第六代的主角是“黑月牙”的继承者，他在不断取得徽章的路上不断受到一伙不明人物的骚扰，实际上这些人是来寻找“黑月牙”的，他们信仰当黑月牙重新成为世界的王，世界才可以进入真正本质的状态。主角和组织从各种文献和对话中，都渐渐明白了主角就是“黑月牙”，最后主角成为了组织的王，获得了传说中的神兽，要重新格式化这世界，这时四天王和冠军来挑战，来阻止主角的行为
“邪恶的产生是宿命还是自己黑暗的内心呢？”
路上一直帮助主角的那个人是“白月牙”，带领着另一只神兽前来
“封闭的内心，解开吧”
虽然主角赢了，但是主角的本心却在战斗中逐渐苏醒了
“这不是我要的世界”
“我所希望的，不是要把人类全部毁灭”
“我只是希望大家可以和平地生活在一起”
主角觉醒，破坏内心屏障
最后世界得救了
神兽也同时解放了，二周目需要再次捕获