医院科室设置齐全，设有急诊科、内科、外科、妇科、产科、儿科、口腔科、眼科、耳鼻喉科、麻醉科、重症医学科（ICU）、生殖科、感染科等临床科室。设有功能科、检验科、影像科、内镜中心等医技科室及体检中心和行政后勤综合科室，固始县120急救指挥中心建在其中。目前医院重点学科有创伤急救、微创外科、普外科、胸外科、骨外科、泌尿外科、心血管内科、神经内科、消化内科、肾内科、眼科、透析中心等多个科室。拥有西门子64排螺旋CT机、西门子1.5T核磁共振、自动血球计数仪、全自动生化分析仪、全自动电解质分析仪、彩色多普勒B超、奥林巴斯胃镜、肠镜、宫腔镜、多功能麻醉机等大型仪器设备。