在接下来10年，发现了一系列较不完整的头颅骨，以及数十个不同个体的部份骨骸，这些骨骸有幼年体也有成年体。该计划的成员也发现了数百件玛君龙的相关骨头，以及数千颗零散的牙齿。将这些化石组合过后，几乎拼凑出完整的骨骸，但大部分前肢、大部分的骨盆、以及尾巴的末端等部份仍未发现。

这个挖掘计划在2007年达到顶峰，一份由7个关于玛君龙的科学研究，所集合的专题论文，在古脊椎动物化石学会的学会会议上发表。这个专题论文是以英文写成，但每份研究都有以马拉加斯语写成的概要。在论文之中，Lavocat将之前提到的齿骨重新鉴定，并将它分类于玛君龙。因此，玛君颅龙被玛君龙所取代。虽然该份专题论文内容非常广泛，但该论文只叙述从1993年到2001年期间所发现的化石。而在2003年与2005年，在该地又发现了相当数量的标本，有些标本非常完整，这些化石正等待者更进一步的叙述。

食性科学家们提出玛君龙与其他阿贝力龙科恐龙的独特头颅形状，显示出与其它兽脚类恐龙不同掠食习性。大多数兽脚类恐龙有长、低矮、狭窄的头颅骨，阿贝力龙科恐龙的头颅骨较高且宽，长度通常较短。其他兽脚类恐龙的狭窄头颅骨可承受强壮咬合时的垂直压力，但不适合承受扭转力量。与现代哺乳类掠食者相比，大多数兽脚类恐龙可能使用类似犬科动物的方式猎食，使用长而狭窄的口鼻部多次咬伤猎物，使猎物变虚弱。

阿贝力龙科恐龙，尤其是玛君龙，可能改采用类似现代猫科动物的方式猎食，使用短而宽广的口鼻部咬住猎物紧紧不放，直到它们被制服。玛君龙的口鼻部较其他阿贝力龙科恐龙还宽广，而且它们的其他生理特征也支持者这个猎食方式假设。玛君龙的颈部较壮，且拥有结实的颈椎、交错的颈部肋骨、骨化的肌腱、以及附着在脊椎骨与头颅后方的强化肌肉。这些强化肌肉可使玛君龙的猎物挣扎时，玛君龙仍能保持头部的稳定性。阿贝力龙科恐龙的头颅骨有许多区域，有皮肤经过矿化作用而成的骨头，形成凹凸不平的表面。阿贝力龙科的鼻骨加厚且固定住，可增加强度，这种特征在玛君龙身上特别明显。另一方面，玛君龙的下颌两侧各有一个大型洞孔，这特征可见于其他角鼻龙类恐龙；特定关节间有滑液关节，可允许下颌的大幅度变形扩张，但不能达到蛇类的扩张程度。这些下颌特征可防止玛君龙嘴中的猎物挣扎时，下颌遭到破裂。下颌的前部牙齿比其他牙齿还要结实，可提供咬合时的支撑点；而玛君龙的低齿冠牙齿可防止猎物挣扎时，将牙齿摇断。最后，不像异特龙与大部分兽脚类恐龙，它们的牙齿呈前后侧弯曲；而阿贝力龙科恐龙的牙齿，例如玛君龙，它们的牙齿前侧弯曲，而后侧较直。这种牙齿结构可用来将猎物切碎，而非将猎物托在咬合的地方。

玛君龙是它们所处环境的最大型掠食者，而该地区同一时期的最大型草食性动物是蜥脚类恐龙，例如掠食龙。科学家们认为玛君龙，或者其他的阿贝力龙科恐龙，特别以蜥脚类恐龙作为猎食对象。它们头部与颈部的增强，以适应咬合与咬住的攻击方式，可能对于巨大、强壮的蜥脚类恐龙特别有效。相较于其他兽脚类恐龙较修长的后肢，玛君龙短而结实的后肢，可支持这个假设。虽然玛君龙的奔跑速度无法赶上相同大小的兽脚类恐龙时，它们仍可以追上移动缓慢的蜥脚类恐龙。玛君龙的结实后肢骨头显示它们拥有非常强壮的后腿，而后腿长度较短，可降低玛君龙的重心位置。因此玛君龙牺牲速度，以增加力量。在掠食龙骨头上发现的玛君龙牙齿痕迹，确认它们至少以这些蜥脚类恐龙为食，但不确定玛君龙是猎食它们，或是在它们死后吞食它们的尸体。

同类相食虽然蜥脚类恐龙可能是玛君龙的食物来源之一，最近在马达加斯加的发现显示玛君龙有同类相食现象。在许多玛君龙骨头上发现了牙齿痕迹，类似同一地区蜥脚类化石上的牙齿痕迹。这些牙齿痕迹的间隔与玛君龙的牙齿间隔相同，牙齿大小也相符合，并拥有较小的凹口，也与玛君龙的牙齿边缘符合。因为玛君龙是该地区已知的唯一大型兽脚类恐龙，最简易的解释是玛君龙有同类相食现象。三叠纪的腔骨龙曾被认为有同类相食现象，但已被否决，使得玛君龙是唯一确认有同类相食倾向的兽脚类恐龙，但也有证据显示其他种也有同类相食现象。

