1644年，清朝入主中原，掌握了中原的财富资源，其军事实力也得到加强。清廷在全力剿灭农民军和统一南明政权的同时，继续招抚喀尔喀。顺治元年（1644）十二月和二年正月，清世祖分别致信喀尔喀土谢图汗和车臣汗。两信内容相同。给车臣汗的信曰：
皇帝诏书：谕土谢图汗：荷蒙天眷，已夺夙仇明国之政，遂登大位。吾红缨之人自古为一国，为使大国平安，应统一政体，和睦关系。(44)对此信内容有两种理解：一说清廷向车臣汗发出了进一步和好的信息；一说是劝喀尔喀上层接受清朝的统治，不要自为一国之意。(45) 笔者以为后者理解正确，这是清朝入主中原之后，清世祖以天下共主的身份劝车臣汗归顺。对此喀尔喀两汗都没有回应。
顺治三年春，苏尼特左翼多罗郡王腾机思率部叛逃，投附喀尔喀车臣汗部。这是对清朝招抚喀尔喀政策的沉重打击，若处理不好，不仅喀尔喀不来归附，亦影响漠南蒙古的稳定。五月，清廷派遣和硕德豫亲王多铎率军追剿。摄政王多尔衮下令，腾机思若逃至车臣汗硕雷处，“即将硕雷一并取之”。(46) 七月，清军追至漠北土喇河，斩首千余级，俘获八百余人及十几万头（只）牲畜，其中包括喀尔喀人畜。八月，清军又西进，土谢图汗、丹津喇嘛和车臣汗遣兵阻拦，清军又败之。由于腾机思远徙色楞格河，清军班师。
清军进入喀尔喀左翼境内杀掠人畜，并继续深入，故喀尔喀出兵阻拦。同年，丹津喇嘛属下额尔克楚虎尔与另一楚虎尔台吉抢掠了漠南巴林旗人畜，(47) 他们应当是清军追剿时受害部众的首领，因此报复清朝。追剿未成功之后，清廷以出征和断绝通使贸易相要挟，向喀尔喀索要腾机思。顺治三年九月，清世祖传谕土谢图汗等，擒送腾机思则遣使来朝，否则使来定行羁留。(48)

