一周目攻略
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游戏开始，男二号KEVIN出现。男二号正准备带主角回家，萨满出现，尾行出现两个黑暗组织成员。萨满给主角一只精灵（自选火叶御三家），赶跑两人后，设定时间。

画面转到主角家，刚起床男二号又出现，出门前和老妈对话，跑步鞋get！出门又遇男二号，来一局。战斗后发现某女带着某神兽走过，男二号离开，老妈出现说他给主角报了个神马培训班的，叫他马上去SILKWIND TOWN赶船。

来到PC中心，RICHARD那家伙占着位置，再次作出宣告又走了。现在回到港口，已经可以进去了，可是和乘务员对话后还不能上船。往上走，遇到刚刚堵港口的混蛋，抢了主角的精灵去捉精灵，还给主角后又说抒抉精灵弱，先把他虐一顿，战胜后得知姓名LIGHT。回到SILKWIND TOWN，挑战飞行道馆，战胜馆主后，她说主角没有图鉴，不能登录信息，所以给了徽章也没有用处。现在可以回港口上船了。

到了船上，与船板的男三号对话，得知姓名RYAN，对话后会自己房间休息，睡醒后男三号会叫主角下船。进入学院，随便进一个教室上课，在六个课室上完课后可以去楼下上对战课程。上课期间黑暗组织来袭，大家都躲进了山洞，临出山洞时男三号送主角一个图鉴（为毛你有这东西）。

跑路去RAINLEAF TOWN（真累），挑战草系道馆，战胜馆主后得到生命徽章。馆主还叫你去LOW POINT PATH帮忙对抗暗黑组织。先去RAINLEAF TOWN的PC中心，还没进去就遇到男三号，送HM06。现在可以跑去LOW POINT PATH了，过老家右边的桥时，LIGHT出现，A掉。按照老路走一次LOW POINT PATH，碎石来到HIGH POINT TOWN。刚刚进城镇看到那两个帝国骑士，主角虽然战胜了他们，但还是给他们以武力手段捉住。这时突然间进入混沌状态，某只不知名怪物出现，战胜后主角清醒过来，发现已经被囚禁了。与LEANA对话往下走一步触发剧情，LIGHT出现救下两人。出了房间后，发现黑暗组织的人逃脱。

刚要离开HIGH POINT TOWN，LIGHT出来搭讪，他告诉主角他曾是暗黑组织中的一个高层然后就离开了。现在请赶回老家，进入老家下方的森林，堵路的人消失了，刚走两步男二号和RICHARD出现，RICHARD把男二号A掉后离开。再走两部看到两黑暗组织的人，CHAIRE也出现了，A掉黑暗组织的人，掉落POKEGEAR（POKENAV），主角拿上。从新出口离开森林，往下走几步又看到CHAIRE，这次还有加百列狮，A掉。继续吓走来到BOULDER CITY，整个城市都被黑暗组织的人占领了。进入道馆，A掉两个黑暗组织成员后，被假馆主推倒进入一个山洞，在山洞里边看到真馆主和城市居民，馆主和一群城市居民杀回了城市。再去道馆，男二号和LEANE来混助攻，A掉假馆主，跑掉两个人。

这时跑回去BOULDER CITY，刚准备走，某男BLITZ出现，对话后离开。来到BOULDER CITY，A掉馆主拿到力量徽章。出道馆发现天堂龙飞过，向右走出城镇，发现天堂龙被黑暗组织包围，还用冰冻宝玉把天堂龙冰封。这时主角又进入混沌状态，谜之怪兽再出现。醒来已经是在BOULDER CITY，去BOULDER CITY的PC中心后面触发剧情，见到天堂龙的守护训练师NICOLAS。对话剧情结束后，请马上赶到老家上方的KRYSTAL PATH...

KRYSTAL PATH与某山男对话得HM03。再回去BOULDER CITY...往东来到MINERAL CAVE，与精灵猎人J.B Crosell对话，A掉他。出山洞右走遇见男三号，对话后离开。再右走遇见NICOLAS，A掉。进入RINTAH TOWN，再与NICOLAS对话一次。与SHAMAN对话一次，好了，你可以回去BOULDER CITY了...

