例如，根据《圣经》的说法，上帝是万能的，同时又是仁慈的。可是，出现在人间的恶，究竟是上帝无力阻止呢？还是他有意不管？如果是前者，那么上帝就不是万能的，而如果是后者，上帝又谈何仁慈？这两者之间，上帝只能选择其一，相信上帝自己也会感到很为难。”
比之宗教，科学则更有逻辑性，更能令人信服。可是，争论中的双方，一定有一方正确吗？科学一定是对的吗？
表面看来，这问题似乎很可笑，甚至没有必要回答，但仔细想想，有哪一门科学，不是建立在几条特定的假设，或所谓的公理之上？这些假设真的正确吗？一旦它们出了问题，那由此导出的一系列理论自然也有问题，至少，需要一定的修正。
其实，科学的含义，就是在一种理论被提出后，不断用各种实验去验证它。如果发现是错的，就放弃它，或者对它进行修正；如果发现是对的，那就等待下一次的验证，同时，它的可信度就高了一点。可是，从某种意义上说，我们永远也得不到必定正确的理论，或者说真理，因为证伪只需要一个实验，但再多的实验也不能证明理论的正确性，而只能无限地提高它的可信度。就算我们找到了真理，我们也并不知道，只知道这是个蛮不错的，值得信赖的理论。
例如，如果量子力学正确的话，我们想同时知道一个粒子的位置和动量，就是永远也做不到的。这与仪器是否精密，测量是否仔细无关。或许，上帝能够知道，但至少，我们不能。
人类自身结构的复杂、精巧。一个单细胞生物的结构已经能令我们惊叹不已，而在它之上，由以亿计的细胞组成的高等动物，以及更高级的、具有意识的人类，简直是不可思议。人类真是进化而来的吗？这么点时间够进化吗？
达尔文的进化论，虽然有人认为进化论违背了热力学第二定律，不过，进化论并没有真正解释生命的起源，更别提生命起源的环境了。
谈到环境，如果追根究底的话，自然得研究整个宇宙。那么，宇宙是如何产生的，原因又是什么？对于这个问题，解释无非有两种：宇宙一直存在；宇宙始于某时。如果是前者，那么在我们之前，已经有无限的时间过去，宇宙已经过去了相连事态的一个无限序列，而序列的无限就是它永远不能通过连续的综合而别完成，也就是说，宇宙一直存在是不可能的，它一定有一个开端。那么，促成这个开端的原因又是什么呢？
以目前的科技来说，对此的解释是大爆炸学说。宇宙从大爆炸中开始。至于大爆炸的原因，解释是，时间随着大爆炸而产生，之前没有时间，而因果是时间概念，因此，说大爆炸的原因是没有意义的。这个解释虽然不能令所有人满意，但本身也没什么错误，只是，这样的说法似乎近于宗教，因为教徒也可以说，在第一天，上帝创造了世界，也创造了时间……只要把大爆炸换成上帝，同样说得通。
其实，也正因为如此，大爆炸理论提出不久，就被教会所接纳。不管怎么说，大爆炸理论还是相当成功的。通过观察恒星的红移，发现恒星的确正以飞快的速度离我们远去，经测量，宇宙中氢占75%，氦占25%，与大爆炸理论预言一致，而如果退回到100亿年至150亿年前宇宙中最早的客体，也与大爆炸的粗略估计吻合，这一切都支持着大爆炸理论，而彭齐亚斯和威尔逊测出的宇宙背景辐射，这个宇宙创生时的遗迹，更消除了人们对它的疑虑。可是，在大爆炸之后，我们的宇宙为什么会是现在这个样子？
要知道，如果随机选择的话，选到一个最高的可能是最大的，而选到一个低的概率相当的小。对科学家们来说，最令他们感到奇怪的，是所观察到的物质世界的结构对常量的改变相当敏感，基本力的强度稍微有一点差异，就会造成物质世界结构的剧烈变化。例如，倘若核力稍弱，质子和中子的结合就会被量子分裂破坏，所有的恒星将会熄灭。若是核力稍强，两个质子就有可能克服它们共有的电斥力而粘在一起，便不会有氢从大爆炸中留下来，稳定的恒星也不复存在了。而假如引力的强度改变哪怕是1040分之一，就破坏了恒星内部电磁力和引力的平衡，所有的恒星只能不是蓝巨星就是红矮星，太阳这种恒星就不存在了。看起来，大自然赋予基本常量奇迹般的数值巧合，似乎是经过精心设计的。


