喙嘴龙类与翼手龙类在形态特征上有一些明显的差别:喙嘴龙类的上、下颌都具有牙齿,鼻孔和眶前孔分离,枕髁指向后方,方骨相对垂直,颈椎及翼掌骨都较短,具颈肋,第五脚趾长,绝大部分都是长尾的。仅有蛙嘴龙类这一特殊的类群,虽然它们不具长尾,但却具有喙嘴龙的其他特征。翼手龙类的牙齿一般分布在上、下颌的吻端,在数量上呈现多样化趋势,有的种类牙齿完全退化消失,如晚白垩世的无齿翼龙类和我国热河生物群发现的中国翼龙等,有的种类牙齿却多达上千颗,如在阿根廷发现的南方翼龙等。翼手龙类的鼻孔和眶前孔愈合为鼻眶前孔,枕髁指向后下方,方骨相对水平,颈椎和翼掌骨都较长,一般不具有颈肋,第五脚趾退化或消失,短尾。