再去找大钢蛇吧，下一个任务是被遣送到Rintah Hamlet营救那的居民，进入迷宫。在路中受到月神猫（Felinar，自译）的劝阻，叫他们不要接近阴影，用实力说话，打败她后她说自己是月亮守护者，也是美梦神的另一形态，继续前进。到了Rintah Hamlet，在美丽花手中救下一只菊草叶，发现受到阴影影响的精灵打败他后就能恢复正常。再往前敲醒另外一堆被影响的精灵，像热带龙解释后，回到Poketropolis地下。

再去找大钢蛇，得到第七徽章，新任务进入Shadow Valley，阻止阴影，在Shadow Valley，经过每个镜子都会触发战斗。在迷宫金盒主角找到了阴影的洞窟，却被被控制了的天堂龙和冥狱龙击伤，其余众人赶来击败两龙。众人为了救回主角返回Poketropolis。

继续大钢蛇，向大钢蛇证明自己伤势全好后，再次进入Shadow Valley，进入迷宫。进入上次找到的山洞，在里面找到月神猫，对话后传送至内部。在内部战胜被阴影迷惑心智的元素守护者种爪猴、水龙鱼、加鲁鹰（Garudine，自译）（风之守护者）、暗视狼（Spyre，自译）（火之守护者）和两神龙天堂龙和冥狱龙，上楼梯进入到疑为宇宙的异空间中，见到了阴影的始作俑者——鬼龙Giratina。连续战胜两次后鬼龙逃跑，山洞开始崩塌三人马上离开。两个星期后，穿山王来到了阴影峡谷被封闭的山洞前，被再次出现的阴影袭击...

画面转回在老家的主角，袋龙通知你们生命龙想在Oceania Isle见你们，而且现在去3D龙2那可以进行存入取出精灵了，得到第八徽章。再次与袋龙对话可以到达Oceania Isle。与生命龙对话得知主角他们是来自一个完全不同的时空，也得到了他们另一个伙伴穿山王战胜阴影但被他入侵灵魂的消息。生命龙把他们叫来就是为了在Tower of Fate，命运塔，中解救出他们的伙伴，而且命运塔也是他们回到原来世界的关键。生命龙旁边的石头可以传送回老家。

先去找热带龙，他两个小弟不见了，去帮他找一下吧。一个在生命龙左边的沙滩上，一个在山洞里，要先在洞里拿HM07，洞里有一只比卡丘，好像认识菊草叶和小火鸡的样子，不过就是堵着路不让人进。使用刚得到的攀瀑，再滑下瀑布，就可以找到山洞另外一个出口了。出洞口看到雪米在冲春天守护者春草鹿（Sprinephy，自译）发火，雪米跑了后春草鹿告诉主角雪米觉得她太弱，不敢与阴影对抗，她希望能和主角对战以证明自己强大。战胜她后，主角答应帮忙带回雪米。回到山洞，，堵路的比卡超已经消失了。找到热带龙的另一个小弟。再从另一个洞口出洞，看到耿鬼一队想硬拉雪米入队，但是看到主角出现，耿鬼表示很愤怒。战胜他们后雪米一个吹飞把他们都吹走了，将雪米带去见春草鹿，雪米说要加入主角对抗阴影，雪米加入~

回去找热带龙，那魂淡还没走啊，不过他说快滚蛋了，先等等吧。从岛右边冲浪，进入洞窟。看到刚刚那只皮卡丘和班吉拉在欺负古拉顿，先把他们打跑。战胜后自动传出洞窟，现在回去找古拉顿，战胜后他会加入。回去找生命龙，得知了那只皮卡丘和班吉拉以前大钢蛇未来时作恶多端。再对话一次，她说进入塔的时机来了，但是鬼龙入侵了穿山王后因应更为肆虐，明天会进入命运塔。当晚，四人（三喳喳主角 Rose）去赏月，流星飞过（太快了来不及截图...），大家许下了不同愿望。

第二天，热带龙终于滚蛋了，冲浪前进。穿过洋流登岸，来到命运塔。和塔前的皮卡丘对话得知，他以前和菊草叶与小火鸡是一个救援队的，救援队基地的皮卡丘屋因他而来，不过由于某些原因他离队了，并且把它们记忆消除了，现在想归队被众人拒绝。进入命运塔，命运塔一层的机关是点击某个颜色的宝石，该颜色的岩石就会消失（每次只能点一个颜色）。颜色位置顺序请看图。

来到第二层，第二层是就真的是一个迷宫了【走法为：右下左下下右右下左下左下右右下左下左下下右右右上右右上右上（此时向上有一个装了一堆TM的金盒子）右下下下右右右上上左上】。在第二层见到穿山王，穿山王要主角攻击他，主角做不到。突然间，主角进入了一个谜空间在尽头看到穿山王和鬼龙，战胜他们后穿山王与鬼龙合为一体。鬼龙以最终形态出现，再次战胜他后，穿山王恢复正常，穿山王加入。

在主角离开后，皮卡丘、菊草叶和小火鸡的救援队接到很多求助信件，并告诉两人清除他们的记忆是为了避免他们受到班吉拉的伤害；耿鬼一队依旧四处拉人进入，这次找上了古拉顿和爱翼鹅，被虐了回去；主角回到他们的世界，但在他们的世界，时间只过了两分钟。

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完结！！！！！

然后，镜头又变成了皮卡丘，出去后还是和伊布去海边散心的剧情，不过看了一开头那一点稍稍不同的剧情，貌似这只皮卡丘是非人类那只皮卡丘。到此处，游戏可以说是完结了，继续玩下去就是bug，到了海边散心无剧情触发。