对此，主流的科学解释大致有三种。一是认为概率是针对**的，对单个事件，谈概率没有意义。这话没错，可是，不能否认，大爆炸是以一种罕见的形式，创造了一个罕见的宇宙，并且，恰好是一个适合人类居住的宇宙。这多少让人感到奇怪。
对此的回答是，假如宇宙不是这个样子，就不会有我们在这里奇怪了。无疑，这种人择理论多少有点牵强。另一种观点是多宇宙理论，认为我们的宇宙只是无穷多宇宙中的一个，我们的宇宙适合人居住，同时也有更多的宇宙没有生物存在
这解释似乎没什么问题，可是，借助于无穷多宇宙来解释一个宇宙，怎么也说不过去，这违背了奥科姆剃刀原理。最易被接受的解释是，宇宙开始时过热，不容许铁的存在，之后，宇宙又冷得太快，没有足够数量的核反应发生。于是，原初物质就落在低熵的氢的形态中。可是，宇宙的温度又为什么这么变化？到底是偶然还是必然？而生命的产生，是偶然还是必然？
无生命的原子凑到一起，就有了生命。最初，人们是不相信的。他们认为活的生物体内一定有一种‘生命力’，它是神赐的。但随着生命科学的发展，细胞被发现，DNA被发现，我们对生命了解越来越多，逐渐否认了‘生命力’的存在。米勒——尤里实验在模拟的原始大气和原始海洋中，用放电模拟闪电产生了氨基酸，更证明了生命能从无到有。可是，事情真这么简单吗？
我们知道，物理学一直走在自然科学的前沿，从牛顿到爱因斯坦，物理学家们破坏了无数人心中的信仰，逐步强调了物质的重要性，而否认了精神的影响。但具有讽刺意味的是，物理学现在对精神越来越趋于肯定，相反，生命科学正试图完全取消精神。从某种意义上说，生命科学正走在上个世纪物理学的道路上。这不能不让我们产生联想，如果生命科学进一步发展，会不会继续走物理学的老路？现在关于生命起源的观点是否正确？
关于生命起源，一般的观点是，生命在‘原始汤’中产生。在原始海洋里，有一些简单的有机物，它们产生的原因类似于米勒——尤里实验。随着岁月流逝，越来越复杂的有机分子形成，最终，超过阈值，有机分子随机的组织就产生了生命。
可是，简单地计算一下，我们会发现，有机物自发地组成DNA，其几率小得可怜，在有限的地球年龄内，偶尔生成DNA的机会太小了。有人认为地球生命来自外太空，那也只是把难题转移到外星生命的起源。而对它们来说，时间同样嫌少，因为宇宙年龄并不比地球大多少。
即使生命起源的学说是正确的，在巧合中产生了生命，那么，从原始生命一路进化到现在的人类，究竟是偶然还是必然呢？作为人类，我们完全有理由为自己感到自豪，人类进化到现在这个样子，太不容易了。虽然，有的动物，如黑猩猩，它的基因与人类的极为相似，是有1%的差别，但就是这1%，造成了一条难以跨越的鸿沟。我们有意识，而黑猩猩没有。
当然，也许有人坚持说，猩猩是有意识的，也一定有更多的人，坚持说他们的爱犬有意识。的确，对于这类说法，很难进行反驳，因为意识看不见摸不着，我们只能通过其他的一些事实来进行判断。
通过内省，我们知道自己是有意识的，而我们周围的人，言行举止都和我们差不多，看起来比较正常，所以我们认为他们也是有意识的。但对于一只猩猩，一条狗，情况就复杂了。我们必须将动物的本能与意识区分开来。问题在于，如果说狗有意识的话，那么一只老鼠有意识吗？一只蚂蚁呢？一朵花呢？一台计算机呢？而我们自己的意识，又是什么时候开始有的呢？一岁时有吗？一个月时呢？一秒时呢？出生前呢？恐怕很少有人说在胚胎时就有意识了吧？
