不吐槽，主角变男比卡女比卡。

主角生日，cos皮卡丘去参加生日party（为啥不cos一只神兽...），与老妈对话，被耻笑了...进去与伙伴对话，再次被取笑...

开着开着party主角穿越了，来到了精灵世界，变成了一只真的pikachu，然后遇到本作另外两个酱油主角——小火鸡与菊草叶。菊草叶邀请主角加入救援队，无家可归的主角找到了归宿~就这样，渣渣三人组成立（注意这三只精灵是不可以进化的，还是用来当交通工具吧）。三人现在去找迷路的绿毛虫，进入迷宫（迷宫采取救援队系列游戏的迷宫形式，只有一条路，而且没回头路，所以迷宫还是很好过的），走着走着遇到迷路的绿毛虫，突然一只雷电兽出来把绿毛虫捉到下一层。继续往前走，发现原来是另一个救援队抢人头，干掉耿鬼他们的救援队后，送绿毛虫离开迷宫。

救完绿毛虫后，主角到了精灵世界的家，出门调时间。往下走几步见到菊草叶与小火鸡，菊草叶交给主角第一个徽章，并叫主角去Pokemon Hall找沙奈朵。沙奈朵承认三人救援队员的身份并交给他们一个任务——调查Fortune Valley道路堵塞问题。现在主角先回家睡觉，第二天出家门小火鸡带上主角进入迷宫，途中小火鸡会给主角HM01。进入峡谷，见到发疯的岩神柱，战胜他后岩神柱恢复正常，但貌似失去发疯时的记忆。任务完成，主角又回到家。

出家门菊草叶又来了，她叫你去见沙奈朵，沙奈朵感谢众人解决峡谷事件，并再交给三人一个任务——去Boquet Field救某个不知名精灵。回家睡觉，第二天出发。出门火鸡带你去迷宫，来到Boquet Field发现某个酱油救援队再捉拿一只叫Rose的伊布，他们说她是人类变化而来，三人出手救下伊布。主角与Rose对话得知她就是当时参加party的伙伴之一。三人带着伊布回到村中，主角再次回到老家。

出门找沙奈朵，她感谢我们救下伊布，期间Rose叫主角过来谈话，她说接受不了变成精灵的事实后出去了，而菊草叶与小火鸡也得知主角是人类的事实。出去和Rose对话，带她出去散散心，进入迷宫。来到海边，遇到一只化石飞龙袭击，打跑他后，Rose心情变好了，再次回老家。

出家门这次是伊布找，再去找沙奈朵，得知Rescue Hall正式承认他们为正式救援队，并准备给他们徽章。出去找袋龙，得到第二个徽章，正准备去庆祝的时候，绿毛虫又出现了。得知他妈被一群飞天螳螂围攻，又要去救人了（得到go-go护目镜）...进入迷宫，在平原地区进入沙漠。穿过沙漠又进入一个森林，在森林深处遇到对峙双方，打瘫一堆螳螂后回到老家。

出门找袋龙，接到新任务——飞天螳螂的挑战，通过凯西的传送进入地图。进入山洞，参加一个类似竞速的比赛，先和旁边的凯西对话拿宠物盒子，然后参加比赛，只要比赛中比螳螂队的人先到先到重点就可以继续剧情了，他们先到或时间到了都算输，要重新挑战。到达终点后螳螂出现想耍赖，给他们老大阻止了，和地鼠对话后离开比赛。和外面的凯西对话回老家。

出门找袋龙，得到新任务（主角又吐槽了），去帮助某只迷你龙，得到HM05，进入迷宫。在山洞门口与迷你龙对话，迷你龙想你护卫他进入山洞找天空龙，进入山洞。在山洞水边迷你龙会载着主角过去，进入冰洞后一只冰牛跳出= =。战胜后继续前进，在山顶见到天空龙，迷你龙想加入龙族的组织被天空龙拒绝了，迷你龙感到不公平，把天空龙惹怒了，三人对战天空龙。战胜天空龙后，他还是不改变决定，这时一个声音冒出来找天空龙，天空龙就离开了。那个声音是天堂龙（Angeallen，自译）的，天空龙的宿敌。这时发现迷你龙是主角party另一个伙伴Steve，迷你龙加入（总算有一只能进化的精灵了...），主角回老家。