喀尔喀部既欲与清朝通使贸易，又欲保持政治上的独立性。迫不得已之下，在文书词语、朝贡方面做出了让步。有关巴林人畜及罚畜，他们认为清朝追剿腾机思亦给他们造成了损失，可以相互抵消，另外巴林人畜已散亡，难以收集，(80) 故一直拖延。喀尔喀也不情愿派台吉朝贡盟誓。顺治九年，清世祖再次敕谕喀尔喀左右两翼首领。五月，清世祖谕喀尔喀右翼扎萨克图汗、俄木布额尔德尼及大小台吉：
前因尔等表请通好，毫无定议，曾两经晓谕，又面谕尔来使车臣卓礼克图等，亦如前谕，朕意本欲和好，故命尔等归还所掠人畜，贡献所罚驼马，并为首贝勒、贝子、头目来朝赎罪。乃尔既不来朝，又不归还人畜，贡献驼马以赎罪，反遣车臣卓礼克图，以我留鲧登顾实牲畜为词，是何心也。且尔一面通市，一面犯边，尔时来人本应即加诛戮，我犹格外宽容，但不纳尔使，仍纵之还。朕仰承天眷，统一四海，尔亦自知仅存弹丸之地，勿恃荒远，勿听尔属下奸人之言，至陨尔绪，朕今开诚谕尔，自古以来惠迪吉，从逆凶，上天报施不爽，尔之所知。今若速还我人畜，献所罚驼马，遣为首贝勒、贝子、大臣来朝则已，不然致有后悔，自贻伊戚，我何与焉。可速定议，毋得迟疑，以坠尔基业。(81)十一月，又谕喀尔喀左翼土谢图汗、车臣汗、丹津喇嘛等：
尔等为四九牲畜来奏，辄言从前赏例太薄，我等再不来贡，又言逃人有在贝子、大臣讲和以前去者，有在后去者，逃人往来私行，何以称和等语，又朕曾遣使至尔处，迟至两月余，乃先令拜塔而后见尔等，种种违谬，朕故不复遣使。朕为天下主，尔乃弹丸小国之长，以方物来贡，朕酌量赏赉，即云微薄，亦宜奏请增益，乃辄言赏赉如前，则九畜不贡，尔等将欲构衅乎。且尔既不归我巴林人畜，为首贝子又复不至，尚何可言。若尽还我巴林人畜，为首贝子前来，视同一国，誓言修好，始可候旨定夺。若不遵信誓而为此大言，是尔等终无诚心，不愿修好也。朕荷天眷，统一四海，尔弹丸小国逼处一方，慎勿恃道里辽远，听奸邪言词，以败和好。朕开诚相示，自古以来曲者曲，直者直，悉听天鉴。今尔速将所有我国人畜并额贡驼马遣为首贝勒、贝子、大臣来觐则已，否则后悔，自贻伊戚，于朕无预，可亟详虑裁处，勿更延缓也。(82)
顺治十年，清朝派遣理藩院侍郎毕哩克图前往喀尔喀查看巴林被掠人畜，土谢图汗衮布等“匿不尽给”，(83) 未能全部收回。清世祖见喀尔喀仍不顺从，开始采取强硬措施，将以往威胁之言付诸实际。七月，任命多罗安郡王岳乐为宣威大将军，统兵戍防归化城。(84) 下令在喀尔喀归还巴林人口和派遣为首台吉来朝之前，严禁其使者来朝贸易，来者尽行驱逐。(85) 清朝驻兵归化城阻绝喀尔喀通使贸易并防止其因此侵扰，同时对喀尔喀形成了威胁。自顺治十年七月至十一年十二月，清朝几次拒绝喀尔喀左、右两翼首领使者和商人入境。(86)
顺治十年初，喀尔喀部落土谢图汗下贲塔尔等四台吉率所属1070户来归。(87) 六月，喀尔喀左翼土谢图汗、丹津喇嘛、车臣汗等来信请还逃人，或以逃人顶替所掠巴林人畜之数，发还其余之人。(88) 清世祖予以拒绝，指出只有全数归还巴林人口、进本年常贡、遣台吉来朝，才能答应今后不收留逃人，现已收留者决不遣返。(89) 清朝收留逃人，又成为对付喀尔喀的重要手段，此事对喀尔喀危害很大。
顺治十一年三月，清世祖又谕丹津喇嘛：“今可将尔处所有巴林人口作速送来。为首四贝子为请免牲畜来朝，若有不从者，即云某贝子不从，只率从命贝子偕来，即三旗贝子皆不从，尔亦来奏闻。倘不出此，若再有使来，亦不容入也。”(90) 令议和态度积极的丹津喇嘛遣台吉来朝，以分化左翼各部。

喀尔喀为保持与内地的经济贸易联系，最终答应了清朝的要求，在政治上依附清朝，不过当时仅限于朝贡和文书礼仪。后来喀尔喀内讧，清朝开始干预其内政。康熙三十年（1691）多伦会盟之后，喀尔喀完全归属清朝，成为外藩。

(61) 《清圣祖实录》卷142，康熙二十八年九月戊戌，第558页。
(62) 《清世祖实录》卷41，顺治五年十一月癸未、十二月辛卯，第331页；卷46，顺治六年十月辛丑，第371页，十一月癸酉，第373页。
(63) 约在顺治五年末至六年初之间侵袭，齐木德道尔吉：《1640年以后的清朝与喀尔喀的关系》，《内蒙古大学学报》1998年第4期，第19页注23。
(64) 《清世祖实录》卷43，顺治六年四月丙辰，第349页；卷44，五月乙酉，第354页。
(65) 《七旗喀尔喀诺颜为论政体一致事致皇叔父王文》、《七旗喀尔喀诺颜为论政体一致事致顺治帝书》，顺治六年八月初八日，《清内秘书院蒙古文档案汇编》第3辑，第64—67页。
(66) 《清世祖实录》卷48，顺治七年三月甲子，第382—383页。
(67) 《清世祖实录》卷50，顺治七年十月乙巳，第401页。
(68) 《清世祖实录》卷51，顺治七年十一月辛未，第403—404页。
(69) 《清世祖实录》卷59，顺治八年八月壬子，第464页。
(70) 《清世祖实录》卷60，顺治八年九月己丑，第476页。
(71) 《清世祖实录》卷2，崇德八年九月戊申，第35—36页。
(72) 《清世祖实录》卷39，顺治五年五月甲申，第310页。
(73) 《清世祖实录》卷45，顺治六年八月丁酉，第361页。
(74) 达力扎布：《清朝初期与厄鲁特诸部的关系》，达力扎布主编：《中国边疆民族研究》第3辑，北京：中央民族大学出版社，2010年，第145—164页。
(75) 达力扎布《清朝初期与厄鲁特诸部的关系》中相关信件的原文转写和译释，《中国边疆民族研究》第3辑，第145—164页。
(76) 《清世祖实录》卷46，顺治六年十月壬辰，第369页。
(77) 《顺治帝令鄂木布卓里克图巴图鲁济农等出征喀尔喀之敕谕》，顺治六年四月初七日，《清内秘书院蒙古文档案汇编》第3辑，第90—92页。
(78) 《清世祖实录》卷48，顺治七年四月乙未，第387页。
(79) 《清世祖实录》卷61，顺治八年十月辛酉，第479页。
(80) 齐木德道尔吉：《1640年以后的清朝与喀尔喀的关系》，《内蒙古大学学报》1998年第4期，第17页。