那么，意识是线性增长的吗？可以用具体的数值来表示吗？如果能的话，那能否也给每一个动物定一个值？例如成人100，小孩50，猩猩10，狗2，蚂蚁0.1……而如果不能，那么意识产生的条件就应该有一个临界值，一旦超过，就突然有了意识。


著名的哲学家马克思认为，是劳动创造了人类，可是，是因为我们的大脑足够复杂，所以会劳动呢，还是因为劳动，我们的大脑才发达？这固然是一个正反馈式的良性循环，但总需要一个起始条件，如果因为我们大脑的复杂，那么究竟要多发达的大脑才会劳动？是否有个临界值？而如果是因为劳动，那为什么就人类能劳动，而其它动物不行？区别在于什么？
如果要研究意识，就必须研究我们的大脑。然而，对于大脑的研究，是相当困难的。这不仅涉及技术问题，更有关于伦理道德，以及人们的观念。很少有人愿意让科学家切开颅骨进行实验，而即使有人愿意，也没有哪个科学家肯担这个风险。
随着脑科医学、行为学、心理学等学科的发展，我们逐渐改变了看法，认为精神也是由物质决定的。例如，研究发现，可以将大脑划分成若干区域，每个区域都与一种特定的机能相对应。许多人相信，我们最终能完全揭示大脑的秘密，甚至，我们能对大脑将要作出的判断进行预测。
DNA双螺旋结构的发现者、诺贝尔奖得主克里克认为，人的意志只是大量神经元相互作用的结果，他称这为‘惊人的假说’，但在当代许多人看来，这个说法并没有什么惊人之处，相反，它似乎是理所当然的。但问题是，这些神经元是如何配合的，具体需要多少数量的神经元，人才会有意识？能把人脑看成一台高度并行的计算机吗？
如果能的话，那它的操作系统又是什么？我们能不能用细胞人工生产大脑？我指的是人工制造，而非克隆。如果不行，为什么同样的细胞结构会有差异？难道真有灵魂存在？而如果可以，那么，这个人造大脑会有什么感受？当它发现自己没有身躯，它会感到恐惧吗？它会觉得自己是什么。
说到这里，就有一个‘自我’的问题。我是谁？我之所以是我，而区别于其他人的因素是什么？是我的名字吗？显然不是。那么，是我的相貌，或者说是我的躯体吗？还是因为我的思想，我的记忆？而后者能否换个说法，说是因为我的大脑结构？
当我整容过后，当我被截肢、被移植器官后，我还是我吗？如果回答是肯定的，那么，当我思想改变之后呢？要知道，我现在的思想，和小时候的有很大的不同，我还是小时候的我吗？相信很多人的回答仍是肯定的。可是，当我动过脑科手术后，失去了一切记忆，从头学起，学了不同的语言，认识了不同的人，有了不同的爱好，这时，我还是我吗？如果不是了，那我是谁？生日又是哪天？而如果仍是，那么把我的大脑移植到其他人身上，甚至动物身上，那我还是我吗？如果我死后，有人宣布是我转世，那他算是我吗？
对于自我的问题，哲学家认为，人的意识并非仅仅由知觉构成，而是由自觉构成的。
我们知道我们知道！这是一个自指的概念。哥德尔在其定理中证明，总有一些关于数字的陈述，这些陈述在一有限的公理集的基础上，永远也不能被证明是真或伪，甚至在原则上也不能证明。例如，‘这句话是错的’，如果它是真的，这句话却说它是伪的，而如果说它是伪的，似乎命题就是真的，所以，这是个没有结果的命题。哥德尔定理也被用来说明精神的非机械性质。耗散结构具有自组织的能力，而自然界中存在着从无生命到有意识这样一个复杂性和自组织的等级排列，在这排列中还隐藏了另一个等级排列，即概念层面之分。生命是一个整体概念，我们不能通过大脑细胞来了解精神。自知的属性是整体性的，在大脑具体的电化学机制中是找不出来的。
