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清朝改内三院为内阁，设大学士，加殿阁头衔，满汉各半。并且仿照明朝制度，规定凡各处官员上呈的奏章，先由内阁代拟批旨（替皇帝拟出几种处理意见），再进呈皇帝
对于皇帝的诏令，也由内阁下达六部等衙门执行。开始时，由于规定大学士仅为五品官，至使内阁的权势反而低于原内三院。但是由于清朝皇帝利用内阁抑制议政王大臣（满汉贵族参半）会议的权势，使内阁的地位不断得到提高。雍正时，内阁大学士的官位品级升为正一品。自军机处成立后，取代了内阁的许多职权，内阁官员也只是处理一些例行公事了，这时的“大学士”也成了文臣的一种荣称。

军机处设军机大臣，称为“军机处行走”、“军机大臣上行走”，无定员，多者六、七人，一般以特选的大学士、尚书、侍郎等官充任，清末也有亲王入选。领班的军机大臣叫作“首揆”。
军机大臣在军机处轮班值日，准备皇帝随时召见，商议军国大政。军机大臣也要根据皇帝意见拟定谕旨，发布到有关部门，叫作廷寄。当时，内阁发出的各种文件叫“明发”，相比之下，军机处的“廷寄”较明发具有勤、速、密的突出特点。
对于资历浅的军机大臣，授予“军机大臣上学习行走”，其地位稍低，班次在后。军机大臣的僚属称为军机章京，俗称小军机，主管军机处的日常文书工作、撰拟谕旨、文稿等。

总督：一般管辖两省至三省，但四川总督就只管四川一省。例兼兵部尚书和都察院右都御史衔（行政、军事、监察）又可称为“制军”、“制台”。 （各省总督·正二品文职外官）
巡抚：为一省的最高军政长官，例兼兵部侍郎、都察院有副都御史衔（同上）又可称为“抚军”、“抚台”。（巡抚·从二品文职外官）
督、抚之下设布政使，掌管一省的财赋、民政。布政使又可简称藩台、藩司、（布政使司布政使·从二品文职外官）
按察使：掌管一省的司法、监察以及驿传事务。又可简称臬台、臬司。（按察使司按察使·正三品文职外官）
督抚、布政使、按察使，可合称三大宪。
布政使下设左右参政、参议，驻守在某一地方，称为守道。
按察使下设副使、佥事等，可去分巡某一地方，称为巡道。（指挥佥事·正四品武职外官）
（布政使、按察使、安抚使、招讨使、宣抚使、宣慰使各设司佥事、司同知、司经历、
司副使）
（宣禄）专设分守道、分巡道，带兵备衔，管辖府州，叫作道员。在名义上，道应是省的派出行政机构。（各省守巡道员·正四品文职外官）清朝还设立一些专业道员，如负责河务的，负责盐、茶、粮等。（都转盐运使司运使·从三品文职外官）
省下设府，以知府为行政长官，掌管一府的政务及所属州、县的赋役、诉讼等事。此外，顺天府和奉天府，分别是京城和陪都，地位较一般府要高，设府尹为其长官。（顺天府府尹、奉天府府尹·正三品文职京官）
还有与府同级的直隶州，直属于省，以知州为其长官。有属县。又在少数民族地区设立有直隶厅，直属于省，以同知、通判为长官。 （指挥同知·从三品武职外官、通判·正六品文职外官）
府下设县和散州。县是地方行政的基层组织，长官为知县。散州多是因地而特设的，也以知州为其长官。 （各州知州·从五品文职外官、知县·正七品文职外官）

清朝的都察院同明朝一样，是全国最高监察机构。以左都御史、左副都御史为正、副长官（从一品、正三品）。明朝作为独立的监察机构六科给事中（掌院头儿·正四品、隶属·正五品），在清朝归并入都察院。
清朝把全国划分为【十五】道监察区，都察院设十五道监察御史分【掌稽核各道的刑名案件】等，并且有【权稽察在京各衙门事务】。
都察院还在京城设【五城察院】，分东、西、南、北、中五城，每城设一衙门，以巡城御史为长官，专察【京城地方】的机构和官员。
此外，清朝督察院还设有【宗室御史处】，专门【稽察宗人府事务】；设稽察【内务府御史处】，专门【稽察内务府事务】。