在桥上偶遇LEANA，突然间地震主角掉海，再次进入混沌模式A掉谜之怪物。醒来后到了BREEZE ISLAND，某女生APRIL出现告诫主角快离开，这时一地球团成员出现，A掉，可是精灵和图鉴都给他抢走，只能跟他去基地了。去牢门前的成员对话后，APRIL出现救下主角，这时就赶快去找回精灵滚蛋了。先上某个楼梯进房间接电话，然后成员大部分都离开了，在门口那上楼梯在房子深处找回图鉴和精灵，可是徽章却全部不见了。刚准备离开屋子，给人发现了，A掉离开。来到海边，这时APRIL放出自己的乘龙让主角离开，自己一个人挡住追兵。

集齐前5个徽章，现在跑去RINTAH TOWN，发现黑暗组织正和一群主角的朋友对峙中，走到SHAMAN旁发生剧情，A掉两个持有天堂龙的黑暗组织成员，黑暗组织逃跑。天空出现一部飞机，正当飞机里的人只会天堂龙毁灭小镇时，冥狱龙出现阻止，此时主角一行人上了飞机。这时进入飞机内部，一直杀进控制室（如果路上有看不见的墙壁挡着，多点两下就好），A掉一小兵和BOSS，飞机坠地。黑暗组织全员捕获，主角第一次救世成功。

现在先到飞机那，得知JIMMY是冥狱龙的守护训练师，对话后LEANA与JIMMY离开。现在有一个非必要剧情，不影响对主线的分支的选择，不过完成了该事件后导航石不会再对你进行分支选择的提醒，以下是该剧情。先进入飞机内部，在飞机三层有个窗户可以出去。进入森林可以发生黑暗组织最后两个漏网之鱼RINO与ZOEY的剧情，得知ZOEY正在寻找她的姐姐APRIL。主角告诉她有关APRIL的死，ZOEY得知她姐可能已死的消息后悲伤离开，RINO跟上。离开森林，又遇到了RICHARD，这猫控做出宣言后又离开，现在可以离开了。

现在开始选分支了，各位注意：
开始前，我先说明一下支线的分别。支线有三条，一般线、正线、邪线，三条线路剧情不同，但不影响二、三周目剧情，因为最后都会进入龙城决战的剧情。另外三条线路捕获到的二级神兽不一样，攻略会详细说明。最后，二周目一开始时，一般线可以选择成为雪米或骑拉帝纳的守护训练师；而正邪两线虽然也是二选一，但要在进行一周目剧情时在某个小细节上做出选择，然后二周目直接入手，攻略会提及，走正邪路线的玩家请认真注意，不然可能拿到不是自己想要的神兽。

一般线
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从RINTAH TOWN向右或在RAINBOW CITY向下去往LUSTERSAND TOWN，在DUSK PATH（从RAINBOW CITY走则在RAINBOW PATH）遇到JIMMY，A掉。在DUSK PATH遇见J.B.Crosell，他说在山洞里有一只珍贵精灵，你进去会发现一只哥斯拉...和它对话就会被它赶出山洞（一般线路入手不能），继续前进。DUSK PATH有一个泥沼地，走错了就会回到原位。SL方法多试几次就能过了。走着走着，在CURRENT PATH突然地震，地球团成员MARK，A掉。往前走几步，遇到JIMMY，A掉。与道馆内某精英男对话，得知馆主不在，A掉他。再和在外面吹风的馆主对话，挑战（无特定属性），战胜得到协调徽章与HM04（得到第六个徽章，终于能用飞空了我去）。

飞回老家，老家突然多了一个道馆，刚想进去男二号出现，对话后去挑战格斗道馆，战胜馆主得到怪力徽章。现在去SILKWIND TOWN，往上冲浪到达HEAVH联盟。到达联盟开始攻略地球团作战会议，得知将要面对的对手为骑拉帝纳，帝国公主说他们那有裂空座，请主角去帮忙唤醒。作战会议结束后飞回老家，往右上走来到FRUITS' BASKET，公主领你进去大门内，再去LEON EMPIRE的路上遇到月神猫与另一不知名神兽（斯比哲兔，一般线二级神兽），不知名神兽离开，月神猫与骑士对峙。现在往下可以找到那只神兽，点它就会离开，三次后进入捕捉剧情（50J）。这时回去发现月神猫已不见。