许多人认为，对于躲避车辆这种事，完全可以用电化学反应来解释。表面看是这样。来自车辆的光线，通过眼内的折光系统，在视网膜上形成物像，刺激了视觉细胞，使视紫红质迅速分解为视蛋白和视黄醛，而视黄醛在光照时分子构像改变，导致视蛋白分子构像的改变，经过信号传递系统的活动，使内外钠离子浓度改变，外段膜跨膜电位向超极化方向变化，然后通过神经纤维将电信号传到大脑枕叶皮层，使相关神经元兴奋，刺激大脑中央前区的四区和六区，即运动区。此处的神经冲动末梢释放出Ach，使肌细胞细肌丝向暗带中央移动，肌肉收缩，身体各部位就相应动起来，就避开了车子。


整个过程，似乎并不复杂，然而，问题是，当车开来的信号传入大脑时，大脑是如何做出躲避的决定？又如何决定向左避还是向右避？如果完全了解了大脑的结构，及其电化学机制，能否对大脑的判断进行预测？恐怕谁也不相信测量的准确性，因为我们相信，在有限的范围内，我们具有自由意志，能自己进行选择。可是，这个自由意志由何而来呢？难道，真有特殊的、区别于物质的精神在起作用？难道这就是灵魂？
量子力学或许能解决这个问题。测不准性是量子论的基本要素，它直接导致了不可预测性。量子因素摆脱了因果链，在没有原因的情况下也可能有结果。当然，量子的影响很小，恐怕不会对神经原层面上的大脑行为产生多大的作用，而假如真有较大影响的话，量子起伏会使一个通常不该兴奋的神经元兴奋起来，无疑，这是一种干扰，我们的精神将会崩溃，也不会有什么自由意志了？
不过，量子作用只是在初始阶段才具有重要性。我们可以设想一个神经元已经准备好兴奋，只差原子水平的那么一点微小的扰动来使它兴奋起来。量子论认为，该神经元是否兴奋，是有确定的几率的，精神就是在这儿起了作用，它下了诸如‘这个电子的位置要确定’之类的的命令，于是，神经元兴奋起来。
精神作用于物质，却没有违反物理定律，因为神经元兴奋起来的可能性显然存在。精神只是触动了一下可能性的天平，使得神经元真的兴奋起来。要知道，一个原子本身是不能做出任何选择的，我们必须观察，才会有某种具体的结果出现。通过选择测量原子的位置或测量它的运动，我们能够决定是创造一个在特定位置的原子，还是创造一个具有特定动量的原子。
这一事实证实了，不管实质如何，精神在某种意义上的确进入了物质世界。虽然，并没有任何证据证明大脑真有这么微妙的平衡，但无疑，量子论为我们了解自由意志开辟了道路。先前人们用决定论的观点看待宇宙，认为在宇宙中我们所做的一切都是在我们出生以前很久就由宇宙的结构决定好了的。现在，这种观点被量子因素扫除了。
但问题是，量子力学强调了精神的重要性，这是许多人所不能接受的。根据量子力学，一个粒子的状态是不确定的，除非有人对它进行观测。如果我们用仪器而不是人对它进行测量，那么粒子的状态确定了，但不确定性又传给了仪器。这样，可以有一连串的仪器相互测量。但总是有一台仪器处于一种非实在的状态中。
薛定谔猫的悲惨故事说明了精神的重要性。在这个著名的假想实验中，一只猫被封闭在盒中，盒中有一瓶氢氰酸，其上有一只铁锤，由一个盖革计数器控制。当计数器内的放射性物质有一个原子衰变时，计数管就放电并通过继电器释放铁锤，瓶被打破，猫就被毒死。而如果一段时间后还没有原子衰变，那猫就活着。我们知道，这只猫非死即活，两者必居其一，可是，按照量子力学规则，整个系统处于两种态的迭加之中，一态有活猫，另一态有死猫。在我们打开盒子观看之前，这只可怜的猫处于一种悬而未决的状态中，既死又活。
