玛君龙如同其他阿贝力龙科恐龙，玛君龙是种二足掠食动物，拥有短口鼻玛君龙部。虽然目前并不清楚前肢的完整样貌，它们的前肢非常短，而后肢较长、较粗壮。
玛君龙可从以下特征与其他阿贝力龙科恐龙分辨出来，例如：较厚的头颅骨、口鼻部上方的表面不平较厚骨头、以及头顶上的一根圆形角状物；这个角状物起初曾被误认为是厚头龙类的颅顶。玛君龙的上颌与下颌牙齿比大部分阿贝力龙科恐龙还多。

玛君龙目前已发现数个保存良好的头颅骨与大量的完整骨骸，并在近期成为南半球的兽脚亚目恐龙中最广受研究的一种。玛君龙似乎与印度的阿贝力龙科恐龙关系较近，而离南美洲与非洲的阿贝力龙科恐龙较远，这点在生物地理学上有重要的意义。

玛君龙是该生态系统的顶级掠食者，主要猎食蜥脚下目恐龙，例如掠食龙；玛君龙也目前唯一有直接证据显示同类相食现象的恐龙。

对于玛君龙来说，它们最血腥的事就是同类相食。玛君龙同类相食的证据来自于它们骨骼化石上的玛君龙齿痕，这种齿痕与玛君龙的牙齿大小和间隙完全匹配。
玛君龙身长约20英尺(约合6米)，曾经于7000万年前生活于马达加斯加平原之上。研究人员介绍说，在当时也存在身体瘦小的靠采摘植物为食的同类。研究数据显示，玛君龙不仅仅以靠采摘植物为食的同类为食，有时也以自己的家族同类为食。相对于其他动物来说，恐龙之间的同类相食相对常见，但证据很少。

与大部分的兽脚亚目恐龙相比，玛君龙的头颅骨相当著名，而且类似其他阿贝力龙科恐龙的头颅。如同其他阿贝力龙科的头颅，玛君龙的头颅长度与高度比例较短，但没有食肉牛龙那样短。大型成年个体的头颅骨长度约60到70厘米。前上颌骨使得口鼻部前端非常钝，这是阿贝力龙科恐龙的典型特征。
然而，与其他阿贝力龙科恐龙的头颅骨相比，玛君龙的头颅骨宽度较宽。所有阿贝力龙科恐龙的头颅骨都有粗糙不平的表面，玛君龙也不例外。玛君龙的鼻骨特别厚，并且互相固定，鼻骨的下半部有个低鼻脊。头顶的固定额骨有个明显的半球形角状物。

在玛君龙存活的时候，这些结构可能由某种结构所覆盖，可能由角质所构成。
电脑断层扫描显示这些鼻部结构与额角拥有中空空间，可能用来减轻重量。玛君龙的牙齿有短齿冠，这是典型的阿贝力龙科特征；而玛君龙的上颌骨与齿骨分别有17颗牙齿，是阿贝力龙科当中最多的，除了皱褶龙以外。

玛君龙的颅后骨骼极度类似食肉牛龙与奥卡龙的颅后骨骼，这两个属是其他曾发现完整骨骸的阿贝力龙科恐龙。玛君龙是二足恐龙，拥有长尾巴，以平衡头部与胸部，使得重心位在臀部。
虽然颈椎拥有许多空间以减轻这些部位的重量，但还是有加大肌肉附着在上面，而肋骨互相连错、加强，所以颈部还是很结实。颈部肋骨有骨化肌腱附着，如同食肉牛龙。
不同的是，玛君龙的颈部肋骨侧边有长凹处，以渐轻重量。综合以上特征，玛君龙的颈部强壮、充满肌肉。

