标识系统还原宫城
在陈薇领衔设计的规划书中提到，当时这个保护规划时间跨度为20年，其中按照时间顺序，大致要点为明故宫中轴线中心区的完整保护与展示，即御道街的景观改造、两个遗址公园的本体展示和环境改造；明故宫宫壕的沟通与环境整治；三大殿遗址考古保护棚；复建宫城东北角楼；乾清宫、省躬殿、坤宁宫、社稷庙、太庙的考古展示；西安门、东安门、东华门、西华门等遗址公园的完整与建设等。同时，文物部门还将在明故宫遗址上竖立标识系统，标记出明故宫内各大殿、水系、道路的布局。这样，在不用复建所有宫殿的情况下，却能让人们对600年前的皇宫有个总体了解。
而此次国家文物局的批复书中提到，为了加强对已有考古资料的研究，将由专业考古研究单位在明故宫遗址上补充开展必要的考古工作，明确明故宫遗址的布局特征、营造方式及遗迹保存情况，为环境整治及标识展示工程的实施提供依据。三大殿台基遗迹及两宫生活区的环境整治及标识展示工程，则应注意控制总体景观环境，突出遗址氛围，恰当体现明故宫遗址的核心价值。应深化标识系统的内容设计。科学、全面、准确地阐释遗址内涵，并尽量做到通俗易懂。

当中民国建筑原址保护
不过，目前，遗址中有民国时期建起来的明故宫飞机场，国民政府多个中央机构也建在明故宫原址上。中国第二历史档案馆（原国民党中央党史史料陈列馆）、钟山宾馆（原励志社旧址）以及原国民党中央监察委员会旧址等建筑均为民国建筑。在将来的明故宫遗址核心区的环境整治中，这些民国建筑怎么办？而记者从相关专家处了解到，这些民国建筑将进行原址保护。