有人企图用平行宇宙的理论来解释。他们认为，每一种选择，都使宇宙分裂，在薛定谔猫的实验中，宇宙分裂成两个拷贝，一个包含着活猫，一个包含着死猫。这两个宇宙都包含着观测者的拷贝，其中每个人都认为它是唯一的。对于这个理论，主要有两种批评。一种认为它为了解释我们宇宙中一个难题，而引入无限多的宇宙，违背了奥科姆剃刀原理。另一种反对意见则是基于它的不可检测性。伯克莱主教曾说，他身后的树不存在。现在看来，这种荒谬的说法，竟找到了理论依据。
问题的关键在于量子力学的正确性。无疑，量子力学取得了巨大的成功，它以科学史上史无前例的精细程度描述着世界。然而，这个富丽堂皇的理论大厦却是建立在一种深刻的不稳定的佯谬之上的。这使它赢得相当多物理学家的支持的同时，也遭到另一批物理学家的反对。


在爱因斯坦看来，他相对论方程描述时空曲率的一边是美的，他称为‘大理石’，而描述质能的另一边则是丑的，他称为‘木头’。爱因斯坦的梦想是把木头转化成大理石，即给物质一种完全是几何学的起源。
然而，作为量子力学的创始人之一，爱因斯坦意识到量子理论是一种完全由木头构成的宇宙，这使他相当震惊。为此，他设计了许多精巧的思维实验，试图推翻量子论。但每一次都被玻尔用更巧妙方法驳回。这场较量令爱因斯坦非常苦恼，同时也折磨着玻尔。在玻尔1962年去世的第二天早上，人们在他房中的黑板上，发现画有一幅爱因斯坦1930年思维实验的示意图。看来，玻尔直到生命的结束，还在同爱因斯坦的主张斗争。
在这场著名的论战中，玻尔虽然一直占着上风，但他也从来没有能够说服爱因斯坦。毕竟，量子力学和相对论，这两个二十世纪最伟大的理论，是不相容的。将量子力学与相对论统一起来，成了一代物理学家的梦想。卡鲁查——克莱因理论以及后来更进一步的超弦理论，似乎为两者的统一指出了一个可能的方向。
曾经有人认为，应该给爱因斯坦的四维时空增加一个维度。这是在假设时间旅行可行及热力学第二定律正确的基础上的。这两个假设一个认为时间可逆，另一个认为时间不可逆，如果这两个互相矛盾的说法都成立，那么，增加一个维度似乎是唯一的选择。我们可以通过第五维来实现时间旅行，避免了在时间轴上的倒退。这好比我们要跨过平面地板上的一条直线，只需要在三维空间中抬起腿就行了。问题只是，这两个假设是否成立？
符合我们常识的热力学第二定律似乎没什么问题。许多人把它誉为自然科学的第一定律，即所有理论都不能与它违背。当然，也有人试图推翻它。在一个著名的假想实验中，一块隔板将盒中的气体分成两部分，板上有扇小门，由一个小妖，即麦克斯韦妖控制，小妖观察着运动到小门的气体分子，让一边只通过速率大的分子，另一边则只通过速率小的分子。于是，一边的气体越来越热，另一边却越来越冷，这显然违背了第二定律。
然而，如果考察包括小妖在内的整个系统，小妖为了得到气体分子速率的信息，就要对它测量，这势必要增加更多的熵，因此，整个系统的熵仍是增加的。麦克斯韦妖并没有违背热力学第二定律，那么，KAM定理又如何呢？它似乎推翻了第二定律，但乔治亚工业学院的计算机模拟实验表明，在数目足够大的情况下，所有关于规则周期运动的行迹都会被淹没掉，那时KAM定理失去作用，不可逆性再次主宰一切。
相比之下，时间旅行引来了更多的争议。从理论上说，这是为广义相对论所允许的。狭义相对论认为宏观物体永远不能加速到光速，但要达到高速有一条捷径。在一条地毯上，我们要接近另一端，除了走过去，还能将地毯拉过来，这样我们虽然没动，却仍然达到了目的，而同样，时空也是可以扭曲的。
相比之下，时间旅行引来了更多的争议。从理论上说，这是为广义相对论所允许的。狭义相对论认为宏观物体永远不能加速到光速，但要达到高速有一条捷径。在一条地毯上，我们要接近另一端，除了走过去，还能将地毯拉过来，这样我们虽然没动，却仍然达到了目的，而同样，时空也是可以扭曲的。