太师、太傅、太保……只是对大臣的一种荣誉加衔，或死后所赠。右都御史是总督的加衔；右副都御史是巡抚的加衔；总督和巡抚是地方最高长官，兼了都御史的头衔，就可以有弹劾权。这些都是空衔而不是实职。

吏部：主管文官的登记，资格的审查，成绩的考核及任免、升降、转调、俸给、奖恤等事的审查。人员编制：尚书二人，左右侍郎二人，下设文选司，管理文员的选用；考功司，考功过；稽勋司，掌更名改籍终养服制；验封司，掌封赠袭荫。各司有郎中、员外郎、主事(各部同)。
户部：主管户口、赋税、薪饷、铸币。其编制为尚书二，侍郎二，下设十四清史司。属于户部的有下列二机构：户部三库(银库、段匹库、颜料库)、户部仓场衙门。
礼部：主管国家典礼和教育、贡举。编制：尚书、侍郎，下设仪制司、祠祭司、精膳司、铸印局。
兵部：主管练兵、武器和武官一切政令。编制：尚书、侍郎，下设武选司、车驾司、职方司、武库司。
邢部：主管国家的法律刑罚。编制：尚书、侍郎，下设十八司(按省分)和赃罚库司库(收赃银送户部)、律例馆(修法令条文)。
工部：主管土木兴建和水利等。编制：尚书、侍郎，下设营缮司、虞衡司、都水司、屯田司、节慎库、制造库、料作所、琉璃窖监督、皇木厂监督、管理街道厅。
九寺
寺即官署。九寺即九卿之官署。汉以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府谓之九寺大卿。历代略有变动，迄于清皆因之。
光禄寺：掌宫廷宿卫及侍从，北齐以后兼掌膳食帐幕，唐以后始专司膳，历代因之。
太仆寺：掌舆马畜牧之事，北齐始曰太仆寺，清光绪改革官制时并入陆军部。
太常寺：秦署奉常，汉改太常，掌宗庙礼仪，至北齐始有太常寺，清末废。
宗正寺：明清为宗人府，掌天子宗族事。
大理寺：掌刑狱案件审理，秦汉为廷尉，北齐为大理寺，历代因之，清改为大理院。
卫尉寺：掌门卫屯兵，北齐改为卫尉寺，隋改为军器仪仗、帐幕之类，明废，清有銮仪卫。
鸿胪寺：秦曰典客，汉改大鸿胪，掌赞导相礼。鸿，声也，胪，传也，传声赞导，故曰鸿胪，至北齐曰鸿胪寺，清末废。
少府寺：掌山泽之事，后又掌宫中服饰衣物、宝货珍贵之物，隋改为监，历代因之，明始废。
太府寺：即大司农，掌钱谷金帛诸货币。
地方官职
总督、巡抚——总督系地方最高军政长官，辖一省或二、三省，综理军民要政。巡抚为省级地方政府的长官，总揽一省的军事、吏治、刑狱等，地位略低于总督。
司道——是隶属于巡抚的专设机构。
布政使掌一省之民政、财政。
按察使掌全省刑法，理全省的驿传。
道受布政使、按察使的领导，有两种：一种是划若干府、县为辖区，可以管辖区内的一般政务；一是管辖及于全省，但是以指定职务为限。前者为分守、分巡地方道。后者为储粮道、监法道、海关道等。

皇帝与大臣议政，或是御门听政，或是便殿召对，都是臣向君跪，大臣持本章至本案前跪放，起立归班“入班首，跪，口奏某事几件”。内阁大学士、学士也是“依班次跪”，皇帝降旨宣答，“大学士等承旨讫，兴，由东阶降”。

便殿召对，多是在皇帝的寝宫室内，为高级官员设有跪垫，其实跪在垫上时间长了也受不了，所以有大臣在召见时，在膝间以厚棉裹起来做个垫子。至召对完毕，皇帝令其退出，大臣才能站起来，退后几步，再下跪口祝圣安，然后退出，即所谓“跪安”也。