飞回老家，老家突然多了一个道馆，刚想进去男二号出现，对话后去挑战格斗道馆，战胜馆主得到怪力徽章。现在去SILKWIND TOWN，往上冲浪到达HEAVH联盟。到达联盟开始攻略地球团作战会议，得知将要面对的对手为骑拉帝纳，帝国公主说他们那有裂空座，请主角去帮忙唤醒。作战会议结束后飞回老家，往右上走来到FRUITS' BASKET，公主领你进去大门内，再去LEON EMPIRE的路上遇到月神猫与另一不知名神兽（斯比哲兔，一般线二级神兽），不知名神兽离开，月神猫与骑士对峙。现在往下可以找到那只神兽，点它就会离开，三次后进入捕捉剧情（50J）。这时回去发现月神猫已不见。

进入LEON EMIPLE（后面会有艰难对战，如果对自己队伍不自信的玩家请准备一只有特毒、耐久高的精灵），看到男二号与公主再调情。见到主角来了后三人一起去觐见国王，国王让他们去见裂空座。进入城堡里的山洞见到裂空座，裂空座答应会帮忙。这时一行人来到了龙城，最终决战开始了。穿过山洞来到最终决战地点，发现另外两头神龙裂空座和冥狱龙也被控制。这时骑拉帝纳灭世，突然听见一声悲鸣....

正线
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现在跑去OCEANSHINE CITY，往下冲浪直达BREEZE ISLAND，与基地门前的守卫对话这时他会邀请你加入地球团，选no进入正线。拒绝他后把他A掉，进入基地，在基地底部发现潜水艇，LEANA出现，可是他们已经跑掉了。刚出基地，LEANA又出现，她把找到的APRIL的图鉴交给主角。画面回到OCEANSHINE CITY的沙滩，刚走出去LEANA又出现...她说主角能在护林员基地找到她。

护林员基地在SILKWIND TOWN左边，进去看到路人脸的LEANA，与她对话，她请求主角去MOUNT KRYSTAL看下，有一群不明身份的人向那进发。去就去吧，从老家往上穿过KRYSTAL PATH就是了。在路上看到男二号，自言自语地走了，LEANA出现，说了几句也离开了。进入山洞，在快要到出口时见到一个地球队成员，A掉。出了山洞见到男二号、LEANA、NICOLAS和天堂龙。突然间地球团成员出现，其中一个是男二号她姐，不管这么多了，A掉再说。战胜后他们用吹飞把主角、男二号和LEANA吹走，捕获了天堂龙和NICOLAS。

这时主角又进入混沌状态，A掉谜之怪兽后发现正躺在床上。下床后老妈关心几句离开。现在可以去护林员基地，也可以去打第六道馆（注意：此时由于剧情原因，精灵存放系统错乱，不能存入和拿出精灵）。本人建议先去打了第六道馆，可以飞空。第六道馆在LUSTERSAND TOWN，在去LUSTERSAND TOWN的路上遇到JIMMY2次，A掉。与道馆内某精英男对话，得知馆主不在，A掉他。再和在外面吹风的馆主对话，挑战（无特定属性），战胜得到协调徽章与HM04。

飞回去SILKWIND TOWN，想左去护林员基地。在护林员基地门前看到一脸沮丧的的男二号，听他诉完苦后进入基地，进入左边的隔间，得知精灵存放系统被黑，科学家请主角进系统帮忙，这时男二号突然出现加入帮忙。进入网络世界，A掉一只哨兵病毒。现在去破坏病毒产生装置，一共8个，再加回复盒1个，A掉后点回复盒传送到新区域。与男二号合流，A掉（或捕捉掉）母体病毒（可捕捉，正线二级神兽），完成后回到老家。

这时主角到了已经被净化的阴影峡谷，当主角正准备进入山洞时一男子出现，发现了主角，但不可思议的事他竟然触碰不了主角！男子把主角领回家，主角正准备出门时，听到镇中的人在议论声。多次后还有人叫他出去，人们都说主角是灭世之人，这时SHAMAN给主角辩解，并说主角不是这个时间轴的人（玩了命运1的玩家应该能知道这是在哪条时间轴吧），这时主角消失，出现在雪米面前。雪米出现，并将主角带回他本应存在的时间轴的阴影峡谷。离开山洞，J.B.Crosell告诉他骑拉帝纳飞离了反转世界，并对主角为何没成为骑拉帝纳的寄生体感到好奇。正当主角在海边考虑刚发生的事时，CLAIRE出现，她安慰主角并说萨满可能会帮到他。现在去RINTAH TOWN找萨满，告诉她关于骑拉帝纳的事情。