一类认为，如果我们能回到过去，改变历史，那么历史就失去了意义，而过去的改变势必引起现在的改变，最终必然带来逻辑上的矛盾。另一类观点认为，如果我们能够回到过去，那么未来人类更可能回到现在，可我们显然没有未来人类造访的证据。
我们知道，在空间坐标中，一个物体只能占据一个坐标，也就是说，任何宏观物体，不可能既在这里，又在那里。那么，换成四维时空坐标中，又为什么一定要认为物体能占据多个坐标呢？如果物体只允许有一个时空坐标，那么，对我们来说，我们活到了今天，昨天的我们就不存在了，对一张桌子，一把椅子，也同样如此。


如果谁回到过去，一定不会找到历史中的世界，他一定不会遇到年幼时的自己，所以，并不存在逻辑上的困难。而对于未来的人类，我认为是不存在的。宇宙有一个年龄，空间轴和时间轴都有一个尽头，虽然，今天的我们无疑会活到明天，但对现在而言，明天的我们并不存在。自然，我们也不会受到未来人类的造访了。
如果这样的观点正确，那么时间旅行就不存在任何佯谬了。在七十多年前，卡鲁查就提出类似的观点，后来克莱因又发展了这个理论。之后，又出现了更高维数的超弦理论。为了满足自洽，它需要10或26维。
弦这个字指出，这个理论可以用小环来描述粒子，而不用点来描述，每个环的典型尺度大约是10-35米。超弦理论源自一种靴袢原理，意思是说一组基本粒子可以看成是相同粒子联合成的一种自洽态，所有粒子都应看成是组成成分，所有粒子都应看成是把各组成成分联在一起的立场的量子，所有粒子都要以组成成分的束缚态出现。
超弦理论，特别是其杂化形式，可能正是长期寻找的统一量子场论。在适当的近似时，它自然而然的蕴涵着爱因斯坦的引力理论。而且，当它把爱因斯坦的引力理论和其它场的理论与量子场论结合在一起时，不会出现通常都有的无限大的困难。它还可以解释为什么基本粒子有这么多的多样性。
对于近于完美的超弦理论，也有许多人强烈反对。这主要由于它不能被检测。虽然，被认为不能被不检测的东西未必真不能检测，例如恒星的构成、原子的存在性、中微子的存在性，都曾被认为无法检测，现在却都有了巧妙的检测方法。但就目前而言，对高维空间的观测仍是不可想象的。
因此，那些反对者认为，一个不能用实验验证的理论，根本算不上是一个理论。同时，或许有人会问，为什么是弦，而不是振动的固体，不是一个疙瘩？这个问题，恐怕理论本身是无法回答的。
由此看来，在对几个基本问题的解释上，现在的科学还是极不完备的，甚至，它或许根本是错的。也许有人会说，科学这么的严谨，它解释了大部分的自然现象，为人类贡献了无数有用的技术和发明，它怎么会不正确呢？
科学，尤其是近代科学，取得了巨大的成功，但成功的、有用的理论未必正确，牛顿力学、热质说、宗教，不都是如此吗？科学之所以能成为科学，只是因为我们生活于其中的宇宙是一个井然有序的宇宙，这宇宙符合质朴的数学定律，科学家的工作，就是研究、讲述大自然的井然有序，并将其有序分门别类，而不是对大自然的秩序的起源提出疑问。
我们假设一下，有一位科学家，他训练了一只跳蚤，让它听到铃声就起跳。然后，科学家麻醉了跳蚤的一条腿，摇一摇铃，跳蚤仍然跳了起来，于是科学家又麻醉了跳蚤的一条腿，结果还是一样。直到最后，跳蚤所有的腿都被麻醉后，铃声响起，但它终于不再跳了。
然后，这位科学家庄严地宣布，基于无可辩驳的实验事实，他发现跳蚤的听觉器官是在腿上的，它的听力与健康腿数目有一种非线性关系，并随后给出了一组偏微分方程。我们现在的科学，难道就一定不是这样吗？