在过去，公立医院编制有其存在的合理性。政府可根据编制来核定医院预算，并进行人事管理，编制所附带的福利，实质上具有一定的向心力，能够激励医务人员努力工作，产生了一定的职业吸引力。然而，通过编制来管理公立医院也存在弊端，且随着医改的深入，弊端日益突显。
编制制造了不公平，影响了医疗队伍的内部团结。医务人员有的在编，有的编外，虽然干一样的活，可待遇相差不小。此外，编制阻碍了薪酬制度改革。医务人员的身份都没有统一，制定新的薪酬制度的难度就很大。此前，虽然这个问题也存在，但改革缺乏必要的环境，因为公立医院的编制内人员没有缴纳养老保险，假如取消编制，如何给予他们养老保障，就成了绕不开的难题。如今养老保险已实现并轨，编制的最大福利不复存在，在编与非编的巨大鸿沟被消除，为取消公立医院的编制创造了条件。