密行动，连花子和大木都以为他失踪了。临走前特意把从明智比夏斯的黑暗球中救出的皮卡丘交给大木博士，希望他在小智十岁的时候交给他做为小智第一只神奇宝贝。

（接楼上上）然而，就在即将起事之际，秀吉却中道崩殂，政秀只好搁置天下布武计划。就这样又过了几年，政秀在树丛意外救下了自杀的晴儿，在政秀鼓励下晴儿决定加入火箭队。天赋异禀的晴儿和藤吉郎，弥弥成为火箭队天下布武计划的最大助力。
秀吉夫妻为了能妥善培养强大的神奇宝贝兵团，任用了一批科学专才。其中就有才高八斗却野心勃勃的南玻和席拉奴。南玻、席拉奴和明智比夏斯，小早川多米诺崇尚科技，认为神奇宝贝只是动物一般的存在。坚持用大机器大面积捕抓神奇宝贝，用科技手段屈服神奇宝贝。最希望抓住传说神奇宝贝进而利用传说神奇宝贝的神力占领全世界。

帅气的藤吉郎欧吉桑（本来想取名丰臣秀吉的，但是一来不想太明显二来木下藤吉郎这个名字比较接地气）
太阁：不许给我喂香蕉！

尾张信长：火箭队的死忠大将。在秀吉死后努力维持火箭队的安泰。编号001，与宫本织女（002）、木下藤吉郎（010）、浅野弥弥（011）并列火箭队四天王。信长一路扶持着身心交瘁的织女，并渐渐爱上她。织女也在信长的关爱下重拾信心与对爱情的渴望。不久两人共结连理沐浴爱河。使武藏一直都以为信长是她的亲生父亲。而信长和织女也乐于如此。
在信长一再坚持下，织女同意让信长陪她参与寻找梦幻的任务，却也与织女一样下落不明…

达马岚奇：神奇宝贝联盟十五代盟主。在训练师们眼中是和善的老人家，跟谁似乎都合得来。但与他共事的都知道，在利益面前是寸土不让。因此非常忌惮比自己强大的人。任命人才秉承祖上"重名门轻白身"的作风。虽已届古稀，脑袋却如同三十而立般，清楚冷静，老谋深算。因此依旧掌握大半日本天下。

佐佐木太夫
小次郎的父亲。年少就继任因病隐退的父亲佐佐木古桥成为佐佐木家长。常年对世情的观察使他一步步团结、发展佐佐木家。二十年前火箭队"天下布武"，把持日本财政，有"日本的罗斯柴尔德家族"之称的长夜家灭亡后，太夫不失时机地以举家财力收购长夜家的银行当铺并籍此整顿财政把佐佐木家和火箭队带上巅峰。因此与火箭队结下深厚情谊。在织女、信长、政秀遇害后，企图率军支援火箭队对战派，却晚了一步。
虽然被达马幕府逼迫卖出于成都及关都金黄与彩虹市原长夜家的金山银行，但太夫以其慧眼转战其他领域，并获得了不俗的成就。
对于科研派与其他反派的短视，佐佐木太夫嗤之以鼻。看似一再逼迫小次郎学习古板礼仪甚至与达马家孙女鲁美嘉成婚的顽固老头，背后又有着多少深谋与无奈？

注：小次郎父亲的名字取自收容关原战败的石田三成的农民-与次郎太夫。小次郎爷爷的名字佐佐木古桥取自与次郎太夫的村子古桥村。