目前不确定玛君龙是主动猎食它们的同类，还是以同类的尸体为食。然而，有些研究人员注意到现代的科莫多龙在竞争尸体食物时，有时会将同类杀死。蜥蜴会以它们对手的尸体为食，这显示玛君龙与其他兽脚类恐龙可能也有类似的行为。

呼吸系统
玛君龙与现代鸟类的呼吸系统比较图科学家们已经重建出玛君龙的呼吸系统，根据一副从梅法拉诺组（Maevarano Formation）发现的保存极好脊椎（编号UA8678）。这些脊椎与肋骨大部分拥有空腔，类似鸟类的肺与气囊呼吸系统。鸟类的颈部脊椎与肋骨拥有气囊，背椎上部则拥有肺。玛君龙脊椎的类似结构显示气囊的存在。这些气囊可允许玛君龙拥有基本的鸟类空气流通系统，空气以不同方向进出肺部，所以充满氧气的空气将不会与充满二氧化碳的废气混合在一起。这种呼吸方式虽然复杂，但效率较高。

玛君龙气囊的发现，除了了解它们的呼吸系统以外，也有助于理解生物的演化。玛君龙属于角鼻龙下目，而鸟类属于坚尾龙类演化支，角鼻龙下目与坚尾龙类在兽脚类演化历史的非常早期就已经分开演化。而在两个支系都发现了鸟类的呼吸系统，显示这呼吸系统在两个支系分化前就已经存在，而非鸟类独自演化出来。这个发现更提供了鸟类起源于恐龙的进一步证据。

脑部与内耳结构对于玛君龙完整头颅骨（编号FMNH PR 2100）的电脑断层扫描，显示出大略的脑部与内耳结构。与身体相比，玛君龙的脑部非常小，除了这方面之外则类似非虚骨龙类的兽脚类恐龙，有非常传统的外形，较类似现代鳄鱼，而非鸟类。玛君龙与其他兽脚类恐龙的差别之一，是它们的较小型绒球，绒球是小脑的一个区域，可协助调节眼睛与头部的动作。这显示玛君龙与其他拥有小型绒球的阿贝力龙科恐龙，例如印度龙，并非依靠快速的头部运动与视力来捕抓猎物。

对于内耳的研究，可以推论出玛君龙的行为模式。内耳的半规管可协助保持平衡，而当头部保持警戒姿势时，侧半规管会与地面保持平行。玛君龙的头颅骨几乎与地面平行，当它们旋转头部时，它们的侧半规管会与地面保持平行。当其他兽角类恐龙保持警戒姿势时，它们的头部会大幅朝下。与它们的更基础近亲角鼻龙相比，玛君龙的侧半规管明显地较长，显示它们对于头部侧向运动，有更强烈的知觉。

病理一个2007年的研究叙述了玛君龙骨头上的病理。科学家们检验了至少21个标本，并发现四个明显病状。当其他大型坚尾龙类恐龙，例如异特龙科与暴龙科，已经有病状方面的研究时，玛君龙是第一个被研究病状的阿贝力龙超科恐龙。玛君龙的头颅骨上没有发现任何伤口，而暴龙科的面部常出现伤口。其中一个玛君龙标本的足部掌骨，发现了明显的骨折与痊愈痕迹。

玛君龙的大部分病状位在脊椎上。例如一个幼年个体的一个背椎下侧有外生骨瘤。这个骨瘤可能导因于软骨内骨化或韧带硬化成骨头，但不确定骨化的原因。维生素A过高症（Hypervitaminosis A）与骨刺被排除于原因之外，骨瘤也被视为不太可能。在另一个标本的尾椎神经棘上也发现了一个赘生物；神经棘是从脊椎突出来，并提供肌肉附着点。类似的神经棘赘生物也在异特龙与恶龙的身上发现，这些赘生物可能导因于棘间韧带（Interspinal ligament）或棘上韧带（Supraspinal ligament）的骨化。

在白垩纪末期，马达加斯加是座岛屿，在2000万年之前与印度次大陆分离出来。马达加斯加往北方漂移，但纬度比现代还往南10到15度。白垩纪末期的普遍气候为半干旱，在气温与降雨量上有明显的季节变化。玛君龙栖息于岸边的泛滥平原，该泛滥平原被许多含砂量高的河道所分隔。强力的地理证据显示，在雨季的开始时有周期性的土石流流经这些河道，将干季死亡的生物尸体掩埋，提供了化石化的环境。该地区的海平面在马斯特里赫特阶时期上升，可能持续到古新世，所以玛君龙可能漫游于海岸环境，例如潮坪。而邻近的贝立佛查组则代表了同时代的海相环境。