投身足球后，鲁能与足协的关系一度不错。2004年中超元年，实德老板徐明联合国安、中远、深圳等6家俱乐部投资人发起了一场以“政企分开、管办分离”为主要目标的足球改革，得到球迷响应，这是中国足协组建职业联赛以来面临的最大危机。时任足协专职副主席阎世铎眼看位置不保，危难时刻，鲁能站在足协这边，最终足协顺利平息内乱。
2005年鲁能在亚冠赛场上被伊蒂哈德淘汰，客场比赛中球队遭到主裁判严重误判，赛后图巴、郑智、巴辛受到亚足联停赛半年甚至时间更长的处罚，中国足协力挺鲁能，帮助鲁能上诉，最终成功减刑。
不过，在足协和鲁能相继更换掌门人后，两者之间的关系越来越冷淡。最近几个赛季，鲁能连续在裁判问题上吃亏，申诉基本上没有成功过，一个重要原因是鲁能在足协内部没有能捎话的人，已经远离了足协所主导的“朋友圈”，所以屡屡吃亏。
2011赛季与天津泰达的比赛，马宁的拙劣执法让鲁能败北。对于鲁能的申诉，足协副主席于洪臣那句“玩不起就别玩”犹言在耳。这句色彩很鲜明的话从足协高层口中说出，不难理解，足协名义上以振兴中国足球为己任，实则官僚主义做派十足。
也就是在“官本位”思想的作祟下，作为行业协会管理人员，足协对内注重自己的权威，对于那些向自己发起挑战的俱乐部严厉打击，连续向鲁能开出罚单，就是表现自己绝对威武的“免费广告”。
但是中国足球的外部环境却非常恶劣。恒大与西悉尼流浪者的亚冠四强争夺战，首回合西亚裁判的“黑哨”改变了整个系列赛，有人质疑亚足联是幕后的真正黑手。对于郜林、张琳芃的红牌以及里皮的禁赛，恒大向亚足联只是进行了解释，因为中国足协阻止了恒大最初的申诉请求，在这个时候他们不敢多说一话，宛如隐形人。
如果对外足协能像对待鲁能那样强硬，而不是忍气吞声，也许，中国足球的日子还好过些。