在过去，公立医院编制有其存在的合理性。政府可根据编制来核定医院预算，并进行人事管理，编制所附带的福利，实质上具有一定的向心力，能够激励医务人员努力工作，产生了一定的职业吸引力。然而，通过编制来管理公立医院也存在弊端，且随着医改的深入，弊端日益突显。
编制制造了不公平，影响了医疗队伍的内部团结。医务人员有的在编，有的编外，虽然干一样的活，可待遇相差不小。此外，编制阻碍了薪酬制度改革。医务人员的身份都没有统一，制定新的薪酬制度的难度就很大。此前，虽然这个问题也存在，但改革缺乏必要的环境，因为公立医院的编制内人员没有缴纳养老保险，假如取消编制，如何给予他们养老保障，就成了绕不开的难题。如今养老保险已实现并轨，编制的最大福利不复存在，在编与非编的巨大鸿沟被消除，为取消公立医院的编制创造了条件。

医改到了深水区，遭遇人事制度改革这一瓶颈，最核心问题就是编制问题。这道坎如不能通过，许多措施将难以推进。只有逐步收回直到取消医院编制，医生才愿走出体制围城，民营医院和基层医院才有望解决人才来源问题，医师多点执业、薪酬改革、分级诊疗等难题也将有望得以解决。可以说，不管取消事业编制在其他行业和领域是否可行，但在公立医院则不仅可行，而且具有紧迫性。

“事业编”们究竟会面临什么样的变化？自国务院《事业单位人事管理条例》7月1日施行至今，话题一直在发酵。在庞大的事业编群体中，医务人员因其数量和行业特殊性占据举足轻重的地位。记者调查发现，不少医生对改革持较乐观态度，他们中的许多人希望，这次的人事制度改革可以具备更彻底的“脱编”意味。广东省卫生计生委巡视员廖新波也形容，医生由单位人转化为社会人自由流动，是很多医生翘首企盼的。“既能体现医生的价值，又能使患者接受更好的医疗服务”。

医生作为一种专业性门槛高、投入周期很长、不容易商品化的职业，和公立医院这样的堡垒结合，形成了一种稳定的生态结构。可以做一个类比，同样是技术精英，读医科的和读计算机的高材生会有截然不同的命运。计算机毕业生可以跑到IT企业去任职，而最成功IT企业全部是民企；于是他们在整个人生和职业长河中不断的向上游走，乃至拥有股份，做到老总。相比之下，医生一旦进入公立医院，几乎就是在一个医院呆到老，和他的岗位、职位、编制、福利牢牢锁定，且随着年岁的增长越没有“解套”的可能。这种情形，并没有因为医生签了合同而有本质的分别。