继续找袋龙，得到第三个徽章，袋龙告诉三人暂无任务，这时去找绿毛虫，他会给你HM06，并请你和他一起去捡破烂，进入迷宫。碎石进入山洞，在山洞内遇到耿鬼三人，再次把他们秒掉吧，战胜他们后，阿勃梭鲁提醒主角小心耿鬼的报复，并得知一开始救绿毛虫他撒谎迷路了。进入下一层，能找到各种金珠、星沙珠值钱物品。绿毛虫也透露出他知道主角是人类的事实，虽然他发誓不会说出去，但不小心给耿鬼听到了。回到老家。

来到广场，发现Rose，即伊布进化为光伊布。与袋龙对话，得知还是没新任务。此时发现在广场右边，耿鬼在大肆宣扬主角是人类，并要大家把主角赶出村庄，可是巴大蝴提出要赶耿鬼出去，得到了大家的响应。赶跑耿鬼后大家都散了，主角回老家。

出门找袋龙，还是没有新任务。这时去找绿毛虫，他会摆脱主角帮忙去找东西，进入迷宫。来到海边，绿毛虫说应该有只乘龙在等他，可是一直没来，大家只好回家了。

离家来到广场，发现所有人都被石化，原来是人类来捕捉精灵。战胜两个精灵猎人后，首领出现，战胜首领后，首领将三人捕捉。这是经过一段时间黑屏后（按A），主角出现在一个混沌世界（就是精灵球里了）中，在寻找出路的时候会听到断断续续的对话声，在不断前进时，突然有个神秘声音响起，将三人释放出来。被释放出来后，三人给一个精灵猎人发现，战胜他后他叫来更多的人，三人只好从洞里跳下飞机。

离家刚上桥，菊草叶、小火鸡和光伊布联袂而来，原来是广场的精灵都复原了，他们要报复人类，大家马上卷被铺走人，光伊布加入，进入迷宫。从穿山王旁边的楼梯下去，走了两层，画面返回穿山王处，广场中的精灵已经追了上来。来到海边小屋，与屋前女性Aerith对话，进入屋中点床休息，再出房子穿山王领着大部队已经到了，他们一定要捉住主角一行人，不得已只能先战胜他们了。战胜后主角上前解释，Aerith和绿毛虫也出来劝阻，原来Aerith就是和绿毛虫一直做交易的人，经过劝阻大家都认识自己的错误。这时，主角意识到穿山王就是他们十三的另一个伙伴Jagold。在旁边，天堂龙默默注视着发生的一切...主角回到老家。

上前一步看见以前捉拿光伊布的椰蛋树与斗笠菇在做守卫，热带龙出现打圆场。进入Poketropolis大厅，从右边楼梯下去见大钢蛇分配任务，主角队伍为接受训练1，进入迷宫。击败训练石的守卫后，回去找凯西，他会帮大家传回Poketropolis地下。

再去找大钢蛇，他说昨天的训练不合格，要求主角重做，进入迷宫。战胜训练石守卫再与凯西对话离开。再去找大钢蛇，终于过了训练1了，然后新任务是去采树果，进入迷宫。来到有树果的地方，发生剧情。返回Poketropolis地下。

继续找大钢蛇，他感谢主角昨天收集树果冰给主角第五徽章，今天的任务是训练2，进入迷宫。依旧是战胜训练石守卫后回去找凯西。再去找大钢蛇，他说主角已通过昨天的训练2，今天是训练3，依旧是昨天的地图，一样的程序。

好吧，继续找大钢蛇，训练没通过，今天任务是收集树果，进入迷宫收集树果。再找大钢蛇，今天任务是继续训练，完成老三套程序后训练结束。去找大钢蛇，大钢蛇说主角的救援队已经完成所有训练，并给予第六徽章。新任务是去阴影峡谷收集树果，出发前火球鼠提醒主角要小心峡谷的流沙，进入迷宫。在流沙处活用SL方法，很快就能过了。到达收集树果处，地之守护者种爪猴（Clauseed，自译）出现，说要把主角他们赶出去，战胜他了解到原来他把主角误认为阴影的跟随者。收集完树果又回到Poketropolis地下。