飞回老家，老家突然多了一个道馆，刚想进去男二号出现，对话后去挑战格斗道馆，战胜馆主得到怪力徽章。现在去SILKWIND TOWN，往上冲浪到达HEAVH联盟。到达联盟开始攻略地球团作战会议，告知大家将要面对的对手为骑拉帝纳，帝国公主说他们那有裂空座，请主角去帮忙唤醒。作战会议结束后飞回老家，往右上走来到FRUITS' BASKET，公主领你进去大门内。

进入LEON EMIPLE（后面会有艰难对战，如果对自己队伍不自信的玩家请准备一只有特毒、耐久高的精灵），看到男二号与公主再调情。见到主角来了后三人一起去觐见国王，国王让他们去见裂空座。进入城堡里的山洞，刚进入时会听到雪米呼唤，可是一会又消失了。见到裂空座，裂空座答应会帮忙。这时一行人来到了龙城，最终决战开始了。穿过山洞来到最终决战地点，发现另外两头神龙裂空座和冥狱龙也被控制，而骑拉帝纳的宿主居然是另外一个主角！这时骑拉帝纳灭世，突然听见一声悲鸣....

邪线
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现在跑去OCEANSHINE CITY，往下冲浪直达BREEZE ISLAND，与基地门前的守卫对话这时他会邀请你加入地球团，选yes进入邪线。同意加入它会让你跟他进入基地地下，在地下潜水艇旁与他对话。这时LEANA出现，会让你再选择一次线路，选yes继续邪线（选no回归正线），把她A掉。主角乘着潜水艇来到了地球团的真·基地，去基地楼上见头目GAIA,她交给主角一个任务，去MOUNT KRYSTAL捕捉天堂龙。

上潜水艇直达MOUNT KRYSTAL，进山洞到山顶，进到男二号、LEANA和NICOLAS，A掉NICOLAS，吹飞男二号和LEANA，NICOLAS&天堂龙入手。回去见GAIA，她给你去基地地下的权力。现在去基地低下，里面有个说话口齿不清的科学家，他叫你帮忙黑掉精灵存放系统。进入网络世界，男二号出现，A掉，回到现实世界。

上楼见GAIA，新任务派发，去城都地区找一个叫命运红宝石的东西，坐上潜水艇到达某个小岛。进入山洞，在山洞内找到宝石，离开。与DIANNE对话回到基地。主角把宝石交给GAIA后，她说要等数据分析结果出来。现在去楼下找科学家，再次进入网络世界，破坏掉病毒装置（8个），破坏完后点道具包回到现实世界。准备上楼时突然地震，基地爆炸。

现在到了MINERAL CAVE，与MARK对话后走去山洞深处，进入山洞深处时有一只暗水螅挡路（邪线二级神兽），A掉或者捉了。（在山洞中有一个类似绿色钻石的东西，这关乎到你二周目选择雪米还是骑拉帝纳，如果你忽略它，二周目入手骑拉帝纳；如果去点一下它，二周目雪米复活，入手雪米）出山洞到达SHADOW VALLEY（阴影峡谷｝。在峡谷刚走几步听到不知名声音呼唤（还有另外一个方法，就是找到峡谷里8个小草样的植物，点击，那二周目雪米会复活，入手雪米，不过这方法不推荐，因为要找齐8个有点难度），在峡谷深处见到GAIA和MARK，他们召唤出骑拉帝纳，想让主角当它的守护训练师，或者说宿主。这时该声音再次出现，救下主角。

现在跑去LUSTERSAND TOWN（不能飞空不幸福），与道馆内某精英男对话，得知馆主不在，A掉他。再和在外面吹风的馆主对话，挑战（无特定属性），战胜得到协调徽章与HM04。飞去SILKWIND TOWN，向上冲浪到达伊弗联盟。进入联盟看到正在开作战会议的众人，由于大家的求情，LEANA选择暂时原谅主角。主角告知大家将要面对的对手为骑拉帝纳，帝国公主说他们那有裂空座，请主角去帮忙唤醒。作战会议结束后，由于邪线不能回老家，先飞去HIGH POINT TOWN，再走去FRUITS' BASKET，公主领你进去大门内。

进入LEON EMIPLE（后面会有艰难对战，如果对自己队伍不自信的玩家请准备一只有特毒、耐久高的精灵），看到男二号与公主再调情。见到主角来了后三人一起去觐见国王，国王让他们去见裂空座。进入城堡里的山洞，刚进入时会听到雪米呼唤，可是一会又消失了。见到裂空座，裂空座答应会帮忙。这时一行人来到了龙城，最终决战开始了。穿过山洞来到最终决战地点，发现另外两头神龙裂空座和冥狱龙也被控制，而骑拉帝纳的宿主居然是另外一个主角！这时骑拉帝纳灭世，突然听见一声悲鸣....