侦探工藤新一某一天在调查事件后，目睹了黑衣男正在进行可疑交易。但没有料到，另一名黑衣男（琴酒）从后面接近打晕并强灌毒药APTX--4869，致使身体变小。为了不暴露身份和寻找黑衣男，工藤新一化名为“江户川柯南”，寄住在青梅竹马毛利兰的家中，想借助毛利兰的父亲毛利小五郎（侦探）来找寻黑衣组织。不料小五郎经常做一些“发育不良”的错误推理。作为侦探，柯南实在看不下去，帮助小五郎破了许多案子，大叔得以名声大震，成为“沉睡的小五郎”，并继续追踪黑衣组织及其成员。