(81) 《清世祖实录》卷65，顺治九年五月甲申，第507—508页。
(82) 《清世祖实录》卷70，顺治九年十一月甲申，第550页。
(83) 《王公表传》卷45《喀尔喀土谢图汗部总传》，《景印文渊阁四库全书》第454册，第499页。
(84) 《清世祖实录》卷77，顺治十年七月辛酉，第610页。
(85) 《清世祖实录》卷78，顺治十年九月癸卯，第616页。
(86) 《清世祖实录》卷82，顺治十一年三月庚戌，第646—647页；卷91，顺治十二年五月戊子，第717页；卷107，顺治十四年二月辛卯，第841页。
(87) 《清世祖实录》卷72，顺治十年二月甲子，第574页。
(88) 《清世祖实录》卷76，顺治十年六月丁未，第598页。
(89) 《清世祖实录》卷76，顺治十年六月庚申，第600页。此前顺治六年车臣汗下五十户来降；顺治八年蒿齐忒部落台吉噶尔马撒望兄弟率所部一千三百五十人来归，见《清世祖实录》卷42，顺治六年二月癸巳，第340页；卷52，顺治八年正月己酉，第406页。
(90) 《清世祖实录》卷82，顺治十一年三月庚戌，第646—647页。
(91) 《清世祖实录》卷88，顺治十二年正月甲寅，第700页。扎萨克图汗素巴第于顺治七年去世，子诺尔布嗣，号毕席勒尔图汗。
(92) 《清世祖实录》卷91，顺治十二年四月辛酉，第714页。
(93) 《清世祖实录》卷91，顺治十二年五月戊子，第717页。
(94) 《清世祖实录》卷96，顺治十二年十二月丙子，第754页；《多罗信郡王多尼等题请信郡王安郡王内选派一人与喀尔喀土谢图汗等盟誓本》，顺治十二年十二月二十五日，中国第一历史档案馆、中国人民大学国学院西域历史语言研究所编：《清朝前期理藩院满蒙文题本》第1册，呼和浩特：内蒙古人民出版社，2010年，第164—166页。
(95) 《钦定八旗通志》卷129《原封和硕安亲王岳乐》，李洵等主校点，长春：吉林文史出版社，2002年，第4册，第2193—2194页。
(96) 《清世祖实录》卷91，顺治十二年五月壬寅，第718页。
(97) 《清世祖实录》卷106，顺治十四年正月庚午，第833页；卷107，顺治十四年二月辛卯、庚子，第841、842页。
(98) 《清世祖实录》卷107，顺治十四年二月辛卯，第841页。
(99) 《清世祖实录》卷125，顺治十六年四月甲寅，第972页。
(100) 《清世祖实录》卷95，顺治十二年十一月辛丑，第946页。

(101) 《清世祖实录》卷143，顺治十七年十二月己亥，第1102页。
(102) 札奇斯钦：《北亚游牧民族与中原农业民族间的和平战争与贸易之关系》，台北：正中书局，1977年第2版，“序言”；亦邻真：《内蒙古古代史中的若干问题》（蒙古文），《蒙古史研究》第2辑，呼和浩特：内蒙古人民出版社，1986年，第134—149页。
(103) 蔡家艺：《蒙古进藏熬茶浅议》，《西北史地》1988年第1期。