肱骨是前肢唯一被叙述的部份，肱骨短而弯曲，极度类似食肉牛龙与奥卡龙的肱骨；这显示玛君龙可能拥有非常类似的短前肢与四指。如同其他阿贝力龙科恐龙，玛君龙的前肢使身体相比，短而结实。
玛君龙的胫骨比食肉牛龙的胫骨还要结实，膝盖部位有明显的突出。距骨与跟骨互相固定着，脚部有3根具有功能的脚趾，而最小的第一趾并未接触到地面上。

玛君龙被分类于兽脚亚目的阿贝力龙科演化支，而阿贝力龙科与西北阿根廷龙科共同组成阿贝力龙超科，阿贝力龙超科则是角鼻龙下目的一个分支。阿贝力龙科恐龙的特征是：高头颅骨、钝口鼻部、面部骨头的凹凸不平表面（与鲨齿龙科的趋同演化结果）、缩短的前肢（与暴龙科的趋同演化结果）、以及结实的后肢。

如同许多的恐龙科，阿贝力龙科内部成员的演化关系非常混淆。数个亲缘分支分类法研究显示在系统发生学上，玛君龙与南美洲的食肉牛龙有接近亲缘关系， 而其他属则无法确定演化位置。一个最近的研究，使用最完整的资讯，不将玛君龙与印度的胜王龙、印度龙分类于同一演化支，而是与南美洲的食肉牛龙、肌肉龙、爆诞龙、奥卡龙、阿贝力龙、以及非洲的皱褶龙分类于同一演化支。这个研究使得阿贝力龙科可能别在西冈瓦纳大陆与东冈瓦纳大陆形成个别的次演化支。需要更进一步的发现与研究才能协助了解阿贝力龙科与玛君龙的详细系统发生学。

在马达加斯加西北部马哈赞加省发现的许多破碎化石，在过去100多年来经由法国籍人员发现，其中许多目前存放在巴黎国家自然历史博物馆。2在1955年，René Lavocat在发现第一个标本的同一地区梅法拉诺组，发现了一个兽脚亚目的齿骨与牙齿。这些牙齿符合Depéret首次叙述的标本，但大幅弯曲的颌部骨头与斑龙、伤龙有极大不同。

Lavocat将它们重新命名为玛君龙（Majungasaurus），属名由马哈赞加省的旧名马任加省（Majunga Province）以及希腊文的蜥蜴所构成，并将这个颌部骨头列为模式标本，存放在巴黎国家自然历史博物馆。在1979年，汉斯·戴尔特·苏伊士（Hans-Dieter Sues）与菲利普·塔丘特（Philippe Taquet）将玛君龙第四号标本的圆顶头颅碎片，叙述成一个新的厚头龙类恐龙，名为玛君颅龙（Majungatholus atopus）。这是首次在南半球发现的厚头龙类恐龙。

在1993年，纽约州立大学斯通尼布鲁克分校与马达加斯加的安塔纳那利佛大学展开了马哈赞加盆地计划，挖掘并研究马哈赞加省贝立佛查村附近的晚白垩纪地层中发现的化石与地质。第一次的挖掘活动发现了数百颗兽脚类恐龙的牙齿，经鉴定后属于玛君龙，有些牙齿附着在一个前上颌骨之上，该前上颌骨在1996年被叙述。而接下来的七次挖掘活动发现了数万件的化石，其中许多化石属于新的物种。马哈赞加盆地计划在该地区发现了原有已知化石物种的五倍

在1996年，这个挖掘团队发现了一个保存极良好的完整兽脚类头颅骨（菲尔德自然历史博物馆PR 2100标本）。头颅的顶部有个半球形隆起物，类似苏伊士与塔丘特所叙述的玛君颅龙。在1998年，玛君颅龙再度被叙述为阿贝力龙科恐龙，而非厚头龙类。虽然玛君龙（Majungasaurus crenatissimus）的命名比玛君颅龙（Majungatholus atopus）还早，但叙述者认为玛君龙模式标本的齿骨过于零碎，而没有足够的把握将它与头颅骨分类于同一物种。